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wanghx_2012

银虫 (小有名气)

[求助] 载体和酶切片段连接的问题

各位朋友,我现在在做重组质粒,用的是PHT304,想要在接头区连接一个Cry3a的启动子,现在我在启动子的上下油分别加了Pst1和Xba1的酶切位点.我用双酶切了T载体和304之后割胶回收了对应大小的片段,然后T4连接过夜转化DH5a,挑抗性平板上长的单菌落做PCR时可以看到微弱的1000bp的条带但是提质粒提出来的DNA远大于重组质粒理论大小.酶切的时候也看不到目标条带.我怀疑是不是有这样的情况:我的启动子自我连接了,然后这个连接体被接到了切开的304上.或则各位朋友有没有什么好的建议.多谢!~
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M110935

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
目的片段与T载体连接,T载体好像不用双酶切的吧,是直接连接的。
2楼2012-08-22 11:56:37
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sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-08-24 13:50:56
T载体有2种,一种是平末端,一种非平末端,平末端连接时对DNA聚合酶的种类没有要求,但是非平末端连接时,对目的片段有要求,就是PCR所用的DNA聚合酶是普通的Taq酶,这种酶在片段最后会加上一段Poly A尾巴,这样就可以做TA克隆了(连接到T载体)
坚持,就像流星,即使知道最后的结果,也要勇敢的走到最后!
3楼2012-08-24 10:20:08
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mgangle

铁杆木虫 (著名写手)

乐乐家族-----乐颠颠

【答案】应助回帖

★ ★
wanghx_2012: 金币+2, 有帮助 2012-08-24 20:52:44
1.PCR扩增有弱条带,但是酶切却没有,原因很可能是没有连接到304载体,因为菌落PCR有时候也会出现假阳性,我们可以简单理解为目的片段只是附着在菌落表面,所以PCR扩增是可以的,但是一旦摇成菌液再PCR检测,可能连弱带也没有了,楼主实在不放心,简单的方法是送去测序就知道有没有连接上了!
2.质粒与预测大小不一致,质粒正常提取一般会有螺旋,环状等结构,质粒条带的位置变化和这些结构也有一定关系,不能完全说明什么问题!

所以最简单的方法送去测序,一般一个反应也就25元左右,与酶切花费差不多。
麦兜麦兜~~~我要一碗鱼丸粗面。。对不起,么有鱼丸粗面。。那,我要鱼丸么有鱼丸那,我要粗面…………么有粗面那,我要鱼丸粗面……………………
4楼2012-08-24 16:25:34
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wanghx_2012

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mgangle at 2012-08-24 16:25:34
1.PCR扩增有弱条带,但是酶切却没有,原因很可能是没有连接到304载体,因为菌落PCR有时候也会出现假阳性,我们可以简单理解为目的片段只是附着在菌落表面,所以PCR扩增是可以的,但是一旦摇成菌液再PCR检测,可能连 ...

我重新酶切回收了启动子和304的酶切片段,重新连接,今天在挑的单菌落PCR时得到了很好的目的条带.所以我估计是第一次连接的时候出了问题,所以在PCR时出现的微弱条带根本就不是真的,而是干扰.谢谢各位了
5楼2012-08-24 20:52:04
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6楼2012-08-25 23:09:23
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