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sunyu65045

木虫 (初入文坛)

[求助] A-T克隆重组质粒筛选 菌落PCR 已有2人参与

我使用pMD19-T对1600bp基因片段进行A-T克隆,在含有Amp的LB平板上长有少量的菌落,分别挑取半个菌落进行菌落PCR,但是电泳确认是发现所有菌落的条带均一致但都小于目的片段(小于1000bp),PCR所用试剂均没有问题以前使用过,请高手指教是哪里出现了问题,万分感谢!!!!!
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-08-06 23:03:59
sunyu65045: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-07 15:13:13
-你确定在基因片段两端加上3‘A了么。如果没有,可以用Taq酶加3’A再连接。

-pMD19-T应该是可以做蓝白斑筛选的吧,建议用LB AMP板加上IPTG+X-Gal做蓝白斑筛选,挑白斑做PCR。白斑的插入率应该有90%以上。

如果你现在已有LB AMP板,只需要加 100μl的100mM IPTG和
20μl的50mg/ml X-Gal在板上,涂抹均匀后37°C放置半个小时吸收IPTG和X-Gal,然后就可以用转化菌液涂板了。
下次再见面的时候,我们一定会笑着相遇吧
2楼2014-08-06 18:23:16
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馨-馨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-08-06 23:04:07
sunyu65045: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-08-07 15:19:12
第一,在做连接之前,电泳检验下你的PCR产物出现降解了没;
第二,你可以选择蓝白筛选;
第三,你的感受态活性高否;
第四,连接体系和连接时间是否有问题。
3楼2014-08-06 21:57:58
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sunyu65045

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by usky_4 at 2014-08-06 18:23:16
-你确定在基因片段两端加上3‘A了么。如果没有,可以用Taq酶加3’A再连接。

-pMD19-T应该是可以做蓝白斑筛选的吧,建议用LB AMP板加上IPTG+X-Gal做蓝白斑筛选,挑白斑做PCR。白斑的插入率应该有90%以上。

如果 ...

PCR产物都加A了,我再试试蓝白斑筛选吧。想再问一下,X-mal溶解在什么溶液中比较好,这两种试剂都需要过滤除菌的吗?
4楼2014-08-07 15:15:25
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sunyu65045

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 馨-馨 at 2014-08-06 21:57:58
第一,在做连接之前,电泳检验下你的PCR产物出现降解了没;
第二,你可以选择蓝白筛选;
第三,你的感受态活性高否;
第四,连接体系和连接时间是否有问题。

PCR产物是前一天纯化的电泳也鉴定了,贮存在-20 。感受态是直接从试剂公司购买的。连接体系是使用T4 连接酶 16摄氏度  10小时  将pMD19-T 与基因片段连接的。您帮我看看是哪出现问题了。我再试试蓝白斑筛选。  多谢了!
5楼2014-08-07 15:18:42
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)


估计是非特异性带,建议你把这个较小的带,回收了,送测就知道了

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-08-07 19:57:46
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sunyu65045

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by bio_sci at 2014-08-07 19:57:46
估计是非特异性带,建议你把这个较小的带,回收了,送测就知道了

谢谢,我试一下。
7楼2014-08-08 12:24:07
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馨-馨

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sunyu65045 at 2014-08-07 15:18:42
PCR产物是前一天纯化的电泳也鉴定了,贮存在-20 。感受态是直接从试剂公司购买的。连接体系是使用T4 连接酶 16摄氏度  10小时  将pMD19-T 与基因片段连接的。您帮我看看是哪出现问题了。我再试试蓝白斑筛选。  多谢 ...

也有可能是你PCR产物的原因,你PCR的模板是什么?宏基因组,还是菌液啊。。
8楼2014-08-09 14:59:59
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lyz65956

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sunyu65045 at 2014-08-07 15:15:25
PCR产物都加A了,我再试试蓝白斑筛选吧。想再问一下,X-mal溶解在什么溶液中比较好,这两种试剂都需要过滤除菌的吗?...

xgal溶解于DMF中
对自己更好点
9楼2014-08-10 12:16:28
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sunyu65045

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 馨-馨 at 2014-08-09 14:59:59
也有可能是你PCR产物的原因,你PCR的模板是什么?宏基因组,还是菌液啊。。...

模板是全基因组
10楼2014-08-11 19:41:13
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