| 查看: 4450 | 回复: 8 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
LAMMPS 的坐标文件怎么构建呢？不可能一个一个原子的输入吧？
|
|||
|
以前用过VASP，是在MS中建立好超胞，然后用castep模块导出坐标文件。 现在想用LAMMPS。不知道有没有类似的方法可以生成坐标文件啊。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 和毕设有关的 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
lcl1cxt» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有21人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问下ms中怎么把分子移动到crystal的中央啊？
已经有7人回复
- lammps的minimize会丢失原子
已经有6人回复
- lammps中如何用group命令按照原子坐标值进行分组
已经有3人回复
- lammps中运行倾侧晶界是出现原子减少的现象是什么原因?
已经有4人回复
- lammps中界面的建立
已经有9人回复
- 求助LAMMPS两次运算结果不一致问题！
已经有11人回复
- MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？
已经有8人回复
- lammps 建立多晶(有源程序)
已经有271人回复
- 急求一个铱原子的直径是多少？？？
已经有3人回复
- ms构建好的模型转化为lammps data文件
已经有5人回复
- 请问一步有500百万个原子的lammps构型文件用什么软件可以可视化显示？
已经有8人回复
- LAMMPS----compute coord/atom命令
已经有11人回复
- LAMMPS 输入问题
已经有6人回复
- reaxys怎么输入原子
已经有8人回复
- 关于lammps中某种atom个数的统计方法
已经有10人回复
- lammps计算中出现原子距离太近现象
已经有11人回复
- lammps的in文件
已经有4人回复
- lammps 离子液体，离子中相邻隔的挺远的原子成键了，不知什么原因
已经有8人回复
- LAMMPS并行计算的问题（cpu——time关系）
已经有17人回复
- 关于lammps输出文件坐标的问题
已经有9人回复
- lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改
已经有7人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题
已经有8人回复
Bessel
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 1506.5
- 散金: 4755
- 红花: 8
- 帖子: 609
- 在线: 234.1小时
- 虫号: 370174
- 注册: 2007-05-13
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:31:26
dyc_2008: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 太详细了这个 2012-12-18 15:44:41
zh1987hs: 金币+1, 模拟EPI+1, 回答清楚~应要求授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2012-12-27 08:16:34
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:31:26
dyc_2008: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 太详细了这个 2012-12-18 15:44:41
zh1987hs: 金币+1, 模拟EPI+1, 回答清楚~应要求授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2012-12-27 08:16:34
|
If you know how to construct a LAMMPS data file for a single molecule, then you can use the "moltemplate" program to build complex periodic structures with it. http://www.moltemplate.org In addition to "moltemplate" there are several other modeling programs: http://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools http://sourceforge.net/projects/moleculardynami/ Here are some pictures of simulations we have run in LAMMPS built with moltemplate: http://lammps.sandia.gov/images/ ... ayer32x37_t=0ps.jpg http://lammps.sandia.gov/images/ ... _rainbow_t=80ps.jpg http://www.moltemplate.org/image ... ane+watMW_t=0ps.jpg http://www.moltemplate.org/image ... tein_t=0ps_side.jpg http://www.moltemplate.org/image ... otein_t=0ps_top.jpg If you want to use "moltemplate" you must first build a file which describes the molecule (or molecules) you want to use to build your liquid crystal. (This file can be in either lammps "DATA" format, or "LT" format.) Moltemplate can not do this automatically, but you can build the molecule by hand if it is not complicated. This is what I usually do for my simple molecules. Otherwise you can use VMD/topotools or "Molecular Dynamics Studio" to create a DATA file for a single molecule (see links above). Then you can import it into moltemplate. Currently, you must manually specify ALL of the parameters for the force-field you want to use. (There is no way to infer the force-field parameters automatically from atom-type.) This is the difficult part of setting up the simulation. However you have complete freedom to use any force-field you want. |
7楼2012-12-18 15:29:15