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霍烨zz

银虫 (小有名气)

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[求助] RNA提取及电泳已有1人参与

提取的肠道粘膜RNA，测了OD值，结果如下：

还想检测下完整性，所以跑了电泳
用的是1%琼脂糖+2ul golden view
5ul RNA + 5ul 2X RNA loading dye (65℃，变性10min）
然后110V，跑了30min，结果却是这么个样子：（上样量8ul）

不知道是出了什么问题呢？

另，因为是要做转录组测试，所以公司对样品要求比较严格，说是跑胶必须是28S和18S两条带的比例接近2
但我有个疑问，就是转录组测序主要是针对mRNA，而mRNA在total RNA中只占1~5%，几乎都不能在胶上看到，那么电泳胶没跑好就一定意味着做不了测序吗？
像我这种情况送样给公司，能有多大把握成功测序？
谢谢大家了！！

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1楼2014-11-19 22:48:16

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霍烨zz

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 哈斗 at 2014-11-20 09:27:14
通过28S和18S两条带的比例接近2来判断RNA有无降解，是方法之一。送样到公司后，他们会对RNA做质检的，我们送的公司，出具了安捷伦2100质检报告给我们，以RIN值来判断。跑琼脂糖电泳，影响因素比较多，有可能是电泳过 ...

谢谢！
我想的是胶跑出来之后再送，做后面检测通过的概率会更大些。
之前送了两批样给一家公司抽提，RNA都不合格，所以才决定自己验证一下；不过也在考虑换一家公司了！