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柠檬m97

银虫 (小有名气)

[求助] 怎么判断非特异性扩增 已有3人参与

我最近在做某中药ISSR单因素考察,好多文献上说引物或dNTP等浓度过高会引起错配以及非特异性扩增,我怎么判断是非特异性扩增而不是就该跑出来的条带呢。。。。
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 柠檬m97 at 2014-01-18 15:49:22
恩 有道理!我控制所有产地DNA的量试试~
还有个问题,我正交做完是不是还得考察循环次数呢...

你优化体系的目的,是不同重复之间出现稳定的、可分辨的条带,也就是避免出现“uneven amplification of some loci”。只要达到这个目的就行。

至于循环次数,可以考察一下。它所带来的影响和其它因素差不多,过高也容易出现非特异性、不稳定条带。总之,最终拿到条带明亮、重复之间稳定的方案就万事ok了。

预祝顺利
做一个阳光、开朗的小和尚
10楼2014-01-18 17:08:14
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Be_Abuse

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-01-17 12:47:41
是定量PCR还是普通pcr,出现非特异扩增的因素很多,引物的设计、浓度、dNTP和模版的浓度都会有影响。如果是普通PCR要看条带是否单一,定量的话加个溶解曲线看下是否是特异扩增。
2楼2014-01-17 10:48:45
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-17 13:05:22
就单因素,做浓度梯度
做一个阳光、开朗的小和尚
3楼2014-01-17 12:54:59
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rebubble

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
先根据条带的位置比对DNA分子的大小是否对
觉得差不多大小再测序一下
4楼2014-01-17 14:29:09
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