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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS中金属氧化物的势能
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-13 12:05:52
很难说，具体取决于你的需要。后处理的话其实用lammps自带的pizza.py结合VMD，有时再用一下lammps的rerun和各种compute命令，已经能够处理各种文件类型转化，计算相互作用能量，部分热力学性质和rdf了。如果你的分 ...

谢谢大神分享经验，我也想编程处理，不过没有经过专业训练，编程水平很菜。
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21楼2015-01-13 17:43:00
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ysshj

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-08 11:06:35
因为静电相互作用是长程相互作用，不能像LJ或者 Buckingham那样的短程相互作用直接用cutoff，否则误差很大。所以只好用Ewald summation（或者这里提到的pppm，其实是Ewald summation的一种高效算法）来处理，把静电 ...

请问有没有中文的介绍静电作用计算的书？
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一个人要像一支队伍。
22楼2015-01-14 14:29:33
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
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22楼: Originally posted by ysshj at 2015-01-13 18:29:33
请问有没有中文的介绍静电作用计算的书？...

如果是涉及分子模拟的，据我所知也只有“分子模拟从算法到应用”了，这是英文版的中译本。

如果已经记不得静电学的知识，可以找本电磁学或者电动力学的本科教材，不用看很多，只把静电学部分粗略过一遍就可以了。
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23楼2015-01-15 09:26:00
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
23楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-15 09:26:00
如果是涉及分子模拟的，据我所知也只有“分子模拟从算法到应用”了，这是英文版的中译本。

如果已经记不得静电学的知识，可以找本电磁学或者电动力学的本科教材，不用看很多，只把静电学部分粗略过一遍就可以了 ...

大神，我试过之后发现，pppm 的精度取到 1.0e-4, neighbor 取到 5.0 bin 时精度和效率能实现双优化
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24楼2015-01-15 11:23:49
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sunep07

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
25楼2015-05-07 13:45:08
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
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25楼: Originally posted by sunep07 at 2015-05-06 17:45:08
请教大神：
文献中指出This potential is based on Buckingham potential type and includes Coulomb interaction treated via Ewald summation。
那么我的势函数编写为
#Buckingham with long-range Coulombic ...

不需要ewald/disp，直接用ewald就行。

你这里的pair_style是 buck/coul/long，意思是仅对库仑相互作用采取长程处理。但如果你的pair_style是buck/long/coul/long，也就是说对Buckingham也要作长程处理，根据kspace_style部分的说明
http://lammps.sandia.gov/doc/kspace_style.html

这时就要用ewald/disp了。
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sunep07
26楼2015-05-07 14:04:40
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sunep07

禁虫 (小有名气)
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
27楼2015-05-11 14:27:53
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jianghl11

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
20楼: Originally posted by lsloneil at 2015-01-13 12:05:52
很难说，具体取决于你的需要。后处理的话其实用lammps自带的pizza.py结合VMD，有时再用一下lammps的rerun和各种compute命令，已经能够处理各种文件类型转化，计算相互作用能量，部分热力学性质和rdf了。如果你的分 ...

您好，我想问一下，您知道pizza.py怎么安装吗？
我安装到PyOpenGL这个python模块就安装不下去了，说缺少Togl，不知道Togl怎么安装。能帮忙讲一下吗？谢谢了。
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28楼2015-06-06 15:03:15
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by jianghl11 at 2015-06-05 19:03:15
您好，我想问一下，您知道pizza.py怎么安装吗？
我安装到PyOpenGL这个python模块就安装不下去了，说缺少Togl，不知道Togl怎么安装。能帮忙讲一下吗？谢谢了。...

我不太清楚，这个是我在网上搜的。

http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=9887
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29楼2015-06-07 00:18:33
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yc9316

新虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-08 16:56:49
楼主，经过两天的郁闷弄清了LAMMPS手册中coulomb表达式及其设置使用。
coulomb力的计算公式可以参看wiki ，通过力与势能的关系，可得到coulomb势，与LAMMPS手册中所用公式对比，可得手册中的C （energy-conversion ...

我觉得epsilon这个比例常数虽然是无量纲的，但其作用就相当于相对介电常数，可能理解的不对，见笑
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30楼2019-07-19 12:57:13
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