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求助LAMMPS两次运算结果不一致问题！已有1人参与
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本人打算采用LAMMPS计算高聚物的导热系数，由于是新手，首先按照LAMMPS例子里面的IN文件进行了练习（文件路径：LAMMPSExampleKAPPAin.heat），运算结果与所提供的参照结果比较吻合。而考虑到将来我的研究对象是复杂的高聚物体系，应该要用到MS来建模，为了先探探路，于是先将上述in.heat文件内描述的模型应用MS进行建模，建好模型后在Discover模块进行设置（energy里面选择compass），随后typing，并顺利导出、转换成LAMMPS所能识别的data文件（只有选择了compass才能顺利导出，后来在data文件中修改了pair_coeff）。 我碰到的问题是：从MS-->LAMMPS的方法计算结果仅为参照结果的一半（即按照LAMMPS例子中提供的in文件的计算结果）。我仔细对比过MS产生data文件与LAMMPS提供的in文件的设置，关于模型的参数（如原子数目、pair_style、pair_coeff、Mass等参数均相同），以及后续对物理过程的处理代码都是相同的，可是就是结果差别太大。（附上两次运算的LOG文件，其中Neighs数字有较大区别） 特请这方面经验丰富的朋友帮忙出出主意，或者提点宝贵意见，先感谢啦！@oxox6085@smutao |
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2楼2014-04-02 17:10:32
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您好！我重新上传附件（其中log.MS为利用MS创建模型产生的数据文件的计算结果），请帮我分析分析，谢谢！ |
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2014-04-04 09:21:30, 5.67 K
3楼2014-04-04 09:22:42
4楼2014-04-04 18:06:54
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请看我上传到Datafiles，其中in.heat是LAMMPS例子里面的文件，用这个文件直接运行得到 log.LAMMPS；运行in.hydrogen（其中会调用hydrogen.data）产生 log.MS。请帮忙检查一下，谢谢！ |
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2014-04-04 19:47:01, 20.23 K
5楼2014-04-04 19:49:52
【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-04-07 10:27:25
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1、data文件里#慎用，例如“Atoms # full”。 2、region hot block INF INF INF INF -0.4705175*v_rho 0.5294825*v_rho units box region cold block INF INF INF INF 9.5294825*v_rho 10.5294825*v_rho units box 这里设置可能得改改，否则报错： Use of region with undefined lattice 3、data文件里力场参数设置改一改： Pair Coeffs 1 1.0 1.0 这样好像可以得到类似结果。按原来的设置好像多设定了个cutoff1。 参考手册里read_data和pair_style lj/cut部分。 |
6楼2014-04-06 17:04:11
7楼2014-04-06 19:21:17
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月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-04-07 10:27:33
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-04-07 10:27:33
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试过了。你试一下这两个文件，和你的对比一下。 |
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- 附件 2 : in.hydrogen
2014-04-06 20:09:09, 353.65 K
2014-04-06 20:09:10, 1.84 K
8楼2014-04-06 20:09:12
9楼2014-04-08 08:35:51
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月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-04-13 09:29:06
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-04-13 09:29:06
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我用的windows版本的lammps，暂时只保留了弛豫部分的run。 例子的in文件不变。自己的data文件里改一下。 你把出问题的log文件发来看看也行。 |
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- 附件 2 : logMS.lammps
2014-04-08 09:32:28, 3.78 K
2014-04-08 09:32:36, 2.34 K
10楼2014-04-08 09:38:21