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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

[交流] 测序正确的片段双酶切连接表达载体,提质粒PCR验证后,还需要再次测序吗?

我做的是表达,照理应该测序确定一下,不过之前对双酶切太信任了,我切胶回收又从来不用紫外,都是肉眼看着徒手切。感觉没有什么能让片段变化的因素。
  但是最近单酶切的一个样品送去测序,连的片段已经测序正确了,pcr鉴定用的是上游特异性引物,下游通用引物,pcr条带大小正确,但是测序居然连反了……而且末端有三个单点突变……突变可能是测序错误,我一看反了也没有再细看。但是连反了是什么鬼!
  我还有六个样品,是双酶切连接的,在克隆载体上测序正确,然后连了表达载体,提质粒pcr鉴定,上下游引物分别是特异性引物和通用引物,条带大小正常,而且每个样挑的三个单克隆条带大小相同。这是不是意味着这三个样我可以随便用呢?网上没有关于这个的讨论,我心里挺没底的,做过的同学都来说一说吧。
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-04-09 08:24:43
双酶切的话除非你的质粒酶切位点反了,否则不可能反向。你的测序是不是用反向引物测的?反向引物测序话序列是反向的。
2楼2015-04-07 12:16:22
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2015-04-07 12:16:22
双酶切的话除非你的质粒酶切位点反了,否则不可能反向。你的测序是不是用反向引物测的?反向引物测序话序列是反向的。

我的片段3000,所以都是双向测序再拼接的

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-04-07 16:04:42
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流氓一个

金虫 (正式写手)


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单酶切确实有连反的可能啊
我有我人生
4楼2015-04-08 08:33:32
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xiaochong8693

木虫之王 (文坛精英)

祝你一切顺利,努力加油,心想事成,好梦成真!
5楼2015-04-08 09:16:19
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nemo88

禁虫 (小有名气)

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ggyy0911: 金币+5 2015-04-08 22:10:25
本帖内容被屏蔽

6楼2015-04-08 09:51:12
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Sunshine092

木虫 (小有名气)

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ggyy0911: 金币+5 2015-04-08 22:13:22
如果是原核表达,我一般是先做个小量,看小量跑胶结果考虑是否有必要再去测序。不过,测个序验证一下总是好的。
7楼2015-04-08 10:35:39
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by nemo88 at 2015-04-08 09:51:12
单酶切连反是正常的。。。测序末端的单点突变你要看测序结果是否再可信位置,具体去看它的峰图,一般起始30个碱基不可信,错了不用管它,非要确定的话看反向测序的结果

双酶切PCR验证后一般不用再测序,我都是双 ...

单酶切连反确实正常,但我当时是通用引物正向,特异引物反向出目的条带了才送的测序。如果连反应该是p不出条带的。
  最后你说的组合验证我确实没想到,是个好办法。
  测序倒没有不方便,就是构建的载体比较多,前面测序已经花了3000多……怕老师说我浪费钱……今天一咬牙已经送去测序了……
8楼2015-04-08 22:13:08
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by Sunshine092 at 2015-04-08 10:35:39
如果是原核表达,我一般是先做个小量,看小量跑胶结果考虑是否有必要再去测序。不过,测个序验证一下总是好的。

怎么样的结果是有必要测序或者没必要测序呢?是表达出来送测序还是表达不出来才送测序?
  我做的是真核表达,毕赤酵母。不过都差不多吧。
9楼2015-04-08 22:14:54
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Sunshine092

木虫 (小有名气)


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引用回帖:
9楼: Originally posted by ggyy0911 at 2015-04-08 22:14:54
怎么样的结果是有必要测序或者没必要测序呢?是表达出来送测序还是表达不出来才送测序?
  我做的是真核表达,毕赤酵母。不过都差不多吧。...

表达出来的蛋白跟预期大小差不多,我就不测序。表达不出来就去测序。
10楼2015-04-09 11:36:50
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