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大脸猫猫喵

金虫 (初入文坛)

[求助] NdeI,BamHI双酶切

我用NedI和BamHI双酶切我的目的片段然后和28a连接。试着改变了多次酶切酶连条件,但一直都转化不出来。28a切完后跑电泳与质粒比较应该是切开的。现在不知道问题到底是出在哪里了。求各位帮忙分析一下,可能的原因以及解决的方案吧~谢谢~~感激不尽!
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cookee1981

银虫 (初入文坛)

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★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-15 16:47:25
gyesang: 回帖置顶 2013-08-15 16:47:37
gyesang: 很好的建议,楼主可以考虑 2013-08-15 16:53:39
你的目的片段是PCR产物还是已经连在了克隆载体上?如果是直接用PCR产物进行酶切,可能会比较困难,而且要看你有没有在酶切位点两端加上保护碱基。如果是从克隆载体上双酶切,那就要测序检查一下酶切位点是否为唯一的在目的片段两端。
4楼2013-08-15 14:48:07
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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大脸猫猫喵: 金币+1, 有帮助, 这个都是做过的,都是没有问题的~ 2013-08-14 18:25:09
有没有做阳性对照(转pET28a空载体)来排除你平板抗性没用错和感受态细胞良好
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-08-14 18:06:44
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hermain

木虫 (小有名气)

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大脸猫猫喵: 金币+1, 有帮助, 我分步酶切试过的,但还是不行。我感觉可能是我的目的蛋白二级结构上的问题,但这方面我不懂,也不知道怎么样处理。 2013-08-15 13:54:49
目的片段切下来以后跑电泳看过了吗?有可能是双酶切不完全。NedI和BamHI双酶切的切割效率可能比较低,要不就用分步酶切的方法试一试。
3楼2013-08-15 13:35:40
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RUI1990

银虫 (小有名气)

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大脸猫猫喵(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流! 2013-08-15 16:53:58
既然切开了,那应该是酶连出了问题吧?看一下连接酶是否出了问题,很有可能是buffer出现沉淀,导致酶连效率降低。
做自己
5楼2013-08-15 14:54:53
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hermain

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
大脸猫猫喵(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-15 16:54:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by hermain at 2013-08-15 13:35:40
目的片段切下来以后跑电泳看过了吗?有可能是双酶切不完全。NedI和BamHI双酶切的切割效率可能比较低,要不就用分步酶切的方法试一试。

不是说转化都还没有出来吗?应该还没有到目的蛋白表达这一步吧。你分布酶切后确定切下来了吗?如果是切下来的话,那就再调整一下连接体系吧,说不定是没有连接上。
6楼2013-08-15 15:33:42
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hermain

木虫 (小有名气)

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不是说转化都还没有出来吗?应该还没有到目的蛋白表达这一步吧。你分步酶切后确定切下来了吗?如果是切下来的话,那就再调整一下连接体系吧,尤其要注意摩尔比,说不定是没有连接上。
7楼2013-08-15 15:39:22
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hxd2002

新虫 (初入文坛)

1、用通用缓冲液进行双酶切,酶量不可太多,例如2~3mL培养过夜菌体,Kit提取质粒用40uLDDW洗脱下来,可加NdeI 2~3U,BamHI 1~2U,混匀后37℃,酶切1.5h即可,酶量不能太多,酶切时间不宜太长;
2、胶回收不要用低熔点琼脂糖,譬如用Agarose H,胶浓度用0.5%,胶长度~15~20cm(可将常用的两灌胶槽用胶带串接在一起),准备冷冻的电极缓冲液中间更换缓冲液,或冻制缓冲冰块,中间加入冷却,电压用120~140V,电泳时间~1.5-2.5h,注意除了电Marker样品外,还带上未酶切的载体样作对比;
3、用常规胶回收试剂盒回收,熔胶稳定控制在50℃左右,6~10mins,柱中目标片段用30uL水洗脱下来,一定要电泳检视,取3~5ul点样,应该条带清晰,无降解和聚集等杂带;
4、待插入的双酶切目标基因按常规操作,最后回收样也要电泳检视质量可靠后,再与载体连接。
8楼2018-11-19 09:52:27
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hxd2002

新虫 (初入文坛)

1.如果你有含插入基因(最好大于1kb,愈大更好)的pET类载体,还可再用NdeI/BamHI双切则比较方便,直接用NdeI/BamHI双切,低浓度加长胶电泳可回收到酶切好的高质量的pET-NdeI/BamHI备用载体;若只有原始载体,因为NdeI或BamHI均不能保证100%切开,特别NdeI大致只有70%,因此你双酶切的载体中大致有30%的载体仅仅是完成单切,因此你的载体再连接时,相当于连接液中原始载体特别高,而目的连接载体不多,需要筛选比较多的克隆才可能筛选到你的目标克隆;
2.其次,由于插入用载体质量差,连接时还是按连接说明书中载体/基因=1:5的比例,那么合格的连接所占比例就非常低,转化筛选自然困难;此时可用可用1:1或2:1比例;
3.NdeI的保护碱基比较特别,可在百度中输入“限制性内切酶保护碱基”,可查找到有关保护碱基设计的文章参考,不然你的插入基因根本就没有NdeI粘端,自然连接转化不成功;
4.感受态质量可通过平行用未酶切的载体作为对照,应该长出很多阳性克隆,若对照都没长,自然表明感受态不好;
5.电转化时,由于多数时候用的都是反复使用的旧电转杯,而电极铝片氧化严重,再按常规电转参数自然效率不高,可用细砂纸打磨下电极除掉氧化层,外侧方便打磨,内侧可将砂纸裁成小条,用硬薄片物顶住轻轻打磨好,再用DDW冲洗干净,超净工作台内紫外灯照射并吹干后再用。
6.若你的实验室不差钱,对于用pET原始载体进行双酶切的操作可再酶切1.5h后加入碱性磷酸酶(如FastAP)进行脱磷酸处理,65℃灭活后再胶回收,连接时比例用载体/基因=1:1比例连接,再转化。
祝你实验顺利!
9楼2018-11-19 10:21:04
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