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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 巢式PCR后不是单一带
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

[求助] 巢式PCR后不是单一带

做DGGE回收胶，回收胶后用不带夹子的引物用巢式PCR扩增，扩增片段约230bp，可扩出来的条带不单一，目的条带很亮，但上方像抹带，亮度没有目的条带亮，和目的条带相连，不知道是怎么回事？是程序设计上问题还是引物的问题呢？哎，郁闷。大家帮帮忙，我的PCR产物是要测序的，测不出来结果，我觉得是跟PCR产物的条带不单一有关。可也不知道咋办才好。求做DGGE方面的虫友QQ:303780897 http://good.gd/1394954.htm[/url]

[ Last edited by piaoyuaaa on 2011-7-13 at 15:42 ]
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1楼 2011-07-13 15:35:15
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
那就切胶克隆测序呗。。。
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2楼2011-07-14 11:55:06
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-14 11:55:06:
那就切胶克隆测序呗。。。

切胶克隆测序？能不能说得具体点，谢谢！
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3楼2011-07-14 18:51:55
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
就是把你的目标带切胶，纯化，做克隆，再送去测序
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4楼2011-07-14 19:24:07
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-14 19:24:07:
就是把你的目标带切胶，纯化，做克隆，再送去测序

目标带与杂带相连，不知道切胶可以不？你们用的是试剂盒纯化的吗?没做过克隆，不会哦，想直接测序，不知道可以不？
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5楼2011-07-15 09:17:21
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
Originally posted by piaoyuaaa at 2011-07-15 09:17:21:
目标带与杂带相连，不知道切胶可以不？你们用的是试剂盒纯化的吗?没做过克隆，不会哦，想直接测序，不知道可以不？

直接测序的话，你的条带不纯，测不出来的，即使得到峰图，也不能用，有杂峰不可信啊。。。
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6楼2011-07-15 09:36:55
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-15 09:36:55:
直接测序的话，你的条带不纯，测不出来的，即使得到峰图，也不能用，有杂峰不可信啊。。。

那要是克隆测序呢，我是回收一次DGGE胶的，而且PCR产物又不是很纯，做克隆测序会有结果吗？
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7楼2011-07-15 10:32:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
PCR 产物不纯才必须要做克隆，不要，测序得不到结果啊。。
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8楼2011-07-15 10:44:26
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-15 10:44:26:
PCR 产物不纯才必须要做克隆，不要，测序得不到结果啊。。

请问Ta克隆测序的成功率有多高？会不会克隆测序也测不出来呢？
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9楼2011-07-15 20:05:25
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
Originally posted by piaoyuaaa at 2011-07-15 20:05:25:
请问Ta克隆测序的成功率有多高？会不会克隆测序也测不出来呢？

TA克隆，你会测验条带长度的啊，一般如果切胶纯化后DNA含量较高的话，一般成功率有90%以上吧
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10楼2011-07-15 20:43:11
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