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夏菡小屋

金虫 (正式写手)

[求助] 姜的总RNA提取,电泳只有一条带 已有5人参与

见图,这是我今天提取姜的总RNA结果图,旁边是TAKARA的DL5000 marker,用的是1.2%的普通琼脂糖凝胶电泳,总共提取了7管,用了三个不同的方法,其中一个方法(Lane 3)未见条带,其余均有明显条带,感觉有降解,但只有一个明显的条带,这是28s RNA吗?姜的28s 和18s,5s RNA到底是多大啊,求指导!!这种图显示,应该问题出在什么地方?

姜的总RNA提取,电泳只有一条带
无标题1.png
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gyesang

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
夏菡小屋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-30 21:06:49
你提取的这是DNA,RNA你根本没有提取出来
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2014-04-19 17:27:13
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fuchange918

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-20 14:30:11
上边的条带是DNA,不是28S,28S和18S条带都在2000bp以下
8楼2014-04-19 21:22:09
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grape_vine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-06-30 21:07:19
引用回帖:
18楼: Originally posted by Allen206 at 2014-04-21 09:42:31
如果不从大小上分辨,能看出来哪个是DNA哪个是RNA 么?...

能 但是要高手来看 DNA一般都是一条带 而且因为片段大 所以基本上跑的都比较短
RNA要是提的好,基本上就是2条带,而且这两条带的亮度比例大概再1.5到2比1之间
24楼2014-04-21 16:31:17
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gyesang

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【答案】应助回帖


夏菡小屋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-20 14:29:53
引用回帖:
5楼: Originally posted by 夏菡小屋 at 2014-04-19 17:53:04
1. 1.5ml离心管中加入0.5ml抽提缓冲液和0.5ml苯酚氯仿异戊醇(PCI, 25:24:1);
2.0.5g冰冻样品至研钵中,在液氮存在下研磨成粉末;
3.转移样品至离心管中(步骤1),涡旋剧烈震荡混匀;
4.室温离心12,857g*2 ...

这个protocol是典型的提取DNA的操作步骤

提RNA得用trizol试剂
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
6楼2014-04-19 19:44:50
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fanwq258

木虫 (正式写手)

引用回帖:
25楼: Originally posted by grape_vine at 2014-04-21 16:32:07
他这个生姜的材料,我估计是数据多糖多酚含量比较高的,用trizol应该搞不定!...

trizol搞不定的话,那就用适合多糖多酚的试剂盒吧,也有一些trizol类似的产品,专门提多糖多酚材料的试剂。
要么好好活,要么死,拒绝半死不活
27楼2014-04-21 20:24:41
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-04-20 16:34:25
这是SDS法提DNA,不是提RNA。
要么好好活,要么死,拒绝半死不活
9楼2014-04-20 11:40:33
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lanhaizhixin

木虫 (著名写手)


gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-20 16:34:39
最上面的带是gDNA

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2014-04-20 12:01:34
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普通回帖

iamcsy

铜虫 (初入文坛)

就图片来看,太难看了!28s和18s都烂成这样,还想看5s呢!还有,DNA都没除尽。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-04-19 15:55:56
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夏菡小屋

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2014-04-19 17:27:13
你提取的这是DNA,RNA你根本没有提取出来

抽提缓冲液:0.25M NaCl,0.05M Tris-HCl(pH7.5),20mM EDTA,1%(w/v)SDS,4%(w/v) PVP(M.W.360,000)
提取步骤:
1.1.5ml离心管中加入0.5ml抽提缓冲液和0.5ml 苯酚氯仿异戊醇(25:24:1);
2.0.5g冰冻样品至研钵中,在液氮存在下研磨成粉末;
3.转移1g样品至离心管中(步骤1),涡旋剧烈震荡混匀;
4.4℃离心12000rpm*10min;
5.转移上清至另一离心管中,加入等体积的 苯酚氯仿异戊醇(25:24:1),4℃离心12000rpm*3min,重复此步骤直到能看到一个清晰的界面;
6.转移上清至新的离心管中,加入十分之一体积3M醋酸钠(pH5.2)以及2.5倍体积冷无水乙醇,混匀后,4℃孵育30min;
7.再次4℃离心12000rpm*20min;
8.冷的70%乙醇洗涤后干燥,加入200μL DEPC处理水溶解沉淀;
9.转移上清至新的离心管中加入4M LiCl至终浓度为2M,冰上放置1h,4℃离心12000rpm*20min;
10. 冷的70%乙醇洗涤后干燥,加入50μL DEPC处理水溶解沉淀;

请问我的步骤有问题吗?
4楼2014-04-19 17:48:16
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夏菡小屋

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2014-04-19 17:27:13
你提取的这是DNA,RNA你根本没有提取出来

1. 1.5ml离心管中加入0.5ml抽提缓冲液和0.5ml苯酚氯仿异戊醇(PCI, 25:24:1);
2.0.5g冰冻样品至研钵中,在液氮存在下研磨成粉末;
3.转移样品至离心管中(步骤1),涡旋剧烈震荡混匀;
4.室温离心12,857g*2min;
5.转移上清至另一离心管中,加入等体积的PCI,4℃离心12000*3min,重复此步骤直到能看到一个清晰的界面;
6.转移上清至新的离心管中,加入十分之一体积3M醋酸钠(pH5.2)以及2.5倍体积冷无水乙醇,混匀后,4℃孵育30min;
7.再次4℃离心12000**20min;
8.冷的70%乙醇洗涤后干燥,加入200μL DEPC处理水溶解沉淀;
9.转移上清至新的离心管中加入4M LiCl至终浓度为2M,冰上放置1h,4℃离心12000**20min;
10. 冷的70%乙醇洗涤后干燥,加入50μL DEPC处理水溶解沉淀.
11.普通琼脂糖凝胶电泳检测,1.2%胶。电泳至前沿。

请问我的步骤有问题吗?
5楼2014-04-19 17:53:04
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allegory

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
夏菡小屋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-20 14:30:02
本帖内容被屏蔽

7楼2014-04-19 21:01:17
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