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593318518

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么酶切片段大小大于预测 已有5人参与

使用酶切质粒载体得到插入片段。插入片段理论上大小为973bp,酶切完后跑1%琼脂糖凝胶,酶切片段位于1000bp之上。这是为什么了?
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-04 23:21:24
排除本身实验问题之后,有一种解释:DNA结构可能发生变化,如发生超螺旋或者环化,电泳时,迁移率会发生变化。
2楼2015-05-04 09:53:42
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593318518

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-05-04 09:53:42
排除本身实验问题之后,有一种解释:DNA结构可能发生变化,如发生超螺旋或者环化,电泳时,迁移率会发生变化。

有参考文献吗
3楼2015-05-04 11:31:56
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593318518

新虫 (小有名气)

补充一下,酶切产物有纯化,所以排除盐离子影响
4楼2015-05-04 11:37:08
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是这样的,970bp左右的片段,胶浓度应为2%最佳,你现在是1%,而且973bp和1000bp也差不多远,所以先换个胶浓度试试
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-05-04 14:16:42
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nvs0558

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-05-04 23:21:45
这里的问题有:1. 酶切产物可能有DNA结构变化,所以难以分离;2.你的上样量有多大?如果上了很多个ug的话,也可能造成一定的漂移(你会看到类似于环状的条带);3. 970+bp和1kb本身的差别并不是很大;个人觉得2%用于100~500bp比较好,分离970bp和1kb的话,相比1%的效果更差。 这个胶的浓度已经可以了;你可以考虑左右两边各上一个1kb和100bp的ladder,这样分辨地比较清楚。
6楼2015-05-04 15:07:04
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wanglei512

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
测序 可说明 一切问题  ,何必纠结于此?
7楼2015-05-04 16:18:56
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匿名

荣誉版主 (知名作家)

优秀版主

感谢参与,应助指数 +1
本帖仅楼主可见
8楼2015-05-04 18:16:21
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