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霍烨zz

银虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 畜牧学

[求助] RNA提取及电泳已有1人参与

提取的肠道粘膜RNA，测了OD值，结果如下：

还想检测下完整性，所以跑了电泳
用的是1%琼脂糖+2ul golden view
5ul RNA + 5ul 2X RNA loading dye (65℃，变性10min）
然后110V，跑了30min，结果却是这么个样子：（上样量8ul）

不知道是出了什么问题呢？

另，因为是要做转录组测试，所以公司对样品要求比较严格，说是跑胶必须是28S和18S两条带的比例接近2
但我有个疑问，就是转录组测序主要是针对mRNA，而mRNA在total RNA中只占1~5%，几乎都不能在胶上看到，那么电泳胶没跑好就一定意味着做不了测序吗？
像我这种情况送样给公司，能有多大把握成功测序？
谢谢大家了！！

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1楼2014-11-19 22:48:16

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董博士

金虫 (正式写手)

应助: 155 (高中生)
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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-20 11:13:57
霍烨zz: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-20 11:39:22

做胶的时候是有技巧的，比如你要配1%的胶，原则上你要0.2g琼脂糖加20ml TAE,但为了防止蒸发，你要加25ml的TAE，还有就是微波炉加热过程中间，可以拿出来摇匀一下，再放入微波炉，煮沸后，立即在水龙头下冲一下，迅速降温，但切忌不能在冰上冷却，不然会爆的，如果你的手可以承受这个温度，就立马倒胶，注意这两点就可以了，重点就是快

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医学&统计学

8楼2014-11-20 11:05:23

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哈斗

新虫 (初入文坛)

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★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-21 23:22:06

通过28S和18S两条带的比例接近2来判断RNA有无降解，是方法之一。送样到公司后，他们会对RNA做质检的，我们送的公司，出具了安捷伦2100质检报告给我们，以RIN值来判断。跑琼脂糖电泳，影响因素比较多，有可能是电泳过程中引起的降解。还有你送样的是RNA，万一运输路上降解算谁的？不如直接让公司抽提更保险。

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