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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS 的坐标文件怎么构建呢？不可能一个一个原子的输入吧？
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] LAMMPS 的坐标文件怎么构建呢？不可能一个一个原子的输入吧？

以前用过VASP，是在MS中建立好超胞，然后用castep模块导出坐标文件。
现在想用LAMMPS。不知道有没有类似的方法可以生成坐标文件啊。
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一布福田，二修菩提
1楼2012-12-18 12:11:30
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回帖置顶 ( 共有1个 )

Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:31:26
dyc_2008: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 太详细了这个 2012-12-18 15:44:41
zh1987hs: 金币+1, 模拟EPI+1, 回答清楚~应要求授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2012-12-27 08:16:34
If you know how to construct a LAMMPS data file for a single molecule,
then you can use the "moltemplate" program to build complex periodic
structures with it.

http://www.moltemplate.org

In addition to "moltemplate" there are several other modeling programs:

http://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
http://sourceforge.net/projects/moleculardynami/

Here are some pictures of simulations we have run in LAMMPS built with
moltemplate:

http://lammps.sandia.gov/images/ ... ayer32x37_t=0ps.jpg
http://lammps.sandia.gov/images/ ... _rainbow_t=80ps.jpg
http://www.moltemplate.org/image ... ane+watMW_t=0ps.jpg
http://www.moltemplate.org/image ... tein_t=0ps_side.jpg
http://www.moltemplate.org/image ... otein_t=0ps_top.jpg

If you want to use "moltemplate" you must first build a file which
describes the molecule (or molecules) you want to use to build your
liquid crystal.  (This file can be in either lammps "DATA" format, or
"LT" format.)  Moltemplate can not do this automatically, but you can
build the molecule by hand if it is not complicated.  This is what I
usually do for my simple molecules.  Otherwise you can use
VMD/topotools or "Molecular Dynamics Studio" to create a DATA file for
a single molecule (see links above).  Then you can import it into
moltemplate.

Currently, you must manually specify ALL of the parameters for the
force-field you want to use.  (There is no way to infer the
force-field parameters automatically from atom-type.)  This is the
difficult part of setting up the simulation.  However you have
complete freedom to use any force-field you want.
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7楼2012-12-18 15:29:15
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dyc_2008: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-18 14:28:54
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-18 15:30:40
从MS输出car文件，可以导入LAMMPS，论坛有相关讨论。

也可以自己写个小程序，读写坐标。。
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2楼2012-12-18 13:49:40
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-18 13:49:40
从MS输出car文件，可以导入LAMMPS，论坛有相关讨论。

也可以自己写个小程序，读写坐标。。

用哪个模块来输出car文件呢？
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一布福田，二修菩提
3楼2012-12-18 14:28:30
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wangyujia

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dyc_2008: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-18 14:37:58
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-18 15:30:51
我建议你仔细阅读lattice，create box，create atoms，等命令，这些是可以建立出很复杂的模型的，表面，界面，位错什么的，都不在话下。
用了这些命令之后，你会对晶体结构有更深刻的理解。
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4楼2012-12-18 14:29:02
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 说的非常实在，赞！鼓励交流 2012-12-18 15:31:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by dyc_2008 at 2012-12-18 14:28:30
用哪个模块来输出car文件呢？...

用一个软件，首先要阅读手册，熟悉操作，否则无法工作。。
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5楼2012-12-18 14:36:23
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
自己写程序
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6楼2012-12-18 14:47:37
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匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
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8楼2014-06-08 19:51:43
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lcl1cxt

金虫 (小有名气)
送红花一朵
加油学
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努力
9楼2014-09-27 08:58:13
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