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alman001

铜虫 (小有名气)

[求助] 菌液PCR条带大小总是和连接片段不一致啊! 已有3人参与

本人利用clontech的genome walker universal kit扩增一个基因的5'启动子序列,扩增出了800bp-3000bp大小不一的各种条带,然后切胶回收,连接到pMD19-T载体,转化大肠杆菌DH5a,之后挑单克隆做菌液PCR(用的是通用引物M13-F/R)。

问题来了:
                 我的菌液PCR分三种情况:a. 800bp的插入片段,菌液P出来还是800bp左右,这个比较正常
                                                          b.1000bp的插入片段,菌液P出来也是800bp左右,不正常
                                                          c.2000bp的插入片段,菌液P出来也是800bp左右,不正常
       然后我把三种情况的菌液各挑出来3个去测序,发现三种情况之间测出来的结果一致性还比较高,为什么不同大小的片段P出来的条带大小都变小??但是测序结果却比较相似,两者有什么联系吗???


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有事做,无事争
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王希望

铁杆木虫 (正式写手)

你每切割条带时候换一个刀片试试
2楼2015-07-02 15:29:30
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那是我的-

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可能污染了,短的相对容易连上,导致长片段回收后没有连上,自然转化进去的也是段片段咯
3楼2015-07-02 15:42:55
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alman001

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 王希望 at 2015-07-02 15:29:30
你每切割条带时候换一个刀片试试

有思路!
有事做,无事争
4楼2015-07-03 09:36:50
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王希望

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by alman001 at 2015-07-03 09:36:50
有思路!...

反正不差钱,剩下的刀片洗洗接着用。
5楼2015-07-03 16:15:04
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364785724

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我感觉跟刀片没多大关系吧。一个基因的启动子片段可以有很多重复序列。你P出的结果都可以利用。但是后期效果就不知道了。你得多试试几个。
6楼2015-07-09 22:09:25
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Anna Chen

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主,我也遇到这种情况,你找到原因了吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2016-01-06 13:52:45
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Anna Chen

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主,我也遇到这种情况,你找到原因了吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2016-01-06 13:54:14
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