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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 不知道问题出在哪里，LAMMPS请大家帮我一下（附图片）
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水-天一线

至尊木虫 (职业作家)

[求助] 不知道问题出在哪里，LAMMPS请大家帮我一下（附图片） 已有1人参与

我的目的是：
在一个半径为6.5，高为18.5的圆柱容器中pour 2300个球状颗粒（半径大小为0.5），
这些颗粒只受到重力影响。

我想要的结果是这样的：（可以忽略网格，只看颗粒）
不知道问题出在哪里，LAMMPS请大家帮我一下（附图片）

但是我得到的结果却是这样的：（可以忽略网格，只看颗粒）
不知道问题出在哪里，LAMMPS请大家帮我一下（附图片）-1

问题就出现了，为什么堆积效果不是我想要的结果呢？是不是颗粒之间的作用力需要做一定的限制呢？

这是生成颗粒堆积的代码：
atom_style        sphere
atom_modify     sort 0 0.0
boundary        ff ff ff   
newton                off        
communicate        single vel yes         

region          reg cylinder z 0 0 6.5 0.0 18.5 side in units box
create_box        1 reg

neighbor        0.2  bin   
neigh_modify         delay  0

timestep        0.001

fix                2 all gravity 10.0 spherical 0.0 -180.0  
fix                ins all pour 2300 1 230222 region reg diam one 0.5   

dump            ins all custom 1000 cylinder id x y z  
run             1000

我花在LAMMPS上的时间很长，但是一直都是一个人在瞎摸索，现在也不知道问题出在哪里，希望大家能够帮忙解答一下！
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1楼 2015-01-26 19:19:04
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abinitio

版主 (著名写手)
★
水-天一线(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导 2015-01-27 21:39:25
看堆积后结果，是不是重力方向反了？另外的原子变得无序，是不是加上了温度？还有，请教一下，你的这个voronoi是用哪个程序算的？voro++吗？

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2楼2015-01-26 19:52:33
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水-天一线

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-01-26 19:52:33
看堆积后结果，是不是重力方向反了？另外的原子变得无序，是不是加上了温度？还有，请教一下，你的这个voronoi是用哪个程序算的？voro++吗？

重力方向应该没错，虽然上面一部分非常紧密，但是中间却很松散。

原子虽然无序，但是我也没有添加温度。

我只是觉得原子之间的受力是不是要考虑进去？

voronoi是用voro++算的。
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3楼2015-01-26 19:58:43
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 水-天一线 at 2015-01-26 19:58:43
重力方向应该没错，虽然上面一部分非常紧密，但是中间却很松散。

原子虽然无序，但是我也没有添加温度。

我只是觉得原子之间的受力是不是要考虑进去？

voronoi是用voro++算的。...

没看到你的势函数是如何加上的

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4楼2015-01-26 21:19:29
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水-天一线

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abinitio at 2015-01-26 21:19:29
没看到你的势函数是如何加上的
...

的确，我没有添加势函数，我只是用了一句“fix    2 all gravity 10.0 spherical 0.0 -180.0  ”。
其实我想表达的意思是：
我想用lammps模拟现实的颗粒堆积过程，好比把N个大小一样的球放到固定尺寸的圆柱容器中，每个球体与周围球体都是相互接触的。

由于原本不是学这块内容的，所以不清楚怎么设置这方面的参数。
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5楼2015-01-26 21:38:45
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沫水abc

银虫 (小有名气)
求问，你是怎样把lammps程序可视化的啊？我是在学新手，不太了解这些
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你若盛开清风自来
6楼2015-01-28 16:02:22
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 水-天一线 at 2015-01-26 21:38:45
的确，我没有添加势函数，我只是用了一句“fix    2 all gravity 10.0 spherical 0.0 -180.0  ”。
其实我想表达的意思是：
我想用lammps模拟现实的颗粒堆积过程，好比把N个大小一样的球放到固定尺寸的圆柱容器中 ...

这方面我也没试过，你的想法是只利用重力场作用？
我感觉也应该把原子 之间的相互作用势加上，这样才能让原子相互之间达到最密堆积。如果没有明确的原子 ，是否可以用lj势的形式，构建一个模型？
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7楼2015-01-28 19:18:15
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水-天一线

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 沫水abc at 2015-01-28 16:02:22
求问，你是怎样把lammps程序可视化的啊？我是在学新手，不太了解这些

可以用dump指令，里面有相应的内容。
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8楼2015-01-29 19:22:16
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水-天一线

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by abinitio at 2015-01-28 19:18:15
这方面我也没试过，你的想法是只利用重力场作用？
我感觉也应该把原子 之间的相互作用势加上，这样才能让原子相互之间达到最密堆积。如果没有明确的原子 ，是否可以用lj势的形式，构建一个模型？...

对的。做一个类比吧：在地面上的一个圆柱形容器中，我倒入N个乒乓球，然后等待乒乓球静止不动了。我得到了每个乒乓球的中心坐标。
其实我就想用LAMMPS做一个这样的事，因为只需要考虑重力作用，所以我觉得这样应该在分子动力学中比较简单吧。
至于选用什么样的原子，我也不清楚，而且原子之间的作用势具体设置多少我也没想过。
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9楼2015-01-29 19:27:47
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
水-天一线: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2015-02-01 09:46:01
引用回帖:
9楼: Originally posted by 水-天一线 at 2015-01-29 19:27:47
对的。做一个类比吧：在地面上的一个圆柱形容器中，我倒入N个乒乓球，然后等待乒乓球静止不动了。我得到了每个乒乓球的中心坐标。
其实我就想用LAMMPS做一个这样的事，因为只需要考虑重力作用，所以我觉得这样应该 ...

我是这样理解的，所谓分子动力学，一定要让分子动起来，而分子动起来的动力是相互作用势。至于lammps中的gravity是否提供了一个动力我不得而知，但从fix 的命令来看，似乎是不可能的。

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10楼2015-01-29 22:02:57
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