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linxiaolin08

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[求助] 关于目的基因与载体连接后转化感受态细胞提取质粒的问题。 已有4人参与

大家好,最近我在做转化后提取质粒,准备下一步进行双酶切验证后转化表达菌株BL21。但是现在遇到了问题:
    目的基因与载体双酶切后连接转化(大肠杆菌28a),涂板后长菌了,我也进行挑菌PCR验证,大概挑了40多个但是只有20多个是阳性的,之后再摇菌准备提取连接后的质粒。第一次摇菌没有摇起来(使用的是挑菌做PCR验证的菌液,可能菌的密度比较小),第二次加大了接菌量(大概有150微升菌液),可是提了两次都没有成功,都是没有我想要的那么大的质粒条带,最上面有一条带,我拿去问老师老师说这是基因组DNA,不是质粒,但是我现在不知道是哪里出了问题。难道是我的菌液污染了?可是摇菌后闻起来就是大肠杆菌的味道,只是摇菌后的菌量相比正常28a摇起来量少。我确定步骤也没问题,因为我们相同时间一起做的用的同样的步骤正常的28a质粒就可以提出来。还有就是我发现一个现象,我用的是碱法抽提,第一步需要离心,离心后的沉淀不是白色,有点儿发粉色的那种,这是为什么呢?除了颜色有问题,其他的后续步骤跟正常一样没有发现有什么差别,再就是最后一步了,沉淀超级少,少到我用5微升DD水溶后浓度还非常低。很苦恼啊,各位大神帮帮我~~~如果是染菌了我需要重新涂板然后挑菌进行PCR验证么?还是说需要重新进行双酶切后连接转化?
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linxiaolin08

捐助贵宾 (初入文坛)

有人可以帮帮我嘛~~~
2楼2014-10-21 08:37:47
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593318518

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
linxiaolin08: 金币+2 2014-10-27 11:29:33
初步感觉楼主的菌并没有污染,而是楼主插入的基因可能在E.coli 里面表达了,而这种表达产物(蛋白)对细菌具有毒性
3楼2014-10-21 10:07:16
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海之草

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
linxiaolin08: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-10-27 11:29:27
不知楼主的插入片段有多大,连接体系是不是比例有问题?对于双酶切连接克隆,50%的阳性率感觉有点偏低。楼主有检查过抗生素吗?有没有过期,有没有因为反复冻融而失效?
4楼2014-10-21 11:09:50
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

“大概挑了40多个但是只有20多个是阳性的”请问楼主是用什么方法验证的
双酶切比较可靠,如果是PCR,是否用的是一头通用引物和一头特异引物?
5楼2014-10-21 11:21:19
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linxiaolin08

捐助贵宾 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by happydove at 2014-10-21 11:21:19
“大概挑了40多个但是只有20多个是阳性的”请问楼主是用什么方法验证的
双酶切比较可靠,如果是PCR,是否用的是一头通用引物和一头特异引物?

是用菌液PCR验证的,没有用通用引物,只用了特异性引物。不是用特异性引物就可以了么?一定要都PCR一下么?我们实验室一般都是先进行菌液PCR验证,接下来才双酶切...但是我就在提质粒这个地方出了问题。我已经重新酶切重新连接,下午就转化涂板了。希望这次可以有结果。
6楼2014-10-27 09:13:45
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
linxiaolin08: 金币+2 2014-10-27 11:29:44
个人感觉菌落PCR的效果并没有但双酶切的效果好,PCR没有条带的话可能原因太多了,还是没切验证比较放心···还有就是离心后菌体颜色,基本上都是黄白色的,出现点粉或红色是正常的,并没有染菌···
···
7楼2014-10-27 10:43:37
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linxiaolin08

捐助贵宾 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 海之草 at 2014-10-21 11:09:50
不知楼主的插入片段有多大,连接体系是不是比例有问题?对于双酶切连接克隆,50%的阳性率感觉有点偏低。楼主有检查过抗生素吗?有没有过期,有没有因为反复冻融而失效?

你好,我的目的基因是1119bp,连接体系应该是没问题的,我们实验室用的都是25微升的体系。我做了四个对照:
A拿双酶切的质粒产物进行转化,可以证明我的质粒是否被切开,我确定我的酶切酶是好使的(我的酶切位点是EcoRI和XhoI,我之前进行过单酶切验证),结果是长了24个菌落。
B用酶切过的未进行连接反应的双酶切产物进行转化,在这一步中可以证明是否有未被酶切的原始质粒,结果是没有长菌落。
C还以原始质粒为对照,可以检测试验过程中是否有操作问题,结果为长了很多菌落。
D用无抗性平板涂感受态细胞,证明我的感受态细胞没问题。结果是长了菌落的,说明感受态没问题。
最后就是我自己的连接产物,平板上长菌落了,而且很多,没问题,挑菌进行PCR后挑选有条带的进行提取质粒后双酶切,可是结果都显示的是没连上。
我自己分析的原因:1、基因没有加上酶切位点导致我没切开,连不上。2、我的连接酶失效了不好使。
你可以帮我分析一下还有什么原因么?我已经在这呆了很久了...没办法进行下一步...谢谢。感恩!!!
8楼2014-11-03 16:45:22
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qaz139687

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 海之草 at 2014-10-21 11:09:50
不知楼主的插入片段有多大,连接体系是不是比例有问题?对于双酶切连接克隆,50%的阳性率感觉有点偏低。楼主有检查过抗生素吗?有没有过期,有没有因为反复冻融而失效?

请问连接体系的比例应该着么算
9楼2014-12-24 19:57:51
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