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我就是保哥哥

金虫 (小有名气)

[求助] 连接转化后提质粒做酶切,可以切出带,做质粒PCR却P不出来,为什么???已有10人参与

质粒是PCM351,连接转化后挑菌落提质粒,然后做酶切跑胶,可以很明显的看到切下的条带,大小也正确,但用质粒做PCR后却跑不出条带,,这是什么原因啊,快疯了。
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happydove

新虫 (小有名气)

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我就是保哥哥: 金币+2, 有帮助 2014-10-23 16:28:49
楼主,PCR体系没看到你加的酶
首先你分析一下载体的酶切位点,然后PCR时有个阳性对照,酶切设阴性对照了吗?
13楼2014-10-23 11:19:38
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灰血动物

金虫 (小有名气)

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我就是保哥哥: 金币+2, 有帮助 2014-10-23 16:28:21
楼主 是这样的
酶切的可信度大于PCR,小于测序

你可以送几个样品去测序

另外 你说你P不出来并列出了体系 但是并没有详细说明的引物的位置信息等

你有没有将连接前的“空质粒”作为对照呢?
未完成
14楼2014-10-23 15:27:03
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小冀-

版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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我就是保哥哥: 金币+2, 有帮助 2014-10-20 15:53:04
我也遇到过相同的情况,可以切出来,但是PCR的时候没有条带···我之所以做PCR,是因为我酶切之后的片段比预想的片段少大概1000bp,所以想用PCR鉴定一下,但没有P出来···个人认为酶切比PCR靠谱···
···
2楼2014-10-20 15:51:42
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我就是保哥哥

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小冀- at 2014-10-20 15:51:42
我也遇到过相同的情况,可以切出来,但是PCR的时候没有条带···我之所以做PCR,是因为我酶切之后的片段比预想的片段少大概1000bp,所以想用PCR鉴定一下,但没有P出来···个人认为酶切比PCR靠谱···

我是转化后挑了16个菌落做菌落PCR,但是P不出来或者非常非常模糊,所以我直接提质粒酶切了,奇怪的是酶切的16个样本都切出来了,就是说我的连接效率是100%,所以这个概率太高了,才做的质粒PCR,结果一个没有P出来。一般来说质粒PCR有结果,酶切没结果是可疑的;但我的酶切有结果,质粒PCR却没结果,这个是为什么呢,我想不通呀,,,压力好大
3楼2014-10-20 15:58:08
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谢铮

至尊木虫 (著名写手)

爱分子爱实验

请问你用的是什么引物?
博学好友张弛有度
4楼2014-10-20 16:33:50
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 我就是保哥哥 at 2014-10-20 15:58:08
我是转化后挑了16个菌落做菌落PCR,但是P不出来或者非常非常模糊,所以我直接提质粒酶切了,奇怪的是酶切的16个样本都切出来了,就是说我的连接效率是100%,所以这个概率太高了,才做的质粒PCR,结果一个没有P出来 ...

我一直用的是酶切鉴定的,我想只要片段对就应该是OK的吧,只是我切出来之后片段少了1000,所以我才做的PCR
···
5楼2014-10-20 16:44:16
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我就是保哥哥

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 谢铮 at 2014-10-20 16:33:50
请问你用的是什么引物?

引物是之前设计好的引物,之前单纯的做PCR是没有问题的,这个应该不是问题,我都做了两个月了,不知道这次到底连上了没有,烦死人啦
6楼2014-10-20 16:44:36
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我就是保哥哥

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 小冀- at 2014-10-20 16:44:16
我一直用的是酶切鉴定的,我想只要片段对就应该是OK的吧,只是我切出来之后片段少了1000,所以我才做的PCR...

我酶切的片段大小没有问题,关键是16个样全有带,这个可疑,老师说这个问题比较大,不可能挑了16个就全是连接上的,如果有几个没有带的话,说明没有问题,我真的不知道怎么办了,,,
7楼2014-10-20 16:49:11
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2007090351

铜虫 (初入文坛)

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你质粒PCR的模板加的是多少?
8楼2014-10-20 21:50:59
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海之草

金虫 (小有名气)

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片段很长吗?质粒正反测个序就知道什么情况了。
9楼2014-10-21 12:38:22
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我就是保哥哥

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 2007090351 at 2014-10-20 21:50:59
你质粒PCR的模板加的是多少?

20ul体系,buffer10,引物F1ul,引物R1ul,质粒1ul,水7ul,这应该没有问题
10楼2014-10-21 21:15:51
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