24小时热门版块排行榜    

申请当版主 | 存档区 |应助排行|模拟EPI排行 小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 订阅

管理团队 (金币库 69622 充值 )

主管区长：
月只蓝小红豆
主管版主：
abinitio沙漠猎人

杰出贡献者

专家顾问：
pigrassoxox6085lsloneilbrucefanjerkwin
荣誉版主：
wuli8lei0736nono2009fegg7502ghcacjzzy870720zuuv2010御剑江湖yjcmwgkjiaoyixiongcenwanglaiben_ladengljw4010
荣誉成员：
余泽成
20969111/210首页上一页109110111112113114下一页
全部 专家会诊 MS LAMMPS/DL_POLY Gromacs/Amber/NAMD DS/Sybyl/Autodock Monte Carlo ME/Gulp Hyperchem CPMD/CP2K 资源 其他 版务
回帖排序 发表排序 刷新页面  |  交流  |  求助  |  资源精华区 作者 最后发表
[热点] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 zuesli 2026-10-28 刚刚
[MS] [已完结]MS或者高斯计算的温度 (评阅+1) (4/1369) elaeaba 2015-02-07 2015-02-07 15:55:43 by 月只蓝
[其他] [已完结]系综如何选择 (评阅+1) (2/5429) h-bond 2015-02-05 2015-02-07 15:02:29 by lsloneil
[其他] 【新年祝福】你好，2015！    ( 1 2 3 4 5 6 .. 15 ) (727/15159) abinitio 2014-12-30 2015-02-06 21:23:29 by 15216105346
[LAMMPS/ ] [已完结]lammps设置刚体后的移动问题 (评阅+1) (0/1993) fanhang_1990 2015-02-06 2015-02-06 17:07:40 by fanhang_1990
[Gromacs ] [已完结]请教Gromacs的压力耦合参数设置的一个问题，谢谢！ (评阅+1) (1/789) zhangmao511 2015-02-04 2015-02-06 15:01:12 by zhangmao511
[MS] [已完结]汽油馏分、柴油馏分、液化气的分子动力学平均直径 (评阅+1) (0/535) 在水伊人 2015-02-06 2015-02-06 14:18:10 by 在水伊人
[MS] [已完结]扩散系数模拟结果比实验测量值小两个数量级 (评阅+1) (4/996) 说好de 2015-02-04 2015-02-06 09:01:19 by abinitio
[其他] [已完结]在windows下面装atomeye遇到问题。。。求解 (评阅+1) (2/719) wyql_wjl 2015-02-06 2015-02-06 08:55:29 by abinitio
[其他] [已完结]antechamber 限制电荷问题 (1/538) 渭水飞熊 2015-02-02 2015-02-05 20:21:23 by tracel
[LAMMPS/ ] [已完结]lammps中的velocity命令的使用问题 (1/1092) 学员C3FP9l 2015-02-05 2015-02-05 20:11:41 by tracel
[MS] [已完结]【求助】求《Understanding Molecular Simulation》 (3/547) forlxy 2015-01-28 2015-02-05 19:17:12 by chuntao118
[MS] [已完结]免费的动力学软件里面带PCFF力场 (0/523) mengsk 2015-02-05 2015-02-05 16:02:59 by mengsk
[MS] [已完结]新手求助关于弹簧糊精的分子模拟！    ( 1 2 ) (17/1857) qiyenaihe 2014-09-26 2015-02-05 14:44:56 by qiyenaihe
[MS] [已完结]求助：MS软件能不能模拟水溶液环境下的有机分子UV-VIS吸收光谱？ (评阅+1) (0/666) wulindong 2015-02-05 2015-02-05 02:33:00 by wulindong
[MS] [已完结]新手求助，MS晶体建模时出问题 (2/654) 553979593 2015-02-04 2015-02-04 22:23:48 by 553979593
[其他] PyMol软件怎么将蛋白质空间结构中选中的3个氨基酸残基的电荷量计算出来？ (2/1699) perseusrz 2015-02-03 2015-02-04 21:46:01 by perseusrz
