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zlimba

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR 克隆 问题,小弟新手,求帮助。 已有3人参与

最近很不顺利,不知到底是哪儿出现了问题。

目的片段,1800-—2500bp     中间含有太多重复序列。

载体:PMD19-T

第一点、PCR扩增 ,  电泳回收 (试剂盒回收并电泳检测)
连接:DNA:7.7
          BUFFER:1
          T4酶:1
          pmd19-T:0.3             过夜16H左右。
转化:感受态是自己做的,涂板过夜培养一般长的很好,不知道是否代表感受态没有问题?
PCR阳性鉴定:r-taq酶,最近一直没有结果。
第二点、将PCR鉴定有阳性的用来提取质粒,做亚克隆,因为重复序列多,2000bp+的一般不容易测通。
双酶切之后电泳回收,条带明显存在梯度,是否代表这一步成功了。
然后,再一次连接
     DNA:8
     T4酶:1
     BUFFER:1
过夜16度  16H
转化也能长得很好,感受态还是用自己做的,但是阳性仍然没有。


途中曾经将未检测到阳性的 送到公司测序,显示空载。

所以我想是不是连接没有连接上?还是感受态问题?还是实验室药品有问题(大家阳性检测也很少很少,但我没有)?还是我以上步骤存在问题?特别是第二点亚克隆是否存在问题?
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猪尾巴草

新虫 (小有名气)

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-04-22 23:15:03
1、我问一下,你第一步PCR出目的基因连接了,为何还要再酶切连接?
2、如果你想知道是不是感受态的问题,你可以导个空载体到感受态里和不导载体涂板看看
2楼2014-04-22 19:49:51
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xygcdmr

木虫 (小有名气)

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★ ★
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zlimba(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-04-23 12:06:15
电泳回收后要再跑个电泳看下条带亮度,确定回收成功,可以的话还可以测浓度,如果很亮,或者浓度高,连接的时候DNA就没必要加太多,可能2-3就可以,载体0.3有点少,10的体系,应该加1。
PCR阳性检测时,假阳性太高,退火温度要很高来减少假阳性才行,可以只比引物TM值低1-2度,提完质粒做酶切鉴定更可靠。送测序就OK了,一次成功,不用二次连接的。
3楼2014-04-23 01:08:00
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xygcdmr

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-26 09:34:45
确定加对了抗生素,涂板长得很好,就不是感受态的问题,可以转一个对照质粒试试。一般质粒会长得密密麻麻。
4楼2014-04-23 01:10:24
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zlimba

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 猪尾巴草 at 2014-04-22 19:49:51
1、我问一下,你第一步PCR出目的基因连接了,为何还要再酶切连接?
2、如果你想知道是不是感受态的问题,你可以导个空载体到感受态里和不导载体涂板看看

序列重复片段太多了,第一次阳性鉴定送样的话,测不通。所以又提质粒酶切成小一点的片段,这样更加准确。
不知道我说的对吗?我看以前的论文有这样的。
5楼2014-04-23 10:35:43
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zlimba

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xygcdmr at 2014-04-23 01:08:00
电泳回收后要再跑个电泳看下条带亮度,确定回收成功,可以的话还可以测浓度,如果很亮,或者浓度高,连接的时候DNA就没必要加太多,可能2-3就可以,载体0.3有点少,10的体系,应该加1。
PCR阳性检测时,假阳性太高 ...

我直接送测序,回来不能拼接上。

现在用solution1载体加0.5  其他都是5 ,这个能行吗
6楼2014-04-23 10:38:47
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xygcdmr

木虫 (小有名气)

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★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-26 09:34:50
仔细拼接下,拼接不上应该就是没连接成功。送测序前可以用载体上的酶切位点做下酶切,酶切正确一般连接都会成功的。序列偏大,连接体系配置的时候要小心加样,4度过夜连接10-12小时效果会好些。PCR产物和载体摩尔比为1/2到2/1比较合适,连接前算下体系。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2014-04-23 13:58:05
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dizang2

新虫 (小有名气)

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★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-26 09:34:54
这个就太扯了,pmd19t做ta的话,a尾没加,然后链接体系不对:buffer看看是不是浓度正确的,takara的应该是2x的,还有takara的buffer里有链接酶的,不需要再加
8楼2014-05-26 09:12:16
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