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dzwd

金虫 (小有名气)

[求助] 长片段DNA如何连接载体

4900bp长度 DNA 片段,我用的是TAKARA,PMD19-T载体进行连接,连接数小时,但是在筛选蓝白菌斑的时候,菌落白斑过少,不知道是什么原因,并且菌落PCR后无条带,总是连接不上。。希望能得到解答,谢谢!!
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4, MolEPI+1): Good! 2011-08-12 16:18:59
dzwd(金币+2): 2011-08-13 22:48:22
dzwd(金币+1): 2011-08-15 07:35:35
1:基因4.9kb,相对于PMD19(不到3K)来说确实有些大了,但是并不表示不好连接,如果酶切,连接体系合适,连接上还是可以的;
2:楼主的基因和载体是否酶切完全,并且纯化干净,所谓酶切完全,酶切的时候有无拖尾?如果没有酶切干净,那么很影响下游的连接实验;纯化也很重要,一定要纯化干净,不然杂质会影响连接酶的效率以及连接的成功率;
3:连接体系中,因为基因比载体大一些,所以可以将载体适当多加一些,当然了,这要看两者的浓度了,相信楼主这一点应该可以自己定夺!
4:板子上长出来白色单克隆,可以挑到另外的板子上划线,然后PCR验证,当然了,正如楼主所说,PCR没有P出来,但是很有可能是你已经连接上了,但是只是做PCR没有扩增出来而已,因为你的基因有些大,你做PCR,可以延伸5min,30个循环,尝试一下,一般板子上长出来的白色单克隆十有八九都是对的。。。所以就是缺少验证而已,当然了,即便PCR没有做出来,你也可以提质粒,酶切呀,这样更加直接一些。。。
祝你好运!
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
13楼2011-08-12 12:31:35
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追梦草

新虫 (初入文坛)

我前一段时间连了3900bp的片段,PCR产物回收后浓度400ng/ul,16度连了14h,最后连上了。大片段就是不好连,如果能保证操作没问题的话,就尽量提高浓度和连接时间,这样连上的几率会大些。
19楼2013-08-05 23:18:52
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普通回帖

blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

dzwd(金币+1): 2011-08-13 22:48:56
楼主的DNA片段浓度太小吧!
jiayoubashaonian
2楼2011-08-12 10:48:20
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): Good!7K多,不错嘛! 2011-08-12 18:17:36
我们曾今做过7.3k的连接,将目的片段浓度调节的特别大,最后加了100ul感受态,板子长的时间长些!
jiayoubashaonian
3楼2011-08-12 10:50:20
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dzwd

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-08-12 10:50:20:
我们曾今做过7.3k的连接,将目的片段浓度调节的特别大,最后加了100ul感受态,板子长的时间长些!

你们在连接载体的时候,用了多少ul的目的片段呢
4楼2011-08-12 10:51:54
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dzwd

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-08-12 10:50:20:
我们曾今做过7.3k的连接,将目的片段浓度调节的特别大,最后加了100ul感受态,板子长的时间长些!

您是说我的平板要培养时间长一些是么,我是培养14个小时,那您认为大概多久为好呢,谢谢
5楼2011-08-12 10:53:49
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dzwd at 2011-08-12 10:51:54:
你们在连接载体的时候,用了多少ul的目的片段呢

我们用的全式金的,载体1ul,目的片段3.5ul。
jiayoubashaonian
6楼2011-08-12 10:54:11
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dzwd

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-08-12 10:48:20:
楼主的DNA片段浓度太小吧!

不好意思,那您认为多大浓度为好呢,我不是很明白,您能在说清楚一些么
7楼2011-08-12 10:55:05
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 有道理! 2011-08-12 18:17:52
dzwd(金币+1): 2011-08-15 07:35:17
大片段连接就是很难的,但是一直坚持做几天总会成功的。另外菌检的时候尽量扩增片段在2000bp一下,实在扩不出来就挑几个摇菌提质粒酶切验证。
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
8楼2011-08-12 10:55:40
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 热心 2011-08-12 18:18:01
当时我们是根据Marker大体估计了一下,浓度有16-20ng/ul左右!
jiayoubashaonian
9楼2011-08-12 10:56:39
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dzwd

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-08-12 10:56:39:
当时我们是根据Marker大体估计了一下,浓度有16-20ng/ul左右!

您平板培养大概多少时间,我是14个小时
10楼2011-08-12 10:59:31
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