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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

[求助] 目的片段和T载体连接后PCR条带诡异

我的目的片段大概有1200左右,连接到T载体后做蓝白斑筛选,挑取多个白斑提取质粒以后做PCR,结果P出来3条条带,分别是500,1500,3000,有人知道这是什么情况吗?求解答
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PCR-CL

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
夏天的普洱茶: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-05-22 13:41:22
推测原因:
1) 不是单菌落扩增结果?!
2) 引物扩增不特异!你的引物在片段上和载体上都有,不是载体上引物吧?

建议:
1)   载体说明上应该有检测引物序列RV-M/M13-47,用这对引物扩增检测试一试吧!
2)   或提出质粒后直接酶切鉴定,就可以,判定是否含目的基因.
3)   如果就想PCR鉴定,请设定对照或心中有数:
    考虑一下你的质粒全长多少?   质粒全长: pMD19-T 约2700bp+片段1200bp?=3900bp?
       空载应该扩出多大片段?(扩增时可以用空载质粒做个阴性对照)
       目的质粒应该扩出多大片段?
       设定对照再分析就容易找出原因!
13楼2013-05-22 13:15:47
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普通回帖

stevenshi021

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
夏天的普洱茶(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-20 16:28:54
实验需要加入阴性对照与阳性对照,多条条带是PCR引物特异性不强造成的。
2楼2013-05-20 11:12:34
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xjtu0025

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
描述太不清楚了....请做好阴阳性对照...
3楼2013-05-20 11:27:49
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stevenshi021 at 2013-05-20 11:12:34
实验需要加入阴性对照与阳性对照,多条条带是PCR引物特异性不强造成的。

谢谢,我们一般都不加阳性对照,应该是P不出条带才加阳性对照吧
4楼2013-05-20 13:20:52
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xjtu0025 at 2013-05-20 11:27:49
描述太不清楚了....请做好阴阳性对照...

那我描述的清楚些哈。我用自己设计的引物从一个未知片段克隆出一段基因,大概有1200bp,这个片段胶回收以后加A连接到pMD19-T上,做蓝白斑筛选,挑取白色菌落活化,菌液提质粒,以质粒为模板进行扩增,就扩增出三个条带
5楼2013-05-20 13:23:17
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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引用回帖:
5楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2013-05-20 13:23:17
那我描述的清楚些哈。我用自己设计的引物从一个未知片段克隆出一段基因,大概有1200bp,这个片段胶回收以后加A连接到pMD19-T上,做蓝白斑筛选,挑取白色菌落活化,菌液提质粒,以质粒为模板进行扩增,就扩增出三个 ...

据你描述应该是高保真酶扩出来的平末端片段,推荐你试试可以连平末端的类似于T的pZeroback载体,效率很高
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
6楼2013-05-20 16:30:33
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by gyesang at 2013-05-20 16:30:33
据你描述应该是高保真酶扩出来的平末端片段,推荐你试试可以连平末端的类似于T的pZeroback载体,效率很高...

谢谢,我们实验室只有pMD19-T,不知道你说的那个平末端载体哪个公司的比较好?
7楼2013-05-20 16:44:30
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2013-05-20 16:44:30
谢谢,我们实验室只有pMD19-T,不知道你说的那个平末端载体哪个公司的比较好?...

Fermentas和天根好像都有,你可以自己查查看
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2013-05-20 17:12:17
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chenyawei

金虫 (小有名气)

你的目的基因上肯定设计了酶切位点的,直接把质粒酶切了,跑胶看看不就好了
9楼2013-05-20 17:16:56
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by chenyawei at 2013-05-20 17:16:56
你的目的基因上肯定设计了酶切位点的,直接把质粒酶切了,跑胶看看不就好了

现在正在做呢,但是为什么PCR做不出来呢
10楼2013-05-20 17:30:23
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