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Ever希夷

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问大片段怎么扩 已有9人参与

构建好了质粒,但是目的片段将近8000bp,这种大片段用LA taq酶一直扩不出来,请问怎么办?
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+5, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2014-07-08 09:00:17
长片段PC不同于一般PCR的特殊要求:
1.用Taq-LA DNA聚合酶,该酶是Taq酶或Klentaq 1(无纠错功能)与pfu酶或Deep Vent酶(有纠错功能)的混合物,以Taq酶为主。
2.当需要扩增的片段大于20kd时,需要加入高浓度的甜茶碱(终浓度为1.5-2.0mol/L),提高PCR的效率,但是甜茶碱加入后,要将扩增反应的温度降低2-3度。楼主的扩增片段还到不了2020kd,甜茶碱可以少加点。
3.适当升高镁离子浓度,不要太高了镁离子浓度高于底物dNTP浓度即可。
4.变性时间要短,尤其是一般不超过30 s,尤其是模板长度超过8KD时更是如此,变性时间长会破坏模板。
5.延伸温度可以下降为68摄氏度,同时加长延伸反应时间,长度为3-5kd的模板延伸反应时间为5-10分钟,长度为20-35kd的模板延伸反应时间为20分钟,楼主的PCR的延伸反应时间可能为12-16分钟左右。
6.模板浓度最好在1ng/L以内。
7.应用长片段PCR缓冲溶液。10X长片段PCR缓冲溶液组成为:500 mmol/L Tris-Cl(pH=9.0),160 mmol/L硫酸铵,25 mmol/L MgCl2,1.5mmol/L BSA。
8.设计较长的PCR引物(25-30 bp)
3楼2014-07-08 01:51:15
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普通回帖

Neo2000

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
advantage 2应该不成问题

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-07-07 19:25:34
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
更正:上贴的标题应为;“长片段PCR不同于一般PCR的特殊要求”。
4楼2014-07-08 02:05:25
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syx1983

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-16 16:14:45
可以分段扩增连接,也可以用长片段扩增方法,用KOD酶或者超高速的聚合酶,使用两步法。
5楼2014-07-08 21:39:25
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通-仔

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有没有人做3'RACE 巢式PCR ?用的引物是简并引物,为什么我一直得不到条带?试剂盒有问题?但是对照能做出来我该怎么改进?求助。。。。谢谢
6楼2014-07-08 22:08:24
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
8k还好吧,我经常扩11kb的,很轻松就扩出来了
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
7楼2014-07-08 22:17:56
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)

换个酶

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
8楼2014-07-08 22:52:56
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jamesfeng

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-07-09 09:31:15
不管怎么样,先根据GC content stucture 先把引物设计好,设计引物是最为关键的,现在世面上买的酶纯度都很高,加上配套的buffer mix 或者buffer 镁离子,效率都很高,建议分成2kb左右的小片段,错配率会降低很多,最后再将片段整合在一起,这样碱基的缺失率就会降低,后续的定点突变也没那么麻烦
9楼2014-07-08 23:58:11
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PCR-CL

新虫 (初入文坛)

★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-14 18:26:21
Takara 有个GXL酶应该可以,您试一试!
引物您设计长一些,以增加特异性。
应该问题不大。
10楼2014-07-09 10:44:53
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