[MS] [已完结]求助啊 (0/250) 0123你好 2015-02-04 2015-02-04 21:14:27 by 0123你好
[专家会诊] [已完结]请教关于带约束的分子模拟程序SHAKE代码问题，谢谢 (2/765) lijunjiexm 2012-05-13 2015-02-04 18:08:39 by xdflame
[资源] [已完结]SYBYL-X (评阅+1) (2/1415) 459565283 2015-01-26 2015-02-04 16:59:10 by 宝马bm
[DS/Syby ] 在ncbi上下载的分子在autodock中打开就报错，用sybyl搭建的也报错 (评阅+1) (5/1708) 分子模拟菜鸟 2015-01-21 2015-02-04 16:56:04 by 宝马bm
[DS/Syby ] [已完结]请问SYBYLx能否在叠合小分子时进行柔性叠合，可以的话具体该怎么做？ (评阅+1) (1/1243) partigiano 2015-01-12 2015-02-04 16:50:42 by 宝马bm
[其他] [已完结][关贴]pyrosetta做蛋白-蛋白对接 (评阅+1) (2/1476) 乐悠可豆 2015-02-04 2015-02-04 16:49:10 by 乐悠可豆
[LAMMPS/ ] [已完结][关贴]晶界的γ表面 (1/516) gulubaozi 2015-02-04 2015-02-04 15:06:14 by gulubaozi
[MS] [已完结][关贴]磷酸铁锂分子的分子动力学模拟 (8/2432) anmin0127 2015-02-03 2015-02-04 13:48:25 by anmin0127
[Gromacs ] 谁能看一下这个动力学跑了10ns 为啥蛋白被拉长了 (评阅+1) (0/479) hzh887 2015-02-04 2015-02-04 13:17:10 by hzh887
[Gromacs ] [已完结]Fatal error (评阅+1) (2/628) xiaoyunLau 2015-02-03 2015-02-04 11:45:50 by xiaoyunLau
[MS] [已完结]请教一下关于做晶体结晶过程模拟的入门问题~ (评阅+1) (1/1059) 小兔子怪怪 2015-02-04 2015-02-04 11:00:05 by abinitio
[MS] [已完结]模拟温度一直下不去，急！请教！！ (评阅+1) (8/1848) congtaiupc 2015-01-31 2015-02-04 08:42:03 by congtaiupc
[LAMMPS/ ] [已完结][关贴]。。。 (VIP≥65535)(5/444) gswylq 2013-08-26 2015-02-04 07:23:26 by ssheng34
[MS] [已完结]铜钌（Cu/Ru）的势函数（EAM） (评阅+1) (0/516) roman881209 2015-02-03 2015-02-03 16:40:33 by roman881209
[其他] [已完结]画图 (评阅+1) (7/1057) L_先森 2015-01-31 2015-02-03 09:43:02 by jerkwin
[专家会诊] [已完结]关于分子印迹中模板分子和功能单体的比例优化，和模板分子和交联剂比例的优化！ (0/1666) 西西月月 2015-02-02 2015-02-02 21:32:42 by 西西月月
[DS/Syby ] AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件 (13/4726) zsla380 2011-07-15 2015-02-02 16:15:31 by 晔?�
[MS] [已完结]求入门：基于Material Studio的材料力学性质量变化的模拟 (评阅+1) (5/1496) lvqing323 2015-01-30 2015-02-02 10:51:52 by pigrass
[Gromacs ] cuda版的namd好像没有传说中的那么厉害。 (6/2125) superdirac 2011-07-21 2015-02-01 16:04:34 by wangkai_TYUT
[LAMMPS/ ] [已完结]怎么样用VMd把lammps中dump数据画出球棍图形？ (评阅+1) (0/2323) issp-hao 2015-02-01 2015-02-01 11:48:15 by issp-hao
[LAMMPS/ ] [已完结]新手求问怎么设置分子的键长键角，和立场参数 (1/1290) jiangke1990 2015-02-01 2015-02-01 08:49:55 by chuntao118
[Hyperch ] [已完结]求教：有机分子的热力学稳定性预测Hyperchem软件操作方法 (评阅+1) (6/1462) wulindong 2015-01-31 2015-01-31 23:09:10 by wulindong
