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原孟子

金虫 (小有名气)

[求助] 菌落pcr跟酶切 已有6人参与

如题,最近一直在做pcr-rflp,前几周是转化长不出菌来,这次好不容易长菌了,但是菌落pcr图谱亮带又不是很亮,又挑了一些菌试了一下,还是这样。酶切试了一下几乎只有两条亮带,跑了大约一个半小时,110V电压,虫子们,给点意见,哪里做错的节奏,不想再重新开始了,真的。。。都快崩溃了做实验做的,头晕


菌落pcr跟酶切
612.jpg


菌落pcr跟酶切-1
jlpcr612.jpg


菌落pcr跟酶切-2
mq612.jpg
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认真吃饭,认真睡觉,认真生活。
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名闯天下

木虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 应助指数-1, 无应助 2015-06-15 22:53:28
师姐,我好笨,帮不了你什么。要不再做的时候带上我吧。没准就成功了呢?我还学习一下。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-06-13 07:07:41
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
原孟子(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-06-15 22:54:04
你的菌落PCR貌似都不对呀,无论产物大小,菌落PCR的带应该是很单一很亮才对的啊

好的菌液PCR图是这样的
链接: http://pan.baidu.com/s/1dD0Hxlf 密码: g5qn
没有做不到,只有想不到!
3楼2015-06-13 10:59:06
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原孟子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-06-13 10:59:06
你的菌落PCR貌似都不对呀,无论产物大小,菌落PCR的带应该是很单一很亮才对的啊

好的菌液PCR图是这样的
链接: http://pan.baidu.com/s/1dD0Hxlf 密码: g5qn

对啊,不亮是不是菌转化那步没做好?

[ 发自小木虫客户端 ]
认真吃饭,认真睡觉,认真生活。
4楼2015-06-13 12:15:16
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Tama二等兵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 原孟子 at 2015-06-13 12:15:16
对啊,不亮是不是菌转化那步没做好?
...

不是,退火温度设高点,摇菌时间长点
5楼2015-06-14 10:31:58
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易水秋寒

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可能是PCR条件不合适,不行换种PCR酶试试吧
6楼2015-06-15 16:17:04
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xiaofeng521

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
原孟子(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-06-15 22:55:00
杂带多是引物不特异或者退火温度低,建议设计特异的引物,p的时候设置温度梯度。条带不亮可以多跑几个循环。

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-06-15 18:28:57
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sonyangg

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

做一下梯度PCR吧,看似是有但是扩增不足,但是要是结果一直不好,重新做一批质粒载体感受肽吧····
8楼2015-06-15 23:20:36
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原孟子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaofeng521 at 2015-06-15 18:28:57
杂带多是引物不特异或者退火温度低,建议设计特异的引物,p的时候设置温度梯度。条带不亮可以多跑几个循环。

我用的引物都是通用的引物,但是我师兄做的条带都是很亮的。如果做特异性引物是不是针对一种菌,这方面不是很了解。

[ 发自小木虫客户端 ]
认真吃饭,认真睡觉,认真生活。
9楼2015-06-16 08:48:51
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zhangyo

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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原孟子: 金币+66, ★★★很有帮助 2015-06-24 11:02:45
个人建议:
1)PCR产物一定要好,浓度足够,条带单一,可回收之后使用,尽量要新鲜。
2)酶的选择,有的酶虽然文献推荐的挺多,但不见得对所有样品都好用,选用4碱基酶,最好有自己的测序结果,看看序列上到底有多少酶切位点。(你这个明显的位点少,基本所有的菌都是那一两个酶切点,所以切出来都一样)
3)单切不好用是,可考虑双切。
10楼2015-06-16 14:30:46
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