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林默泪

新虫 (初入文坛)

[求助] 克隆转化,转化子就是不含目的基因。

我的目的基因是750bp,质粒载体是PET-24a。
我从我师兄的菌提取质粒,然后用KOD酶PCR目的基因。
然后两步酶切质粒和目的基因。NdeI酶切,胶回收,再BamHI酶切,再回收。酶切时间是3个小时以上。
提质粒、PCR、回收后都有电泳检测,条带位置正确。
然后用东洋纺的高效链接液链接目的基因和质粒的酶切片段。连接时间大概时2个小时以上。
转化到感受态细胞JM109,热击法。
然后培养在含Kan+的平板上。
第一次没有长,第二次4个平板,只有一个平板上长了3个,第三次,4个平板上都有,每个大约3—5个。
PCR检测,都没有P出目的片段。

想请教下各位大神,大概会是什么问题,那些地方需要改进。
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charles08

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-05 00:31:43
提提质粒酶切看看


最好用快速内切酶,不用依次酶切,浪费不少时间
2楼2013-11-04 23:30:40
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machao8405

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
感受态的问题?不加抗生素,不热激直接图一个板试试

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-11-04 23:33:51
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林默泪

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by machao8405 at 2013-11-04 23:33:51
感受态的问题?不加抗生素,不热激直接图一个板试试

这个对照做过,没有问题。
4楼2013-11-05 13:34:12
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林默泪

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by charles08 at 2013-11-04 23:30:40
提提质粒酶切看看


最好用快速内切酶,不用依次酶切,浪费不少时间

转化子提质粒酶切吗?
什么是快速内切酶?
因为买的酶不是一家公司的,没办法用通用buffer双酶切。
5楼2013-11-05 13:35:59
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charles08

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 林默泪 at 2013-11-05 13:35:59
转化子提质粒酶切吗?
什么是快速内切酶?
因为买的酶不是一家公司的,没办法用通用buffer双酶切。...

用FERMENTAS的快切酶,否则你没多少时间耗的
但是我也是一样
经常出现长斑但不含有重组子的情况
而且斑长得特别好看
如果是载体自连应该也没这么多的
6楼2013-11-05 16:29:35
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kennyhas

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
林默泪: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-11-06 19:24:07
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-01-27 19:51:56
我的目的基因是750bp,质粒载体是PET-24a。
我从我师兄的菌提取质粒,然后用KOD酶PCR目的基因。
然后两步酶切质粒和目的基因。NdeI酶切,胶回收,再BamHI酶切,再回收。酶切时间是3个小时以上。
提质粒、PCR、回收后都有电泳检测,条带位置正确。
然后用东洋纺的高效链接液链接目的基因和质粒的酶切片段。连接时间大概时2个小时以上。
转化到感受态细胞JM109,热击法。
然后培养在含Kan+的平板上。
第一次没有长,第二次4个平板,只有一个平板上长了3个,第三次,4个平板上都有,每个大约3—5个。
PCR检测,都没有P出目的片段

从你描述来看,pET载体应该是双酶切完全了.(但是一般情况下要注意 载体上两个酶切位点之间的片段有多长?胶回收的时候有没有看到切出来的片段? 如果载体没切干净,那可能会长出很多载体自连的假克隆.)
你的问题很可能出在PCR产物的酶切. 首先,你的引物5'端加了保护碱基吗?如果没有,酶切会变得相对困难.
第二,BamHI 不太好切, 而且你的酶切时间是3小时左右,所以很可能PCR产物上的BamHI没切动或者效率很低.
有一个麻烦点的办法是,你先把PCR产物连接到T-载体上,(如果没有T-载体,随便找个载体,,酶切,补平然后去磷,PCR产物加磷,用平末端连接),然后再从T-载体上把你的目的基因用NdeI和BamHI 切下来,这样做你就能确定目的基因的两端肯定是切开了的. 如果还长不出克隆,那就不是酶切,连接的问题了(当然,你要确定你的感受态细胞是正常的)
7楼2013-11-06 17:24:24
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liaohongbin

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-01-27 19:52:05
你是目的基因不酶切,直接同源连接的那种吗?这种一般需要在连接和转化的时候设置对照的,还有设计的同源序列是否正确。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2013-11-06 17:32:56
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林默泪

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by kennyhas at 2013-11-06 17:24:24
我的目的基因是750bp,质粒载体是PET-24a。
我从我师兄的菌提取质粒,然后用KOD酶PCR目的基因。
然后两步酶切质粒和目的基因。NdeI酶切,胶回收,再BamHI酶切,再回收。酶切时间是3个小时以上。
提质粒、PCR、回 ...

恩,一般其实我第二步BamHI酶切都是过夜切的。
引物设计是带上保护碱基的。
两个酶切位点之间大概只有40bp的碱基,所以其实我也不是很确定。
我下次有时间再试试TA克隆。
非常感谢你的解答。
9楼2013-11-06 19:14:08
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林默泪

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by liaohongbin at 2013-11-06 17:32:56
你是目的基因不酶切,直接同源连接的那种吗?这种一般需要在连接和转化的时候设置对照的,还有设计的同源序列是否正确。

切的,谢谢。
10楼2013-11-06 19:24:40
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