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雪雨星风17

木虫 (小有名气)

[求助] lammps 势能问题 已有1人参与

最近在计算MoS2的时候,遇到了势能选取的困难,参考一篇文献,《Phonon thermal conductivity of monolayer MoS2 sheet and nanoribbons》,里面的势能是混合的,我询问作者在lammps中如何使用该势能,作者答复是在lammps中以morse势能使用的,并且告诉我:”it is a Morse typed potential. In LAMMPS, the format of potential is different from its initial one, you need to change the expression and the corresponding parameters, such as people do for SW potential.“于是,我就看不懂了,morse势能在lammps中的调用类似于LJ势能,应该怎样类似于SW势能改呢?这个修改的势能到底如何在lammps中调用呢,这几篇参考文献在附件中,包括所需要的参数在参考文献28,29中,希望大神帮助啊。lammps 势能问题
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lammps 势能问题-1
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lammps 势能问题-2
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可以可以啊
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z654023015

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
雪雨星风17: 金币+15, ★★★很有帮助 2015-01-08 15:39:11
LZ 为什么不用 MoS2 的SW势呢
2楼2015-01-06 20:31:00
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雪雨星风17

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by z654023015 at 2015-01-06 20:31:00
LZ 为什么不用 MoS2 的SW势呢

那个MoS2的SW势能是指Jin-Wu Jiang的那篇Molecular dynamics simulations of single-layer molybdenum disulphide (MoS2)么?按照我的理解,这个文献说的SW势能好像只能模拟单层的MoS2之间的作用力,不知道我理解的对不对哈?
可以可以啊
3楼2015-01-06 21:54:54
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z654023015

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 雪雨星风17 at 2015-01-06 21:54:54
那个MoS2的SW势能是指Jin-Wu Jiang的那篇Molecular dynamics simulations of single-layer molybdenum disulphide (MoS2)么?按照我的理解,这个文献说的SW势能好像只能模拟单层的MoS2之间的作用力,不知道我理解 ...

是的,它是单层的,但是多层的也只是层与层之间再有一个范德瓦尔斯力。你如果要用这个SW算多层的话,只要添加一个lj势,作用的参数在MD simulations of molybdenum disulphide (MoS2): Force-field parameterization and thermal transport behavior 这篇文章里面有。
4楼2015-01-08 10:45:59
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雪雨星风17

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by z654023015 at 2015-01-08 10:45:59
是的,它是单层的,但是多层的也只是层与层之间再有一个范德瓦尔斯力。你如果要用这个SW算多层的话,只要添加一个lj势,作用的参数在MD simulations of molybdenum disulphide (MoS2): Force-field parameterizati ...

哈,仔细看了下,描述两层直接确实用的是LJ势能,谢谢帮助啦
可以可以啊
5楼2015-01-08 15:38:52
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WildDreams

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by z654023015 at 2015-01-08 10:45:59
是的,它是单层的,但是多层的也只是层与层之间再有一个范德瓦尔斯力。你如果要用这个SW算多层的话,只要添加一个lj势,作用的参数在MD simulations of molybdenum disulphide (MoS2): Force-field parameterizati ...

您好,想问下,在使用SW势的时候,data文件里是否应该给出化学键,键长,键角,二面角之类的信息。
另外Jin-Wu Jiang的那篇文章的supplementary material中的几个文件,是都需要编译到lmp_serial中去的吗?
mos2.sw
multirow.sty
natbib.sty
pair_sw.cpp
slashbox.sty
6楼2015-03-26 22:02:21
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雪雨星风17

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by WildDreams at 2015-03-26 22:02:21
您好,想问下,在使用SW势的时候,data文件里是否应该给出化学键,键长,键角,二面角之类的信息。
另外Jin-Wu Jiang的那篇文章的supplementary material中的几个文件,是都需要编译到lmp_serial中去的吗?
mos2 ...

sw势能不需要化学键,键长什么的信息,除了sw势能,下面几个都需要重新编译的。
可以可以啊
7楼2015-03-27 09:29:58
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WildDreams

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 雪雨星风17 at 2015-03-27 09:29:58
sw势能不需要化学键,键长什么的信息,除了sw势能,下面几个都需要重新编译的。...

也就是说data文件里只需要原子的位置信息?
8楼2015-03-27 10:13:04
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雪雨星风17

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by WildDreams at 2015-03-27 10:13:04
也就是说data文件里只需要原子的位置信息?...

是的,按照lammps的data格式就行了
可以可以啊
9楼2015-03-28 09:32:36
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栗子酱2333

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 雪雨星风17 at 2015-03-27 09:29:58
sw势能不需要化学键,键长什么的信息,除了sw势能,下面几个都需要重新编译的。...

请问是怎么编译进LAMMPS里的呢,我问工程师他告诉我缺少一个readme文件
啦啦啦啦啦
10楼2019-09-04 20:45:43
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