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猫di阁楼

铜虫 (初入文坛)

[求助] 平末端加A尾连接T载体的问题 已有4人参与

各位亲,打搅了

我现在有一段融合片段想要连接T载体,用的是primer star所以产物是平末端,因为同学都反应平末端连接效率低,所以想加A尾巴再连接T载体。

加A尾时用的是TAKARA的DNA A-Tailing Kit,加A尾的体系如下:

buffer    5微
dNTP     4微
A-Tailing enzyme   0.5微
平末端DNA片段      约600ng(试剂盒的要求是达到0.5~5微克)
水          up  to 50微

我的片段长度有3740bp,与T载体连接时间为:16度2个半小时。

转入DH5a后,在氨苄蓝白斑平板上筛选到白色的菌落进行菌落PCR、提质粒、酶切验证。
酶切的结果不理想,空载体的大小为2692bp,酶切得到的片段大小为3500bp左右,我想问的是:
1.有人说连接的片段大于载体的大小会很难连,是这样吗?
2.酶切结果好像是只连上了一部分,是否是16度的反应时间太短?(说明书上写“长片段(2kb以上)进行克隆时,连接反应请延长至数小时。”咨询了TAKARA,说3740的片段要连多长时间,回复说不要超过3个小时。)
3.平末端连接是否还有更好的方法或者是经验,对于4000bp左右的平末端片段,怎样更有效的连上载体呢?

谢谢各位。
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tanche163

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验! 2013-10-28 00:49:12
很简单,注意一个细节:加完a尾后一定要切胶回收,去除小片段,因为小片段也有a尾,容易优先连接t载体,导致空载。至于片段大小,我连过5kb,没有问题。另外普通PCR体系加a尾也很好用,没必要买小日本的试剂盒,太贵了
阳光总在风雨后
3楼2013-10-27 22:42:36
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-10-27 17:50:28
1 大片段确实比小片段难连接
2 怎么会“只连上一部分“呢?一般是要么连上,要么没连上啊。是不是用的酶有两个切点,正好把重组质粒切成两个3500bp左右的片段了?如果排除这个可能的话,只有多挑取转化子继续验证了。
3 实在不行可以用一些公司出的平端的克隆载体,直接往上连就行。
2楼2013-10-27 16:51:41
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猫di阁楼

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by tanche163 at 2013-10-27 22:42:36
很简单,注意一个细节:加完a尾后一定要切胶回收,去除小片段,因为小片段也有a尾,容易优先连接t载体,导致空载。至于片段大小,我连过5kb,没有问题。另外普通PCR体系加a尾也很好用,没必要买小日本的试剂盒,太贵 ...

请问一下,加尾的时候我用的是胶回收的产物,胶回收本来就损失比较大,加完A后再跑胶胶回收,会不会得到的产物更少呢?克隆的时候要求目的片段要达到一定的浓度嘛,这样会不会有影响?
4楼2013-10-28 19:22:20
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tanche163

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-10-29 16:37:15
猫di阁楼: 金币+1, 有帮助 2013-10-30 21:20:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by 猫di阁楼 at 2013-10-28 19:22:20
请问一下,加尾的时候我用的是胶回收的产物,胶回收本来就损失比较大,加完A后再跑胶胶回收,会不会得到的产物更少呢?克隆的时候要求目的片段要达到一定的浓度嘛,这样会不会有影响?...

PCR产物可以直接用纯化试剂盒先纯化一下,因为无论怎么操作都会伴随有断裂的DNA片段,这时候加a尾这些小片段也会被补齐并产生a尾,由于这些片段大小比目的片段小,所以会优先连接到T载体,因此加完a尾后一定要胶回收,你的“酶切结果好像是只连上了一部分”实际上就是断裂的小片段。
阳光总在风雨后
5楼2013-10-29 14:17:38
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ytetyio09

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-09-08 20:06:08
可以试试这篇论文的方法,虽然是个小的改进,但是值得一试,而且很方便:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24613256
7楼2014-03-25 18:53:52
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普通回帖

huoyongting

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-10-29 16:37:25
猫di阁楼: 金币+1, 有帮助 2013-10-30 21:20:56
引用回帖:
4楼: Originally posted by 猫di阁楼 at 2013-10-28 19:22:20
请问一下,加尾的时候我用的是胶回收的产物,胶回收本来就损失比较大,加完A后再跑胶胶回收,会不会得到的产物更少呢?克隆的时候要求目的片段要达到一定的浓度嘛,这样会不会有影响?...

回收是必须的,但是我觉得没必要跑胶,直接用纯化柱回收就好了,小片段挂不上柱,我做过N次了,没问题
6楼2013-10-29 16:35:22
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南海所老龚

新虫 (正式写手)

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-09-08 20:06:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by tanche163 at 2013-10-27 22:42:36
很简单,注意一个细节:加完a尾后一定要切胶回收,去除小片段,因为小片段也有a尾,容易优先连接t载体,导致空载。至于片段大小,我连过5kb,没有问题。另外普通PCR体系加a尾也很好用,没必要买小日本的试剂盒,太贵 ...

亲,你好,看了你在小木虫上的留言,连接5K片段都不成问题,很是佩服。我最近深受克隆的摧残,片段2500 bp左右,一直克隆不上,向虫友学习,希望不吝赐教。期待您的回复,祝好!
TheBestandMostBeautifulThingsintheWorldCan'tBeSeenorTouched,TheyMustBeFeltwithHeart.
8楼2014-07-03 16:21:02
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三撇五撇

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-09-08 20:06:17
长片段平末端连接效率是有点低,一般遇到长片段连接,我基本上是过夜连接,第二天转化,效果会好很多。基本上的2K~5K左右的都遇到过,都能搞定。
9楼2014-09-07 21:43:52
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-09-08 20:06:20
我们用的克隆材料就不用加A什么的,直接TAQ酶的PCR后,回收连接,做过1.5Kb的连接,长片段较短片段转化率确实是低点儿。
学习使你立于不败之地
10楼2014-09-08 17:06:20
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