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lilongping

新虫 (正式写手)

[求助] PCR扩增严重弥散,但是以前用同样方法,条件和试剂都是结果非常好的已有5人参与

大家看看我这个PCR图片是什么原因呢?
PCR条件是:94° 60s, 52°60s,72° 5min, 扩增循环35圈,用的是3步PCR实验的。这个程序我一直在用,模板是细菌基因组。前一段时间用同样的PCR方法,试剂,模板等等都是一样的,扩增出来了目的条带,实验结果非常好。最近,我想重复这个实验,再做一些回收回来测序用,但是,怎么重复,都是这种严重弥散啊,大家看看这种情况应该怎么办呢?

前后用的PCR条件和试剂都是完全一样的。

两边最边上的3个泳道都是不同大小的DNA分子量标准Marker,他们是清醒可见的。

PCR扩增严重弥散,但是以前用同样方法,条件和试剂都是结果非常好的
2014-08-14  5个12_5扩增失败.jpg
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owl2010

金虫 (正式写手)

是不是模板有降解,电泳看一下模板有没有问题。
男人的组成要素:金钱、面子、性、怕死、自恋、吹牛逼。
2楼2014-08-18 12:13:27
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vapordw

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


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lilongping(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-18 15:50:31
既然条件跟试剂都一样,差不多也就是模板有问题了吧
3楼2014-08-18 14:38:55
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trizol11

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lilongping(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-18 15:50:39
酶量太大,延伸时间短,你修改一下在跑一次试试,
拖带很严重。
任重道远……
4楼2014-08-18 15:21:05
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lilongping

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by owl2010 at 2014-08-18 12:13:27
是不是模板有降解,电泳看一下模板有没有问题。

新提取的基因组DNA用同样的方法做出来也是这样,严重拖尾啊,我现在都不知道该怎么办呢?
5楼2014-08-18 22:34:49
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
PCR扩增时出现涂抹带或片状带或地毯样带的原因与对策

凌波丽

2013年8月23日总结(第二次修订,加上序号,使文章的层次清晰,另外修正了错漏之处)
2013年10月9日凌晨第三次修改补充。  

    PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。
    其原因往往由于酶量过多或酶的质量差或酶的专一性不够,DNA模板量过大,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多,模板长于3kb所引起。

    其对策有:
  1.减少酶量(一般以2单位Taq DNA聚合酶为基点,分梯度上下调一调,其他酶也差不多如此浓度,可以参考说明书);加强DNA聚合酶的专一性或调换另一来源的专一性更好的DNA聚合酶。
  2. 增加DNA聚合酶的专一性。
(1)改用专一性更强的DNA聚合酶,或者使用两种不同的DNA聚合酶,减低酶量或调换另一来源的专一性高的酶。更换DNA聚合酶时,酶量不要太大,以免出现特异性扩增。   
(2)酶制剂中的甘油可能也是干扰因素。可以加入反应体系之前用超滤去除酶制剂中的甘油,若此操作引起酶的浓度过高,可以适当加双蒸馏水稀释。
(3)为了加强Taq DNA聚合酶的专一性。 的专一性,可在反应体系中加入:1-1.5mol/L的甜菜碱或者5%的DMSO可以提高PCR扩增效率,两者可以增加Taq DNA聚合酶的稳定性。
3.适当减少dNTP的浓度;减少dNTP的浓度一般需要与降低Mg2+浓度同方向偶联进行,但是不必按同样的比例。
4.适当降低Mg2+浓 度,可以采用梯度递减方式,以每次0.5mol/L递减,但是Mg2+的终浓度不要低于1.0mol/L。
5. 缩短PCR反应的退火温度时间或调高复性温度。没有重新设计引物之前,不要大范围地变动反应体系的复性温度,要在引物的Tm少5-10度的范围内变动。如果出现非特异性扩增,则在引物的Tm少5-10度的范围内把PCR反应的复性温度提高1-3度。
6.使用梯度降低PCR。在以基因组DNA为模板进行PCR扩增时,非特异性扩增较多,这时,最初的退火温度选用比Tm高5-10度。然后每隔1个循环,退火温度降低1-2度,直至到达正常的Tm附近的退火温度。
7.采用使用专一性更强的梯度降低PCR、热启动PCR和巢式PCR。使用热启动模式。使用热启动时可以购买商用的PCR热启动酶,也可以用石蜡隔离模式。巢式PCR也有现成的试剂盒可以购买。
8. 保证PCR反应的DNA模板的质量,要用电泳检测一下分子量和纯度,质量不好则要重新提取和纯化DNA模板;适当增加DNA模板量,减少循环次数。
9.以上措施都不行时,最后就只能重新设计引物,加强引物的专一性。
10.适当减少DNA模板量。
11.适当减少循环次数,一般也就循环25次就差不多了。
12.如果楼主的PCR模板是3kb或者更大,用普通PCR效果大概不会很理想,应该考虑使用Long-Range PCR。

楼主三次的实验流程和试剂一样,但这次效果如此不好,我个人认为:首先考虑酶的质量、模板质量(放久了模板也可能发生降解,尤其是反复冻融)、其他的试剂的质量,实际操作是不是失准等问题(可能一些操作细节由于以前的成功,所以这次比较放松了,实际的操作并不标准)等。
6楼2014-08-19 02:14:17
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hufangzhou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我以前也出现过这种情况,把模板稀释十倍后就好了,你可以试试看!
7楼2014-08-19 08:21:39
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8楼2014-08-19 08:43:39
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kkzzll0624

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
酶,镁离子,dntp的浓度,很关键,换个新酶,核实这几个试剂的浓度,重新试试吧

[ 发自小木虫客户端 ]
好好学习,天天向上!
9楼2014-08-19 08:46:41
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墨砚尘加油

新虫 (初入文坛)

亲,你这个问题是怎么解决的?求助!急急急急!多谢了
10楼2015-12-08 11:29:48
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