应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS中金属氧化物的势能
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
301/3返回列表123下一页
查看: 5953  |  回复: 29
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gulubaozi

银虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS中金属氧化物的势能 已有1人参与

楼主一直用LAMMPS里EAM形式的势能，最近遇到一UO2的势能构成为：Buckingham+Morse+Coloumb type potential， 相关文献：Journal of Alloys and Compounds 360 (2003) 210–216。从势能形式上看，貌似是阴阳离子相互作用，楼主不清楚这应该用LAMMPS中的那种形式的势能及对应的命令，求大神指导。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-05 11:02:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
23楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-15 09:26:00
如果是涉及分子模拟的，据我所知也只有“分子模拟从算法到应用”了，这是英文版的中译本。

如果已经记不得静电学的知识，可以找本电磁学或者电动力学的本科教材，不用看很多，只把静电学部分粗略过一遍就可以了 ...

大神，我试过之后发现，pppm 的精度取到 1.0e-4, neighbor 取到 5.0 bin 时精度和效率能实现双优化
赞一下(2人) 回复此楼
24楼2015-01-15 11:23:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-10 14:15:59
月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2015-01-10 14:16:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-07 14:20:48
文献里指出cutoff distance for the real-space Coulomb, Buckingham and Morse terms is 11 A. For the reciprocal-space summation of the Coulomb term, the particle-particle, particle-mesh method is used. ...

因为静电相互作用是长程相互作用，不能像LJ或者 Buckingham那样的短程相互作用直接用cutoff，否则误差很大。所以只好用Ewald summation（或者这里提到的pppm，其实是Ewald summation的一种高效算法）来处理，把静电相互作用分成短程和长程两部分。长程部分就是kspace命令在处理。

很多分子模拟的书都会讲Ewald summation的，建议你好好看一下。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2015-01-08 11:06:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-08 11:06:35
因为静电相互作用是长程相互作用，不能像LJ或者 Buckingham那样的短程相互作用直接用cutoff，否则误差很大。所以只好用Ewald summation（或者这里提到的pppm，其实是Ewald summation的一种高效算法）来处理，把静电 ...

专家果然是专家！
再请教一个LAMMPS的设置问题，手册上给的 pair_style coul/long 的例子里只有设置 cutoff ，pair_coeff 命令里只有两个 * ，那coulomb公式里的常数 和 离子电荷数用什么命令给出，楼主已经被coulomb搞得晕头转向了。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2015-01-08 11:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-10 14:16:53
引用回帖:
9楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-07 15:39:14
专家果然是专家！
再请教一个LAMMPS的设置问题，手册上给的 pair_style coul/long 的例子里只有设置 cutoff ，pair_coeff 命令里只有两个 * ，那coulomb公式里的常数 和 离子电荷数用什么命令给出，楼主已经被cou ...

介电常数用dielectric命令，电荷在data文件里给出，或者用set命令。好好研究下manual吧。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

gulubaozi
10楼2015-01-08 12:06:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulubaozi

银虫 (小有名气)
楼主，经过两天的郁闷弄清了LAMMPS手册中coulomb表达式及其设置使用。
coulomb力的计算公式可以参看wiki ，通过力与势能的关系，可得到coulomb势，与LAMMPS手册中所用公式对比，可得手册中的C （energy-conversion constant） 实际上是wiki 中coulomb力的那个常数项。
虫子cgzhang_gg在他的帖子里计算了LAMMPS中的这个C值（帖子http://muchong.com/html/201306/6016306.html），楼主通过计算coulomb力常数项表达式的值，并与上值对比，确信LAMMPS手册中所用coulomb势公式中的C （energy-conversion constant）就是coulomb力常数项，而LAMMPS公式中的epsilon（其值通过dielectric command设置）仅仅是个比例常数，不具备任何物理意义。
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2015-01-08 16:56:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-09 15:23:42
我是这么考虑的，coulomb势为长程作用，单这一项的系数值就是40多，cutoff 取 11.0，而分母上仅仅是距离的一次方，如果neighbor不够大，那么coulomb势这一项的精度就不够，所以就设了那么大。依大神的经验，要使 n ...

The neighbor list and pppm precision are not significantly correlated. Try default neighbor value first.
赞一下(1人) 回复此楼
18楼2015-01-10 11:55:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by sunep07 at 2015-05-06 17:45:08
请教大神：
文献中指出This potential is based on Buckingham potential type and includes Coulomb interaction treated via Ewald summation。
那么我的势函数编写为
#Buckingham with long-range Coulombic ...

