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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

[求助] 巢式PCR问题

请高手指教:我做巢式PCR做了一周多了,第一轮一直没有东西,第二轮也没有东西。(用特异性引物可以扩增出来,说明模板没问题)。退火温度和模板梯度都做了,但是还是不行。可能原因有哪些呢?
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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by study韩 at 2013-05-17 23:32:25
请问下楼主,为什么这个PCR体系和平时经常用的PCR体系不一样?...

这个反应体系就是TARAKA的Ex Taq啊,只是模板多了一些,因为我的浓度比较低。做的巢式PCR,兼并引物,用来构建克隆文库。
9楼2013-05-18 08:42:56
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普通回帖

张文萱

新虫 (初入文坛)


ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-17 17:11:04
从引物互补关系方面下功夫
2楼2013-05-17 16:24:38
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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 张文萱 at 2013-05-17 16:24:38
从引物互补关系方面下功夫

引物是文献中的经典引物,以前别人用此引物可以P出来的。
3楼2013-05-17 16:35:22
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-17 17:11:16
楼主再多给些信息吧, 目标产物大小? 什么酶? 程序? 循环数? 跑胶有没有发现很多的引物二聚体? ...你描述的越详细大家才越容易分析.
4楼2013-05-17 16:58:36
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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-05-17 16:58:36
楼主再多给些信息吧, 目标产物大小? 什么酶? 程序? 循环数? 跑胶有没有发现很多的引物二聚体? ...你描述的越详细大家才越容易分析.

模板:   海水总DNA,20ng/ul  (用物种特异性引物,分别能扩增出来约80bp,所以默认为模板是可以的,一个月前提取的DNA)
引物:文献中经典引物,不是本人设计,有人做出来,经过验证时可以的
反应条件:退火温度57,55,50度都尝试过,都没有扩增出来
第一轮引物预期扩增460bp,第二轮预期扩增260bp

预变性94度   4min
94度    1min
57/55/50度    1min
72度    1min       反应做25个循环。
72度   7min

反应试剂盒:TAKARA  Ex  Tap酶  
Ex Taq  酶  0.25ul
10*buffer    5ul
dNTP(2.5Mm) 4ul
模板            5ul
引物 1和2 (浓度20uM)    各1ul
灭菌水      
           总反应体系50ul
5楼2013-05-17 17:26:37
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-21 00:50:11
引用回帖:
5楼: Originally posted by ljx2ljx at 2013-05-17 17:26:37
模板:   海水总DNA,20ng/ul  (用物种特异性引物,分别能扩增出来约80bp,所以默认为模板是可以的,一个月前提取的DNA)
引物:文献中经典引物,不是本人设计,有人做出来,经过验证时可以的
反应条件:退火温度 ...

一些建议:
目标产物是否GC含量过高, 如果是的话可以先加4%(终浓度)DMSO,
两轮PCR不妨各增加5个循环,
72度扩增的时间可以缩短至30秒,
有没有可能你采的海水样品里面没有这个物种?
另外从节省的角度考虑, 楼主的反应体系可以做20, 甚至是10微升的.
6楼2013-05-17 17:56:36
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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-05-17 17:56:36
一些建议:
目标产物是否GC含量过高, 如果是的话可以先加4%(终浓度)DMSO,
两轮PCR不妨各增加5个循环,
72度扩增的时间可以缩短至30秒,
有没有可能你采的海水样品里面没有这个物种?
另外从节省的角度考虑, 楼主 ...

多谢您的建议,产物GC含量不是太高。样品里面是有这个物种的,因为我用做QPCR的特异性引物扩增是可以扩增出来的(用的是同一个酶和反应体系)。我明天按照您的建议试试!
7楼2013-05-17 21:08:06
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study韩

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ljx2ljx at 2013-05-17 17:26:37
模板:   海水总DNA,20ng/ul  (用物种特异性引物,分别能扩增出来约80bp,所以默认为模板是可以的,一个月前提取的DNA)
引物:文献中经典引物,不是本人设计,有人做出来,经过验证时可以的
反应条件:退火温度 ...

请问下楼主,为什么这个PCR体系和平时经常用的PCR体系不一样?
8楼2013-05-17 23:32:25
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三撇五撇

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
ljx2ljx(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-21 00:50:31
第一轮可以用梯度,从65度开始退火,每个循环下降0.7度,(我一般用0.7度)30个循环,然后第二轮再用正常的退火温度,根据你的GC含量设置退火温度试试.
10楼2013-05-18 15:34:10
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