24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1698  |  回复: 15

ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

[求助] 巢式PCR问题

请高手指教:我做巢式PCR做了一周多了,第一轮一直没有东西,第二轮也没有东西。(用特异性引物可以扩增出来,说明模板没问题)。退火温度和模板梯度都做了,但是还是不行。可能原因有哪些呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by study韩 at 2013-05-17 23:32:25
请问下楼主,为什么这个PCR体系和平时经常用的PCR体系不一样?...

这个反应体系就是TARAKA的Ex Taq啊,只是模板多了一些,因为我的浓度比较低。做的巢式PCR,兼并引物,用来构建克隆文库。
9楼2013-05-18 08:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

张文萱

新虫 (初入文坛)


ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-17 17:11:04
从引物互补关系方面下功夫
2楼2013-05-17 16:24:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 张文萱 at 2013-05-17 16:24:38
从引物互补关系方面下功夫

引物是文献中的经典引物,以前别人用此引物可以P出来的。
3楼2013-05-17 16:35:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-17 17:11:16
楼主再多给些信息吧, 目标产物大小? 什么酶? 程序? 循环数? 跑胶有没有发现很多的引物二聚体? ...你描述的越详细大家才越容易分析.
4楼2013-05-17 16:58:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-05-17 16:58:36
楼主再多给些信息吧, 目标产物大小? 什么酶? 程序? 循环数? 跑胶有没有发现很多的引物二聚体? ...你描述的越详细大家才越容易分析.

模板:   海水总DNA,20ng/ul  (用物种特异性引物,分别能扩增出来约80bp,所以默认为模板是可以的,一个月前提取的DNA)
引物:文献中经典引物,不是本人设计,有人做出来,经过验证时可以的
反应条件:退火温度57,55,50度都尝试过,都没有扩增出来
第一轮引物预期扩增460bp,第二轮预期扩增260bp

预变性94度   4min
94度    1min
57/55/50度    1min
72度    1min       反应做25个循环。
72度   7min

反应试剂盒:TAKARA  Ex  Tap酶  
Ex Taq  酶  0.25ul
10*buffer    5ul
dNTP(2.5Mm) 4ul
模板            5ul
引物 1和2 (浓度20uM)    各1ul
灭菌水      
           总反应体系50ul
5楼2013-05-17 17:26:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-21 00:50:11
引用回帖:
5楼: Originally posted by ljx2ljx at 2013-05-17 17:26:37
模板:   海水总DNA,20ng/ul  (用物种特异性引物,分别能扩增出来约80bp,所以默认为模板是可以的,一个月前提取的DNA)
引物:文献中经典引物,不是本人设计,有人做出来,经过验证时可以的
反应条件:退火温度 ...

一些建议:
目标产物是否GC含量过高, 如果是的话可以先加4%(终浓度)DMSO,
两轮PCR不妨各增加5个循环,
72度扩增的时间可以缩短至30秒,
有没有可能你采的海水样品里面没有这个物种?
另外从节省的角度考虑, 楼主的反应体系可以做20, 甚至是10微升的.
6楼2013-05-17 17:56:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-05-17 17:56:36
一些建议:
目标产物是否GC含量过高, 如果是的话可以先加4%(终浓度)DMSO,
两轮PCR不妨各增加5个循环,
72度扩增的时间可以缩短至30秒,
有没有可能你采的海水样品里面没有这个物种?
另外从节省的角度考虑, 楼主 ...

多谢您的建议,产物GC含量不是太高。样品里面是有这个物种的,因为我用做QPCR的特异性引物扩增是可以扩增出来的(用的是同一个酶和反应体系)。我明天按照您的建议试试!
7楼2013-05-17 21:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

study韩

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ljx2ljx at 2013-05-17 17:26:37
模板:   海水总DNA,20ng/ul  (用物种特异性引物,分别能扩增出来约80bp,所以默认为模板是可以的,一个月前提取的DNA)
引物:文献中经典引物,不是本人设计,有人做出来,经过验证时可以的
反应条件:退火温度 ...

请问下楼主,为什么这个PCR体系和平时经常用的PCR体系不一样?
8楼2013-05-17 23:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三撇五撇

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-21 00:50:31
第一轮可以用梯度,从65度开始退火,每个循环下降0.7度,(我一般用0.7度)30个循环,然后第二轮再用正常的退火温度,根据你的GC含量设置退火温度试试.
10楼2013-05-18 15:34:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ljx2ljx 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 336材料与化工085600求调剂 +19 水星记infp 2026-04-05 22/1100 2026-04-07 21:11 by yongzhesheng
[考研] 275 求调剂 +4 Lei812514 2026-04-07 4/200 2026-04-07 20:55 by grlsj
[考研] 调剂求助(生物与医药) +5 @6952 2026-04-06 5/250 2026-04-07 20:31 by syh9288
[考研] 求助071001调剂!!! +4 黄守松 2026-04-05 5/250 2026-04-06 10:55 by 1028907439
[考研] 一志愿武汉理工大学-085601材料工程(专硕)-总分353求调剂 +3 2626262626li 2026-04-02 3/150 2026-04-06 09:08 by 无际的草原
[考研] 372分,材料与化工,一志愿湖南大学,求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-01 3/150 2026-04-06 09:04 by 无际的草原
[考研] 0703求调剂383分 +9 W55j 2026-04-03 9/450 2026-04-06 06:50 by houyaoxu
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +8 vants 2026-04-05 8/400 2026-04-06 06:17 by houyaoxu
[考研] 320分人工智能调剂 +8 振—TZ 2026-04-03 8/400 2026-04-05 22:33 by 范式思维
[考研] 本科211,293分请求调剂 +8 莲菜就是藕吧 2026-04-03 9/450 2026-04-05 19:12 by 蓝云思雨
[考研] 085600调剂 +9 东照照照 2026-04-04 9/450 2026-04-05 13:44 by ujn_zhuj
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 306求调剂 +3 hyb上名工 2026-04-02 3/150 2026-04-04 18:12 by 热情沙漠
[考研] 309求调剂 +4 快乐的小白鸽 2026-04-04 5/250 2026-04-04 15:55 by cql1109
[考研] 322求调剂 +4 FZAC123 2026-04-03 4/200 2026-04-03 20:55 by zhq0425
[考研] 求调剂不挑专业 +3 xrh030412 2026-04-01 3/150 2026-04-03 14:40 by 氮气气气
[考研] 321求调剂 一志愿 浙江工业大学生物医药 +5 嘿嘿HC 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:23 by sophie2180
[考研] 348环境工程调剂 +3 吴彦祖24k 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:14 by nanaliuyun
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
信息提示
请填处理意见