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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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sars37

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[求助] 关于基因克隆的一些实验技术问题

小弟基因克隆新手,用的是限制性内切酶和连接,目前遇到两个问题,一个是用内切酶HindIII 和EcoRI 对有目的基因的质粒和PCDNA3.1酶切后,回收胶的回收率特别低,切完后看到的条带还很亮,回收后再电泳就很弱,测浓度发现只有10ng/ul左右,用的是QIAGEN的QIAEX II 试剂盒,小弟自己分析的原因是,50°水浴之后EP管里液体的颜色不够黄,也就是PH太高,没有调PH,还有一个就是在最后加水溶解DNA的时候水的PH偏酸,没有调到8.0。第二个问题是酶切的体系问题,含有目的基因的质粒酶切体系是10ul的Tvector,HindIII 和EcoRI各3ul,buffer4ul,共40ul体系,不知道PCDNA应该用什么样的体系,切多少,好像说连接的时候靶基因对质粒的摩尔数之比要在5-9:1,对这个概念我不是太懂。Tvector浓度是5.6ug/ul,纯化后的PCDNA浓度是0.86ug/ul。
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gyesang

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【答案】应助回帖

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sars37: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2013-07-13 15:49:40
1. 产物回收后,不用测浓度,到时候连接时,往体系里面多加点片段

2. 你的酶切体系有问题,EcoRI和HindIII酶根本不用这么多
质粒 1ug
EcoRI 1ul
HindIII 1ul
Buffer  2ul
-----------------------------
补齐水到20ul

目的基因的T载体,可以多切些,但1ug也足够了

载体一定要少切,一般400ng足够了,20ul体系,要充分保证载体被酶切开
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2楼2013-07-13 15:27:08
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sars37

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2楼: Originally posted by gyesang at 2013-07-13 15:27:08
1. 产物回收后,不用测浓度,到时候连接时,往体系里面多加点片段

2. 你的酶切体系有问题,EcoRI和HindIII酶根本不用这么多
质粒 1ug
EcoRI 1ul
HindIII 1ul
Buffer  2ul
-----------------------------
补 ...

我的质粒浓度是5.6ug/ul,PCDNA的浓度是0.8ug/ul,也就是说把质粒稀释五倍后吸1ul酶切,PCDNA稀释两倍后吸1ul酶切吗?
3楼2013-07-13 15:34:20
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gyesang

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3楼: Originally posted by sars37 at 2013-07-13 15:34:20
我的质粒浓度是5.6ug/ul,PCDNA的浓度是0.8ug/ul,也就是说把质粒稀释五倍后吸1ul酶切,PCDNA稀释两倍后吸1ul酶切吗?...

是这样子的,一定要控制好酶切的DNA量
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4楼2013-07-13 15:35:57
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sars37

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4楼: Originally posted by gyesang at 2013-07-13 15:35:57
是这样子的,一定要控制好酶切的DNA量...

好的,谢谢,关于T4连接酶的一些问题可能还要麻烦你。。比如反应体系什么的。。不知道DNA片段和载体DNA的pmol如何换算。
5楼2013-07-13 15:49:21
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gyesang

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5楼: Originally posted by sars37 at 2013-07-13 15:49:21
好的,谢谢,关于T4连接酶的一些问题可能还要麻烦你。。比如反应体系什么的。。不知道DNA片段和载体DNA的pmol如何换算。...

我一般不考虑片段和载体的mol比等问题,但有一个原则就是尽量多的加你的片段和少加载体,体系一般用小体积连接,比如10ul,我3-15ul的体系都用过,你可以试试10ul体系

片段   若干,多加点
载体   400ng酶切回收20ul洗脱的话,加2ul足够了
10X T4 ligase buffer 1ul
Ligase   1ul
-----------------------------------
补水到10ul
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6楼2013-07-13 15:58:39
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sars37

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6楼: Originally posted by gyesang at 2013-07-13 15:58:39
我一般不考虑片段和载体的mol比等问题,但有一个原则就是尽量多的加你的片段和少加载体,体系一般用小体积连接,比如10ul,我3-15ul的体系都用过,你可以试试10ul体系

片段   若干,多加点
载体   400ng酶切回 ...

那个,我还想再问一下,用QIAEXII这个试剂盒回收胶,做胶的TBE要用1mM EDTA,ph8.0调PH值吗,TBE的PH值要调到多少呢?电泳液也要调吗?
7楼2013-07-13 18:24:34
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