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关于使用nwchem生成小分子配体的.frg文件
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在使用nwchem模拟生物酶（code 2vj8)时，分子中的小分子配体是如何得到fragment file的。我一直尝试时总是提醒我的读入pdb文件不对。小分子的pdb文件是直接利用openbabel生成的。具体例子如下： ATOM 1 C1 NN3 1 18.297 45.363 68.842 25.93 C ATOM 2 O1 NN3 1 19.251 45.967 68.374 24.69 O ATOM 3 O2 NN3 1 17.730 45.501 69.881 21.08 O ATOM 4 C2 NN3 1 18.471 44.127 68.022 20.57 C ATOM 5 C3 NN3 1 18.795 43.348 66.733 20.81 C ATOM 6 C4 NN3 1 17.969 42.063 66.623 25.81 C ATOM 7 C5 NN3 1 18.080 41.885 65.103 30.51 C ATOM 8 C6 NN3 1 16.884 41.932 64.220 24.88 C ATOM 9 O3 NN3 1 17.070 40.908 65.170 24.52 O ATOM 10 C7 NN3 1 15.456 41.575 63.816 30.42 C ATOM 11 C8 NN3 1 14.669 42.450 64.498 30.77 C ATOM 12 C9 NN3 1 13.591 41.654 64.408 31.48 C ATOM 13 C10 NN3 1 12.519 41.948 65.163 25.93 C ATOM 14 C11 NN3 1 12.171 41.173 66.204 21.08 C ATOM 15 C12 NN3 1 10.863 40.924 66.366 23.13 C END 或者是这样的文件： ATOM 1 C LIG 1 18.297 45.363 68.842 1.00 0.00 C ATOM 2 O LIG 1 19.251 45.967 68.374 1.00 0.00 O END 怎么都不对，不知道是否有小伙伴知道，可否指导一下。非常感谢！！！ |
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