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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

[求助] 巢式PCR后不是单一带

做DGGE回收胶,回收胶后用不带夹子的引物用巢式PCR扩增,扩增片段约230bp,可扩出来的条带不单一,目的条带很亮,但上方像抹带,亮度没有目的条带亮,和目的条带相连,不知道是怎么回事?是程序设计上问题还是引物的问题呢?哎,郁闷。大家帮帮忙,我的PCR产物是要测序的,测不出来结果,我觉得是跟PCR产物的条带不单一有关。可也不知道咋办才好。求做DGGE方面的虫友QQ:303780897 http://good.gd/1394954.htm[/url]

[ Last edited by piaoyuaaa on 2011-7-13 at 15:42 ]
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

那就切胶克隆测序呗。。。
2楼2011-07-14 11:55:06
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

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Originally posted by xp198766 at 2011-07-14 11:55:06:
那就切胶克隆测序呗。。。

切胶克隆测序?能不能说得具体点,谢谢!
3楼2011-07-14 18:51:55
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

就是把你的目标带切胶,纯化,做克隆,再送去测序
4楼2011-07-14 19:24:07
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

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Originally posted by xp198766 at 2011-07-14 19:24:07:
就是把你的目标带切胶,纯化,做克隆,再送去测序

目标带与杂带相连,不知道切胶可以不?你们用的是试剂盒纯化的吗?没做过克隆,不会哦,想直接测序,不知道可以不?
5楼2011-07-15 09:17:21
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

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Originally posted by piaoyuaaa at 2011-07-15 09:17:21:
目标带与杂带相连,不知道切胶可以不?你们用的是试剂盒纯化的吗?没做过克隆,不会哦,想直接测序,不知道可以不?

直接测序的话,你的条带不纯,测不出来的,即使得到峰图,也不能用,有杂峰不可信啊。。。
6楼2011-07-15 09:36:55
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

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Originally posted by xp198766 at 2011-07-15 09:36:55:
直接测序的话,你的条带不纯,测不出来的,即使得到峰图,也不能用,有杂峰不可信啊。。。

那要是克隆测序呢,我是回收一次DGGE胶的,而且PCR产物又不是很纯,做克隆测序会有结果吗?
7楼2011-07-15 10:32:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

PCR 产物不纯才必须要做克隆,不要,测序得不到结果啊。。
8楼2011-07-15 10:44:26
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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-15 10:44:26:
PCR 产物不纯才必须要做克隆,不要,测序得不到结果啊。。

请问Ta克隆测序的成功率有多高?会不会克隆测序也测不出来呢?
9楼2011-07-15 20:05:25
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

引用回帖:
Originally posted by piaoyuaaa at 2011-07-15 20:05:25:
请问Ta克隆测序的成功率有多高?会不会克隆测序也测不出来呢?

TA克隆,你会测验条带长度的啊,一般如果切胶纯化后DNA含量较高的话,一般成功率有90%以上吧
10楼2011-07-15 20:43:11
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