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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 新手提RNA，电泳图看不懂
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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手提RNA，电泳图看不懂

今天第一次提RNA，用普通琼脂糖凝胶1.6%，电压为180V，跑了电泳图，看不懂是啥意思，最下面那个很亮的地方是什么东西？是降解了么？但是又不像是拖带啊？请各位前辈指点指点，能用此RNA做反转录么？万分感谢！
 
图一、电泳5min时的图片
 
图二、电泳10min时的图片
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1楼 2011-12-25 20:20:16
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回帖置顶 ( 共有3个 )

dnaxxx

至尊木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-12-26 11:42:29
西瓜: 回帖置顶 2011-12-28 12:49:31
西瓜(金币+3): Good！ 2011-12-28 12:49:41
你这个提的不好，从上到下一次是28s， 18s 和5s，你的28s和18s条带很弱，基本上都是5s。不知道你想做什么实验，如果还有原材料再提一次吧，如果没有那就只好用这个来扩增你的目的基因了
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3楼2011-12-26 07:09:40
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！ 2011-12-26 11:44:04
zhouxw1987(金币+2): ★★★很有帮助 2011-12-27 20:30:11
首先你上样量肯定有点多相对你此胶的点样孔来说。你小孔的胶先测一下OD，上200-300ng就可以了，上多了就会跑成这样。
其次你的电泳可能有点大，10min跑了那么远，一般要了20-25min才能跑这样的距离。电压是以几伏每厘米来说的，不是以电泳仪显示的总电压来说。电泳槽有10cm\20cm\30cm等等的规格，如果你是180v，则分别为18v/cm,9v/cm,6v/cm了，完全不同的概念。
最后，你的loading如果不是你点多了就是你的二甲苯青和溴酚兰加多了，多到都有点影响判断条带了。6Xloading 你就按1：5跟你的样品混混上就行了。新手最好也点个marker（DL2000）
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伟大航线....
6楼2011-12-26 09:28:38
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haiven

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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西瓜(金币+5, MolEPI+1): 180V确实偏高了。测OD是好方法，本人现在都直接测OD省略电泳了。 2011-12-28 12:52:32
RNA电泳不宜跑太高的电压，毕竟不是PCR产物。这个在每个实验室都会有个经验值的，多问问，或者自己多摸索一下。
然后上样之前，对RNA定量一下，很方便的，用NanoDrop，1-2uL就可以了，同时还可以看出你的RNA的质量如何。这方面的资料很多了，你上网随便搜搜就找得到的。做实验之前，要把这些原理和方法多了解，然后设计和计划一下实验怎么做，这样实验的效率也就高多了。
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走进你，温暖我，迷失于这个世界！
13楼2011-12-27 08:29:15
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wanhscn(金币+3): 鼓励完整应助 2011-12-27 21:21:39
基因组DNA 0.6% gel  4-5v/cm  gDNA大，要慢慢跑出来才漂亮。
1-5kb DNA  1%gel     5-8v/cm 随便跑跑即可
200-500bp  2%         约6v/cm 问题不大。

至于RNA电泳（普通琼脂糖，非变性），因为怕它电泳时间过长，降解，所以感觉上电泳时间控制在30min以内会比较好。
1-1.5%的胶都有人用， 7v/cm左右差不多，在溴酚兰跑出来1-2cm。不同大小的点样孔上不同的量（小孔建议200ng）
多跑几次自己摸索摸索，找出自己最适合的条件。
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伟大航线....
9楼2011-12-26 11:21:06
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普通回帖

我是小纯洁

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
只有5s 貌似全降解了~~~我感觉是。LS回答吧
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2楼2011-12-25 20:48:10
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julietguo

银虫 (正式写手)
我最近一次提的RNA也是，反转录之后做PCR，得到的条带连100bp都不到，真怀疑是不是降解了
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4楼2011-12-26 08:19:37
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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by dnaxxx at 2011-12-26 07:09:40:
你这个提的不好，从上到下一次是28s， 18s 和5s，你的28s和18s条带很弱，基本上都是5s。不知道你想做什么实验，如果还有原材料再提一次吧，如果没有那就只好用这个来扩增你的目的基因了

我想用来做一下某个预测的基因是否表达，就是做反转录，然后RT-PCR，看能否扩出目的条带，不知道可以不？？谢谢····
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5楼2011-12-26 08:57:17
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covichen

新虫 (正式写手)
真的是长知识了
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7楼2011-12-26 10:29:48
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5xiaosh

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by longrna at 2011-12-26 09:28:38:
首先你上样量肯定有点多相对你此胶的点样孔来说。你小孔的胶先测一下OD，上200-300ng就可以了，上多了就会跑成这样。
其次你的电泳可能有点大，10min跑了那么远，一般要了20-25min才能跑这样的距离。电压是以几伏 ...

真强大  那一般电泳设多大电泳 还能快点 效果还好 ？
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8楼2011-12-26 10:46:32
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longrna

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 5xiaosh at 2011-12-26 10:46:32:
真强大  那一般电泳设多大电泳 还能快点 效果还好 ？

电压越大，跑得越快～
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伟大航线....
10楼2011-12-26 11:23:08
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