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穆云枫和时雨

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 13.5小时
虫号: 2643341
注册: 2013-09-09
专业: 生物物理化学

[求助] 关于使用nwchem生成小分子配体的.frg文件

在使用nwchem模拟生物酶（code 2vj8)时，分子中的小分子配体是如何得到fragment file的。我一直尝试时总是提醒我的读入pdb文件不对。小分子的pdb文件是直接利用openbabel生成的。具体例子如下：
ATOM    1  C1  NN3    1    18.297  45.363  68.842    25.93    C
ATOM    2  O1  NN3    1    19.251  45.967  68.374    24.69    O
ATOM    3  O2  NN3    1    17.730  45.501  69.881    21.08    O
ATOM    4  C2  NN3    1    18.471  44.127  68.022    20.57    C
ATOM    5  C3  NN3    1    18.795  43.348  66.733    20.81    C
ATOM    6  C4  NN3    1    17.969  42.063  66.623    25.81    C
ATOM    7  C5  NN3    1    18.080  41.885  65.103    30.51    C
ATOM    8  C6  NN3    1    16.884  41.932  64.220    24.88    C
ATOM    9  O3  NN3    1    17.070  40.908  65.170    24.52    O
ATOM    10  C7  NN3    1    15.456  41.575  63.816    30.42    C
ATOM    11  C8  NN3    1    14.669  42.450  64.498    30.77    C
ATOM    12  C9  NN3    1    13.591  41.654  64.408    31.48    C
ATOM    13 C10  NN3    1    12.519  41.948  65.163    25.93    C
ATOM    14 C11  NN3    1    12.171  41.173  66.204    21.08    C
ATOM    15 C12  NN3    1    10.863  40.924  66.366    23.13    C
END
或者是这样的文件：
ATOM    1  C LIG    1    18.297  45.363  68.842  1.00  0.00          C
ATOM    2  O LIG    1    19.251  45.967  68.374  1.00  0.00          O
END
怎么都不对，不知道是否有小伙伴知道，可否指导一下。非常感谢！！！

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