不需要ewald/disp，直接用ewald就行。

你这里的pair_style是 buck/coul/long，意思是仅对库仑相互作用采取长程处理。但如果你的pair_style是buck/long/coul/long，也就是说对Buckingham也要作长程处理，根据kspace_style部分的说明
http://lammps.sandia.gov/doc/kspace_style.html

这时就要用ewald/disp了。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sunep07
26楼2015-05-07 14:04:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gulubaozi: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-05 16:17:24
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-06 07:50:37
gulubaozi: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-08 10:21:18
应该用pair_style hybrid/overlay命令，具体用法参照manual.

需要包含以下两种pair_style的相互作用系数。
pair_style buck/coul/long
pair_style morse

Good luck!
赞一下 回复此楼
2楼2015-01-05 11:53:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-05 11:53:42
应该用pair_style hybrid/overlay命令，具体用法参照manual.

需要包含以下两种pair_style的相互作用系数。
pair_style buck/coul/long
pair_style morse

Good luck!

也就是说，这是一种复合型势能，需要设置多种形式势能参数，是吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-05 16:18:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-05 11:53:42
应该用pair_style hybrid/overlay命令，具体用法参照manual.

需要包含以下两种pair_style的相互作用系数。
pair_style buck/coul/long
pair_style morse

Good luck!

追问，文献中指出UO2 是CaF2结构，这种结构怎样在LAMMPS中构造
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-05 17:26:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-04 20:18:02
也就是说，这是一种复合型势能，需要设置多种形式势能参数，是吗？...

yes
5楼2015-01-05 23:17:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-04 21:26:27
追问，文献中指出UO2 是CaF2结构，这种结构怎样在LAMMPS中构造...

不太了解，我对lammps构建晶体结构的命令不太了解，平时输入文件主要是自己编程构建。
赞一下 回复此楼
6楼2015-01-05 23:18:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-05 23:18:55
不太了解，我对lammps构建晶体结构的命令不太了解，平时输入文件主要是自己编程构建。...

文献里指出cutoff distance for the real-space Coulomb, Buckingham and Morse terms is 11 A. For the reciprocal-space summation of the Coulomb term, the particle-particle, particle-mesh method is used.
这里为什么要用到倒空间求和？
赞一下 回复此楼
7楼2015-01-08 10:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gulubaozi 的主题更新
301/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 312求调剂 +13 gtw1 2026-04-06 13/650 2026-04-06 18:04 by 猪会飞
[考研] 327考研调剂推荐 +3 呜呜呜呜呢 2026-04-06 3/150 2026-04-06 17:41 by dongzh2009
[考研] 274求调剂求调剂 +5 Jachenbingoo 2026-04-06 5/250 2026-04-06 17:20 by 蓝云思雨
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +16 lllllos 2026-04-04 18/900 2026-04-06 16:41 by 蓝云思雨
[考研] 288求调剂 +8 没有答案_ 2026-04-05 8/400 2026-04-06 14:11 by lqwchd
[考研] 081700化学工程与技术 一志愿中海洋 323 求调剂学校 +18 披星河 2026-04-03 18/900 2026-04-06 13:55 by BruceLiu320
[考研] 一志愿西安交大材料学硕（英一数二）347，求调剂到高分子/材料相关专业 +8 zju51 2026-03-31 10/500 2026-04-06 09:03 by 醉翁wl
[考研] 求调剂 +10 Hll胡 2026-04-04 10/500 2026-04-05 20:09 by nepu_uu
[考研] 求调剂到0856材料工程 +3 程9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by 蓝云思雨
[考研] 295求调剂 +8 FZAC123 2026-04-03 8/400 2026-04-05 17:46 by 蓝云思雨
[考研] 312求调剂 +3 Say Never 2026-04-04 3/150 2026-04-05 11:19 by guoweigw
[考研] 283求调剂 +10 A child 2026-04-04 10/500 2026-04-05 08:22 by qlm5820
[考研] 333求调剂 +9 阿科逸 2026-03-31 9/450 2026-04-04 18:25 by macy2011
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 279求调剂 +6 qazplm0852 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:03 by 蓝云思雨
[考研] 085900土木水利336分求调剂 +4 Zhangjiangj 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:40 by 1753564080
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