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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助：酶切下来的片段比PCR片段大100多bp是怎么回事，怎么解决这个问题。
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湖畔狂想

金虫 (小有名气)

[求助] 求助：酶切下来的片段比PCR片段大100多bp是怎么回事，怎么解决这个问题。 已有3人参与

我用的载体是宝生物 PMD 18-T SIMPLE VECTOR.
酶切的酶是Promega的。
PCR时，片段的位置很准确，但是和载体连完再切时，就发现切下来的片段比PCR时的大了100多。
一开始怀疑是点样的问题，于是换了1管溴酚蓝，结果仍偏大。
换用6X LOADING BUFFER ,结果略好一点点，比用溴酚蓝时小了一点，但是由于我的目的片段是693和795，即使用了6X LOADING BUFFER酶切条带仍在750mark上面。
有没有哪位前辈遇到过这种问题，求指教。
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1楼 2014-01-13 19:49:57
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-13 20:48:45
你PCR产物上带酶切位点还是利用载体上的。选两个测序看看。
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hehe
2楼2014-01-13 20:09:42
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-14 08:32:42
酶切后的产物含盐量可能较高，会影响DNA的迁移率，从胶上观测的分子量未必准确。你可以继续克隆，以测序结果为准。
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3楼2014-01-14 00:03:12
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冷眼倦天涯

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-28 17:54:09
酶切时的盐离子会影响条带的大小，这是很正常的，不是你的实验的问题，这个问题应该是经常遇到的，链接完毕之后，可以通过测序比对序列来判定结果！！
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4楼2014-01-14 10:44:09
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湖畔狂想

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-01-14 00:03:12
酶切后的产物含盐量可能较高，会影响DNA的迁移率，从胶上观测的分子量未必准确。你可以继续克隆，以测序结果为准。

太感谢了，您这么说给了我很大的信心！
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5楼2014-01-14 10:44:33
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