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劳龙宝

新虫 (小有名气)

[求助] 750bp片段克隆 已有8人参与

虫友们大家好!
       我就不卖关子了。我最近一直在做PCR,目的片段大约是750bp,体系如下:buffer~2ul,dNTPmix~1.6ul ,引物各0.5ul ,模板(cDNA)~2ul,酶~0.2ul,水~13.2ul,一起是20ul的体系,  酶是takara 的ExTaq,   程序:94  5min, 94  30s, annealing 30s,  72  45s,  35个cycles,  72  5min。  刚开始就按引物合成单上面的退火温度来做,结果只有100bp的引物二聚体,后来做了个温度梯度,结果还只有100bp的引物二聚体。上游引物是参考文献上面的,下游引物是软件设计的,上游引物18bp,下游引物19bp。求高手指导啊!先在此谢过大家了!本人金币不过,忘见谅!
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by a50044758 at 2014-11-19 15:48:37
模板有问题,换模板吧,我们实验室有个同学就是这样,模板的质量不行。

今天确实是换了之前分装的cDNA(反转后没有用过的),做个温度梯度就出现了目的条带!但是带比较淡!现在就是如何使目的条带亮点!谢谢!
17楼2014-11-19 15:56:46
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普通回帖

zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-18 22:50:50
你退火温度都用了多少温度的范围?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-11-18 18:11:54
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guoliwang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-18 22:50:58
如果改变退火温度和其它条件都无效,也许需要换引物。不过觉得你循环数有点多,25到28应该就够了,循环数再多,产物也增加不了太多。模板一般加50ng(0.5ul左右)就不少了,你质粒什么浓度?你可以把模板质粒跑电泳估测浓度,Abs260对过高和过低浓度不准。引物是10uM的吧?别和100uM搞混。还有如果只是一个反应的话,可以把反应体系增加到50ul,否则蒸发一点,再挂壁一点,对反应体系影响大,而且体积太小不好加样,另外产物量也增加了。为获得更多PCR产物,我的经验是增加反应体积比过高提高循环数好。
慎思明辨博学笃行
3楼2014-11-18 18:40:27
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaodahe at 2014-11-18 18:11:54
你退火温度都用了多少温度的范围?

合成的引物上面给出的温度一个是52.3°,一个是53.3°,我做的温度梯度是50~56°
4楼2014-11-18 18:41:34
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-18 22:51:09
基因组可以扩增出条带吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2014-11-18 18:44:21
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by guoliwang at 2014-11-18 18:40:27
如果改变退火温度和其它条件都无效,也许需要换引物。不过觉得你循环数有点多,25到28应该就够了,循环数再多,产物也增加不了太多。模板一般加50ng(0.5ul左右)就不少了,你质粒什么浓度?你可以把模板质粒跑电泳 ...

谢谢啦!我先提取植物的RNA,再反转,利用cDNA作为模板的(模板cDNA我稀释了100倍),浓度我没有检测!条件有限,无法检测!引物是10uM,我没有试过50ul的体系的!我等哈来试试!
6楼2014-11-18 19:10:47
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

我是cDNA作为模板!(RNA反转的)
7楼2014-11-18 19:11:33
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

自己顶哈!在线等待大家的回复啊!
8楼2014-11-18 19:27:41
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fuchange918

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-18 22:51:19
楼主为什么要稀释cDNA模板呢,我都是反转录20微升的体系,25μL反应体系模板加1-2μL。
(1)楼主还是做一个45-50的梯度吧,引物和合成单上给的是Tm值,而不是退火温度
(2)确定你的目的基因在你提取的组织里表达与否?
(3)也有可能是酶的问题,750bp rTaq酶足以,可以换酶试一下
(4)实在不行还是换引物吧
9楼2014-11-18 20:31:26
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by fuchange918 at 2014-11-18 20:31:26
楼主为什么要稀释cDNA模板呢,我都是反转录20微升的体系,25μL反应体系模板加1-2μL。
(1)楼主还是做一个45-50的梯度吧,引物和合成单上给的是Tm值,而不是退火温度
(2)确定你的目的基因在你提取的组织里表达 ...

cDNA稀释是因为我要做半定量,是说退火温度要比合成单上面的低5°吧!,我今天也在想这个基因到底在我取得材料里面有表达吗?后来我和别人讨论了,应该有表达了的,只是表达量的问题!酶的话我刚开始都是用的新的!也换了高保真的酶试了,不行啊!
我就不明白我克隆个片段怎么就这么难!
10楼2014-11-18 20:40:23
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