[其他] [已完结]谁给解释下苯环的两个振动模式？拜托拜托 (0/1374) 未央于一 2015-01-31 2015-01-31 21:57:41 by 未央于一
新手用amber求rmsd,请帮忙一下 (评阅+1) (4/1643) qiulinqiong 2014-12-16 2015-01-31 17:27:37 by 琴弦长短
[MS] [已完结]有虫友做过关于液相中·OH的迁移扩散过程吗？想请教一下是否可行？ (评阅+1) (1/304) 474321169 2015-01-31 2015-01-31 15:25:50 by lsloneil
[Gromacs ] [已完结]fatal error (评阅+1) (3/894) sunriseliulu 2015-01-28 2015-01-31 13:28:47 by fangsteel
[DS/Syby ] [已完结].dlg文件怎么转换成.pdb? (评阅+1) (7/3199) 晔?� 2015-01-27 2015-01-31 12:09:52 by 晔?�
[Gromacs ] [已完结]ubuntu安装do_dssp出错了，请问怎么办，谢谢 (评阅+1) (0/693) 1142634328 2015-01-30 2015-01-30 23:28:02 by 1142634328
[MS] [已完结]请问采用分子动力学在做离子与金属表面吸附模拟时，模型怎么建立？ (评阅+1) (2/1434) 王太杨 2015-01-28 2015-01-30 10:47:58 by 王太杨
[MS] [已完结]交联丙烯酰胺怎么建立模型啊 ？？？？ (评阅+1) (1/665) peerlesszjh 2015-01-29 2015-01-30 10:25:22 by bobian
[LAMMPS/ ] [已完结]不知道问题出在哪里，LAMMPS请大家帮我一下（附图片）    ( 1 2 ) (评阅+1) (10/3057) 水-天一线 2015-01-26 2015-01-30 10:20:15 by 水-天一线
[Gromacs ] [已完结]求助：请问Gromacs里如何添加SiO2？ (评阅+1) (2/743) 吉米爱多 2015-01-22 2015-01-30 09:37:30 by 吉米爱多
[其他] [已完结]Glide处理蛋白 (评阅+1) (2/909) 后觉 2015-01-27 2015-01-29 21:46:36 by 水犹寒ing
[DS/Syby ] [已完结]求助！autodock对接结果分析！ (评阅+2) (7/3124) 吴丰旭 2014-10-30 2015-01-29 19:22:31 by wjmed
[LAMMPS/ ] fix viscosity应该结合什么系综使用 (评阅+1) (2/660) Iysonjoe 2015-01-11 2015-01-29 15:50:44 by Iysonjoe
[MS] 已知矿物晶体常数，从COD中导出晶体模型，再直接导入MS中，建模就这样结束了吗？ (评阅+1) (0/408) czj1019 2015-01-29 2015-01-29 11:43:09 by czj1019
[其他] [已完结]分子动力学温度较高时的模拟，误差增大是否正常 (评阅+1) (1/576) tim562944200 2015-01-28 2015-01-28 19:26:55 by abinitio
[其他] [已完结]关于使用nwchem生成小分子配体的.frg文件 (0/454) 穆云枫和时雨 2015-01-28 2015-01-28 13:45:34 by 穆云枫和时雨
[DS/Syby ] [已完结]请教一个关于老版本sybyl 6.8 的问题 (评阅+1) (0/350) 茯苓当归心 2015-01-28 2015-01-28 11:28:39 by 冬土大糖糕
[MS] [已完结]A型分子筛的Si/Al (评阅+1) (0/609) lusostty 2015-01-28 2015-01-28 09:34:35 by lusostty
[MS] Discover模拟的结果，能量为什么会是波动的？ (评阅+1) (6/915) tangkangkang 2015-01-27 2015-01-28 09:19:59 by tangkangkang
[MS] [已完结]MS中的盒子模型平衡过程先做NVT好？还是先做NPT好？ 有什么区别？谢谢！！！ (评阅+1) (2/1913) hanhan1020 2015-01-27 2015-01-28 08:55:11 by hanhan1020
[MS] [已完结]ms中amorphous cell的设置问题,及其reaxff (评阅+1) (6/2222) 紫薇愿 2015-01-26 2015-01-28 08:34:23 by congtaiupc
