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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 原核生物 RNA提取
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gsq0315

铜虫 (小有名气)

[求助] 原核生物 RNA提取

第一次刚提取的革兰氏阴性共生菌RNA,不知结果怎样，求高手指点。
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    • 2013-05-13 22:31:38, 1.97 M

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1楼2013-05-13 22:31:50
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longrna

新虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-05-19 16:54:02
gyesang: 回帖置顶 2013-05-19 16:54:05
楼主放心，提的质量挺好的。
1）5S很亮不代表提的就降解了。应该具体看什么物种或16s与5s区间是否有弥散。有些物种5S含量多，你用Trizol怎么提它都是会很亮的。
2）26s和16s挺清晰的，两带之间也算是比较干净。--证明没有很明显的降解。（可能由于是原核生物，两条带电泳靠得比较近）
3）至于条带弱应该是产量低，因为你也说到了异丙醇沉淀的无可见的沉淀。（产量低RNA少当然难以看得见团状的沉淀了，这很简单的道理...）
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伟大航线....
12楼2013-05-19 16:45:55
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普通回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gsq0315(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，感谢你的慷慨解囊，期待你的精彩。 2013-05-14 11:00:41
质量不好。23S和16S条带太暗，5S太亮，说明降解严重。
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2楼2013-05-14 07:49:57
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gsq0315

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-05-14 07:49:57
质量不好。23S和16S条带太暗，5S太亮，说明降解严重。

在提取的时候看不到沉淀是什么原因啊
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3楼2013-05-14 13:26:28
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
gsq0315(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-05-19 16:52:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by gsq0315 at 2013-05-14 13:26:28
在提取的时候看不到沉淀是什么原因啊...

你指用异丙醇或者乙醇沉淀时看不到？有可能是样品量比较少，你定量RNA了吗？还有就是纯净的核酸是透明的，往往看不太到。一般的样品里有一些盐和其它杂质，所以会出现白色沉淀。晾干样品后就会发现白色的沉淀变得透明了。
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4楼2013-05-15 07:53:28
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gsq0315

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-05-15 07:53:28
你指用异丙醇或者乙醇沉淀时看不到？有可能是样品量比较少，你定量RNA了吗？还有就是纯净的核酸是透明的，往往看不太到。一般的样品里有一些盐和其它杂质，所以会出现白色沉淀。晾干样品后就会发现白色的沉淀变得透 ...

我没有做定量，就是用异丙醇和以纯沉淀时看不到沉淀，还有就是最后酒精的挥发一般怎样做到快速有效呢
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5楼2013-05-15 22:39:14
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
gsq0315(gyesang代发): 金币+1, 鼓励跟贴交流！ 2013-05-19 16:53:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by gsq0315 at 2013-05-15 22:39:14
我没有做定量，就是用异丙醇和以纯沉淀时看不到沉淀，还有就是最后酒精的挥发一般怎样做到快速有效呢...

大概是样品量少看不到吧。你的电泳上了多少微升？一般干燥沉淀时就是放在桌子上就可以了。虽然有人用speed vac，我不是很喜欢。如果能看到沉淀，等白色沉淀变成透明就可以了。干燥时间根据沉淀多少会有些不同。一般就是半个小时，不用特别长，非常干的核酸也不是很好溶解。
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6楼2013-05-15 23:42:20
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gsq0315

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-05-15 23:42:20
大概是样品量少看不到吧。你的电泳上了多少微升？一般干燥沉淀时就是放在桌子上就可以了。虽然有人用speed vac，我不是很喜欢。如果能看到沉淀，等白色沉淀变成透明就可以了。干燥时间根据沉淀多少会有些不同。一般 ...

我点样用的5微升，结果第二天用3微升点样效果还没有5微升的好，这周打算在提一次
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7楼2013-05-16 12:55:27
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
gsq0315(gyesang代发): 金币+1, 鼓励跟贴交流！ 2013-05-19 16:53:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by gsq0315 at 2013-05-16 12:55:27
我点样用的5微升，结果第二天用3微升点样效果还没有5微升的好，这周打算在提一次...

你用的什么方法提的？RNA质量不好有可能是内源RNase活性高或者提取时引入外源RNase，甚至电泳时都可能造成降解。
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8楼2013-05-17 08:27:40
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gsq0315

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-05-17 08:27:40
你用的什么方法提的？RNA质量不好有可能是内源RNase活性高或者提取时引入外源RNase，甚至电泳时都可能造成降解。...

我就用的是trzol试剂提的
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9楼2013-05-17 22:40:27
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
gsq0315(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流经验！ 2013-05-19 16:53:30
引用回帖:
9楼: Originally posted by gsq0315 at 2013-05-17 22:40:27
我就用的是trzol试剂提的...

我也用TRIZOL提RNA，效果应该可以比这好。你的样品是新鲜的还是冻存的？有时候样品保存也可能造成RNA降解。
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10楼2013-05-18 00:45:11
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