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sars37

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[求助] 关于基因克隆的一些实验技术问题

小弟基因克隆新手,用的是限制性内切酶和连接,目前遇到两个问题,一个是用内切酶HindIII 和EcoRI 对有目的基因的质粒和PCDNA3.1酶切后,回收胶的回收率特别低,切完后看到的条带还很亮,回收后再电泳就很弱,测浓度发现只有10ng/ul左右,用的是QIAGEN的QIAEX II 试剂盒,小弟自己分析的原因是,50°水浴之后EP管里液体的颜色不够黄,也就是PH太高,没有调PH,还有一个就是在最后加水溶解DNA的时候水的PH偏酸,没有调到8.0。第二个问题是酶切的体系问题,含有目的基因的质粒酶切体系是10ul的Tvector,HindIII 和EcoRI各3ul,buffer4ul,共40ul体系,不知道PCDNA应该用什么样的体系,切多少,好像说连接的时候靶基因对质粒的摩尔数之比要在5-9:1,对这个概念我不是太懂。Tvector浓度是5.6ug/ul,纯化后的PCDNA浓度是0.86ug/ul。
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sars37

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引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-07-13 15:27:08
1. 产物回收后,不用测浓度,到时候连接时,往体系里面多加点片段

2. 你的酶切体系有问题,EcoRI和HindIII酶根本不用这么多
质粒 1ug
EcoRI 1ul
HindIII 1ul
Buffer  2ul
-----------------------------
补 ...

我的质粒浓度是5.6ug/ul,PCDNA的浓度是0.8ug/ul,也就是说把质粒稀释五倍后吸1ul酶切,PCDNA稀释两倍后吸1ul酶切吗?
3楼2013-07-13 15:34:20
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gyesang

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【答案】应助回帖

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sars37: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2013-07-13 15:49:40
1. 产物回收后,不用测浓度,到时候连接时,往体系里面多加点片段

2. 你的酶切体系有问题,EcoRI和HindIII酶根本不用这么多
质粒 1ug
EcoRI 1ul
HindIII 1ul
Buffer  2ul
-----------------------------
补齐水到20ul

目的基因的T载体,可以多切些,但1ug也足够了

载体一定要少切,一般400ng足够了,20ul体系,要充分保证载体被酶切开
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-07-13 15:27:08
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gyesang

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引用回帖:
3楼: Originally posted by sars37 at 2013-07-13 15:34:20
我的质粒浓度是5.6ug/ul,PCDNA的浓度是0.8ug/ul,也就是说把质粒稀释五倍后吸1ul酶切,PCDNA稀释两倍后吸1ul酶切吗?...

是这样子的,一定要控制好酶切的DNA量
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2013-07-13 15:35:57
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sars37

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引用回帖:
4楼: Originally posted by gyesang at 2013-07-13 15:35:57
是这样子的,一定要控制好酶切的DNA量...

好的,谢谢,关于T4连接酶的一些问题可能还要麻烦你。。比如反应体系什么的。。不知道DNA片段和载体DNA的pmol如何换算。
5楼2013-07-13 15:49:21
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