[Gromacs ] [已完结]安装grace 的步骤，不甚感激    ( 1 2 ) (评阅+1) (10/3274) 1142634328 2015-01-25 2015-01-27 22:12:15 by 1142634328
[Gromacs ] [已完结]用gromacs做分子动力学模拟，如何把底物分子固定住啊 (评阅+1) (4/1886) 870277182 2015-01-20 2015-01-27 17:38:48 by awaken2013
[Gromacs ] [已完结]求助Amber10安装过程中所需的Inter编译器部件 (评阅+1) (0/415) scusmf 2015-01-27 2015-01-27 16:12:31 by scusmf
[Gromacs ] [已完结]蛋白质-药物复合物模拟时添加抗衡离子"SOL"出问题了    ( 1 2 ) (评阅+2) (12/3161) _蝶飞 2014-01-14 2015-01-27 15:43:04 by wholevigour
[其他] 求助Cuo的泊松比 (评阅+1) (0/323) 172035514 2015-01-27 2015-01-27 09:41:28 by 172035514
[MS] [已完结]MS软件每次使用copy功能都会显示作用于对象失败，然后界面就卡住了。求大神帮助 (评阅+1) (4/897) hwu205 2015-01-26 2015-01-26 20:08:51 by lanlinger13
[Gromacs ] [已完结]请问各位大神Gromacs或者NAMD是否能模拟带晶体水分子的体系 (评阅+1) (0/261) 日月魂明 2015-01-26 2015-01-26 17:14:53 by 日月魂明
[Gromacs ] [已完结]请问有人做NPT模拟的吗？要怎样才能得到浓度的变化曲线呢 (评阅+1) (1/435) 白玉浴血 2015-01-26 2015-01-26 16:17:31 by 白玉浴血
[其他] [已完结]请问该图是用啥软件画的 (评阅+1) (7/1460) sdwawa5241 2015-01-20 2015-01-26 15:59:14 by pigrass
[其他] [已完结]NBO电荷与金属氧化态的关系 (评阅+1) (2/753) huilovezhe 2015-01-21 2015-01-26 15:03:59 by huilovezhe
[ME/Gulp] [已完结]Gulp教程求助 (8/2071) jlucy 2012-02-20 2015-01-26 13:44:00 by koreanewborn
[其他] [已完结]jmol添加原子名称与序数的方法 (2/1014) 羊羊甜点屋0 2014-11-19 2015-01-26 12:28:57 by 羊羊甜点屋0
[MS] [已完结]Materials studio模拟聚合物红外光谱图    ( 1 2 3 4 ) (32/7585) wangyiyongwz 2012-04-01 2015-01-26 11:50:44 by yyj0510
[MS] [已完结]关于DPD参数中F-H参数和排斥力参数的关系的疑惑。 (评阅+1) (1/703) dongdongxia 2015-01-26 2015-01-26 11:04:56 by dongdongxia
[LAMMPS/ ] lammps 在win下并行计算 (评阅+1) (1/2988) bmnce 2015-01-13 2015-01-26 10:18:32 by zsilence
[Monte C ] [已完结]求一个利用蒙特卡洛法计算纳米粒子点阵电导的软件 (评阅+1) (0/389) CMR的虫生 2015-01-26 2015-01-26 09:23:37 by CMR的虫生
[MS] [已完结]请问MS蒙脱石构建，晶格取代时，如何确定那个位置的的铝或硅原子被取代呢？ (评阅+1) (1/844) jackup 2015-01-25 2015-01-26 08:55:11 by congtaiupc
[MS] [已完结]MS 动力学跑完后密度与初始相差太大 (1/565) 15216105346 2015-01-25 2015-01-25 23:38:42 by abinitio
[Monte C ] [已完结]等离子体碰撞模拟，蒙特卡洛法or其它方法，能用就行啊 (评阅+1) (0/1149) 太阳1005 2015-01-25 2015-01-25 20:59:58 by 太阳1005
[其他] [已完结]分子对接后怎么来验证模拟实验结果    ( 1 2 ) (评阅+1) (12/4715) xuyoudong 2015-01-22 2015-01-25 20:38:33 by sunreiyi86
[MS] [已完结]请教：分子动力学模拟 与 耗散粒子动力学模拟 中的温度问题？谢谢 (评阅+1) (1/538) fannieyang 2015-01-25 2015-01-25 11:00:49 by fannieyang
