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seaka

新虫 (初入文坛)

[求助] pcr切单一目的带回收后电泳出现两条带,再切目的带回收电泳还是两条带 已有1人参与

最近做pcr,扩增出目的带(较浅,2000多)及其他杂带(其中一条约1800,非常亮,咋一看以为是目的带)
切单一目的带胶回收后直接电泳,又出现两条带,即目的带(浅)和杂带(约1800那条,亮)
不死心,再切目的带回收,继续电泳还是一模一样两条带
第三次再回收,杂带还是很坚挺,目的带就没有了。。。。。

把第一次和第二次回收产物当模板做PCR,跑胶再看,1800的杂带还是很亮,目的带依旧很浅。

这会是什么原因呢,如果是PCR后再出现杂带好解释,明明跑开了两条带,切单一的回收直接电泳,就应该是单一条带啊。

求解惑,谢谢啦!
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merely

新虫 (小有名气)

我也遇到了楼主一样的问题。到底是怎么回事呢?楼主的问题解决了吗?
我的宝贝http://shop125224422.taobao.com/
8楼2013-10-25 14:10:39
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ninjakiss

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
seaka(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-08-31 09:32:29
你遇上的这个问题好奇怪。。不过按道理来说,我一般胶回收的时候常常是回收亮的条带,较暗的一般按照杂带处理。所以比起你问的问题,我更觉得你也许换一下引物,摸一下最佳条件比较好。
本身切条带,我有的时候回收不回来,但是真没见到过你这个情况。我认为可能是你切的不是很整齐吧,可以多电泳一会,保证完整切下来目的条带为佳。有的时候可能会切成一个梯形,即上面你认为是你的目的条带,而下面较宽,粘连了较亮的杂带。我想到的只有这么多了。。。
2楼2013-08-30 14:24:48
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普通回帖

大海一孤舟

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-08-31 09:32:38
你的两条带是离的很近的,理论上是很难切开的,猜测是切胶时出的问题
3楼2013-08-30 16:21:40
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seaka

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 大海一孤舟 at 2013-08-30 16:21:40
你的两条带是离的很近的,理论上是很难切开的,猜测是切胶时出的问题

肯定是能排除切错带的,中间正好隔着一条2000的mark指示带。不过谢谢啦!
4楼2013-09-01 09:31:19
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seaka

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ninjakiss at 2013-08-30 14:24:48
你遇上的这个问题好奇怪。。不过按道理来说,我一般胶回收的时候常常是回收亮的条带,较暗的一般按照杂带处理。所以比起你问的问题,我更觉得你也许换一下引物,摸一下最佳条件比较好。
本身切条带,我有的时候回 ...

谢谢,肯定能排除切胶问题的。
引物是参考别人的,现在看来真的是非常不好,所以也是在自己设新的引物用了。
但出现的这个问题还是不能解决,很费解,更换了试剂盒,排除了试剂盒污染,特地清洁了切胶工具,也排除了工具的污染,实在想不出还有哪个环节出问题。
5楼2013-09-01 09:34:59
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maidi12

禁虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
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6楼2013-09-01 22:43:55
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seaka

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by maidi12 at 2013-09-01 22:43:55
你用的什么染色,或者缓冲液换了没有?建议你先换个浓度大一点的胶跑一下,看你的2000的条带是否是单一的

EB染色
缓冲液换了的,而且别人用同样的槽都没出现这个问题。
暂且不管两千的条带是否单一,是在大于2000MARK上切的,即使有杂带也不该跑到两千下面去吧,而且还那么亮。
目前还是费解。
7楼2013-09-02 10:26:41
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yinchu1990

铜虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

我觉得是电泳液脏了的原因,建议换下
9楼2013-10-25 14:22:00
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seaka

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by yinchu1990 at 2013-10-25 14:22:00
我觉得是电泳液脏了的原因,建议换下

谢谢,不过不会的,因为同时带着其他样品做对照,是没问题的。另外电泳液保险起见,也换过了。
10楼2013-10-28 16:21:26
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