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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 为什么酶切片段大小大于预测
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593318518

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么酶切片段大小大于预测 已有5人参与

使用酶切质粒载体得到插入片段。插入片段理论上大小为973bp，酶切完后跑1%琼脂糖凝胶，酶切片段位于1000bp之上。这是为什么了？
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1楼 2015-05-04 09:33:39
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-04 23:21:24
排除本身实验问题之后，有一种解释：DNA结构可能发生变化，如发生超螺旋或者环化，电泳时，迁移率会发生变化。
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2楼2015-05-04 09:53:42
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593318518

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-05-04 09:53:42
排除本身实验问题之后，有一种解释：DNA结构可能发生变化，如发生超螺旋或者环化，电泳时，迁移率会发生变化。

有参考文献吗
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3楼2015-05-04 11:31:56
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593318518

新虫 (小有名气)
补充一下，酶切产物有纯化，所以排除盐离子影响
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4楼2015-05-04 11:37:08
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是这样的，970bp左右的片段，胶浓度应为2%最佳，你现在是1%，而且973bp和1000bp也差不多远，所以先换个胶浓度试试
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-05-04 14:16:42
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nvs0558

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-05-04 23:21:45
这里的问题有：1. 酶切产物可能有DNA结构变化，所以难以分离；2.你的上样量有多大？如果上了很多个ug的话，也可能造成一定的漂移（你会看到类似于环状的条带）；3. 970+bp和1kb本身的差别并不是很大；个人觉得2%用于100~500bp比较好，分离970bp和1kb的话，相比1%的效果更差。 这个胶的浓度已经可以了；你可以考虑左右两边各上一个1kb和100bp的ladder，这样分辨地比较清楚。
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6楼2015-05-04 15:07:04
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wanglei512

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序 可说明 一切问题  ，何必纠结于此？
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7楼2015-05-04 16:18:56
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匿名

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8楼2015-05-04 18:16:21
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