[Gromacs ] [已完结]怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？ (评阅+1) (5/4101) hc8850 2015-01-23 2015-01-25 08:55:45 by hc8850
[Gromacs ] [已完结]Gromacs里关于截断半径的一个问题，谢谢！！    ( 1 2 ) (评阅+1) (模拟EPI+1)(13/4581) zhangmao511 2015-01-19 2015-01-24 22:15:35 by awaken2013
[DS/Syby ] [已完结]autodock完后结果分析出现这个错误，这是什么情况 (4/1834) 835598372 2013-10-08 2015-01-24 20:23:50 by qiz1102
[MS] [已完结]为什么在 DPD 中所有珠子的质量均设定为 1，即作为 DPD 质量单位?谢谢 (评阅+1) (2/649) dongdongxia 2015-01-23 2015-01-24 19:33:48 by dongdongxia
[Gromacs ] [已完结]请问遇到下面问题怎么办，谢谢 (评阅+1) (4/1498) 1142634328 2015-01-23 2015-01-24 16:55:57 by 1142634328
[LAMMPS/ ] [已完结][关贴]在用lammps模拟indentation的时候，怎么计算压头施加的力，以及怎么控制压头的速度？ (评阅+1) (0/1026) 学员C3FP9l 2015-01-24 2015-01-24 15:54:08 by 卫兵gwb
[LAMMPS/ ] [已完结]lammps安装问题求助 (3/932) laxn 2012-08-01 2015-01-24 08:02:58 by zy1522932796
[LAMMPS/ ] [已完结]lammps里面什么情况下需要能量最小化（minimize） (评阅+1) (1/5567) 对天空说lrj 2015-01-21 2015-01-23 23:38:29 by jx3551992
[LAMMPS/ ] 【求助】求《Understanding Molecular Simulation》    ( 1 2 ) (评阅+1) (15/1874) 77585218358 2010-10-25 2015-01-23 23:14:11 by forlxy
[Gromacs ] [已完结]求助，加力场的时候出现了氢原子识别错误 (0/1129) xunweiyang 2015-01-23 2015-01-23 19:02:43 by xunweiyang
[LAMMPS/ ] [已完结]如何生成Lammps中能直接调用的势函数文件？ (0/1905) iamzyq0924 2015-01-23 2015-01-23 18:20:35 by iamzyq0924
[Gromacs ] [已完结]Gromacs里文献上提到的一个问题，谢谢！！ (2/733) zhangmao511 2015-01-21 2015-01-23 10:24:42 by zhangmao511
[Gromacs ] [已完结]amber中跑完的结果放在gromacs中跑可以吗？ (5/1708) anyachan 2015-01-20 2015-01-23 09:30:51 by anyachan
[MS] [已完结]MS做吸附过程 (评阅+1) (5/6305) jenny0715 2015-01-21 2015-01-23 08:57:41 by congtaiupc
[MS] [已完结]求助TiO2的单晶胞 (4/1139) 向心阁 2015-01-22 2015-01-23 08:48:20 by pigrass
[DS/Syby ] [已完结]DS 同源建模后的分子动力学优化关于水分设置的问题 (0/424) liliinjn 2015-01-22 2015-01-22 22:47:27 by liliinjn
[MS] [已完结]请问下MS软件是否可以模拟杂质在化合物半导体中的扩散？ (0/330) longbaobao 2015-01-22 2015-01-22 21:52:49 by longbaobao
[LAMMPS/ ] [已完结]LAMMPS special_bonds 用法 (2/1871) 阿三阿里宝宝 2011-05-31 2015-01-22 17:52:27 by 数峰青820
[MS] [已完结]体系中大量水分子怎么设置水分子模型 (0/873) iamback2011 2015-01-22 2015-01-22 16:56:17 by iamback2011
[Gromacs ] [已完结]用gromacs时，遇到下面问题怎么办，我是新手，麻烦说具体点，谢谢 (1/914) 1142634328 2015-01-21 2015-01-22 16:52:23 by fangsteel
20969111/210首页上一页109110111112113114下一页
相关版块跳转
查看