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lilongping新虫 (正式写手)
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PCR扩增严重弥散,但是以前用同样方法,条件和试剂都是结果非常好的已有5人参与
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核酸生物学实验经验 |
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owl2010
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2楼2014-08-18 12:13:27
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trizol11
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lilongping
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5楼2014-08-18 22:34:49
凌波丽
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【答案】应助回帖
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PCR扩增时出现涂抹带或片状带或地毯样带的原因与对策 凌波丽 2013年8月23日总结(第二次修订,加上序号,使文章的层次清晰,另外修正了错漏之处) 2013年10月9日凌晨第三次修改补充。 PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。 其原因往往由于酶量过多或酶的质量差或酶的专一性不够,DNA模板量过大,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多,模板长于3kb所引起。 其对策有: 1.减少酶量(一般以2单位Taq DNA聚合酶为基点,分梯度上下调一调,其他酶也差不多如此浓度,可以参考说明书);加强DNA聚合酶的专一性或调换另一来源的专一性更好的DNA聚合酶。 2. 增加DNA聚合酶的专一性。 (1)改用专一性更强的DNA聚合酶,或者使用两种不同的DNA聚合酶,减低酶量或调换另一来源的专一性高的酶。更换DNA聚合酶时,酶量不要太大,以免出现特异性扩增。 (2)酶制剂中的甘油可能也是干扰因素。可以加入反应体系之前用超滤去除酶制剂中的甘油,若此操作引起酶的浓度过高,可以适当加双蒸馏水稀释。 (3)为了加强Taq DNA聚合酶的专一性。 的专一性,可在反应体系中加入:1-1.5mol/L的甜菜碱或者5%的DMSO可以提高PCR扩增效率,两者可以增加Taq DNA聚合酶的稳定性。 3.适当减少dNTP的浓度;减少dNTP的浓度一般需要与降低Mg2+浓度同方向偶联进行,但是不必按同样的比例。 4.适当降低Mg2+浓 度,可以采用梯度递减方式,以每次0.5mol/L递减,但是Mg2+的终浓度不要低于1.0mol/L。 5. 缩短PCR反应的退火温度时间或调高复性温度。没有重新设计引物之前,不要大范围地变动反应体系的复性温度,要在引物的Tm少5-10度的范围内变动。如果出现非特异性扩增,则在引物的Tm少5-10度的范围内把PCR反应的复性温度提高1-3度。 6.使用梯度降低PCR。在以基因组DNA为模板进行PCR扩增时,非特异性扩增较多,这时,最初的退火温度选用比Tm高5-10度。然后每隔1个循环,退火温度降低1-2度,直至到达正常的Tm附近的退火温度。 7.采用使用专一性更强的梯度降低PCR、热启动PCR和巢式PCR。使用热启动模式。使用热启动时可以购买商用的PCR热启动酶,也可以用石蜡隔离模式。巢式PCR也有现成的试剂盒可以购买。 8. 保证PCR反应的DNA模板的质量,要用电泳检测一下分子量和纯度,质量不好则要重新提取和纯化DNA模板;适当增加DNA模板量,减少循环次数。 9.以上措施都不行时,最后就只能重新设计引物,加强引物的专一性。 10.适当减少DNA模板量。 11.适当减少循环次数,一般也就循环25次就差不多了。 12.如果楼主的PCR模板是3kb或者更大,用普通PCR效果大概不会很理想,应该考虑使用Long-Range PCR。 楼主三次的实验流程和试剂一样,但这次效果如此不好,我个人认为:首先考虑酶的质量、模板质量(放久了模板也可能发生降解,尤其是反复冻融)、其他的试剂的质量,实际操作是不是失准等问题(可能一些操作细节由于以前的成功,所以这次比较放松了,实际的操作并不标准)等。 |
6楼2014-08-19 02:14:17
hufangzhou
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7楼2014-08-19 08:21:39
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8楼2014-08-19 08:43:39
kkzzll0624
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9楼2014-08-19 08:46:41
10楼2015-12-08 11:29:48













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