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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 离子液体，离子中相邻隔的挺远的原子成键了，不知什么原因
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wup123

铁虫 (小有名气)

[求助] lammps 离子液体，离子中相邻隔的挺远的原子成键了，不知什么原因

我在进行模拟的时候，首先用两个分子（四个离子）测试了，结构非常好，没啥异常。但是增多原子后，发现其中一个阴离子（tfsi-）中F原子和相隔非常远的O原子（相隔五个原子）成键了，从而使整个离子变的乱起八糟。
   我检查了力场参数，采用的是opls—aa势，和文献中一致，电荷也守恒。
  想问问各位虫子，这个是什么原因呢？该怎么解决呢？
  也不知怎么搞的，我遇到好多诡异的问题。。。
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1楼2013-02-01 11:32:29
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你的结构图，in文件， log文件，坐标文件都贴出来。 否则怎么看呀。
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2楼2013-02-04 10:27:01
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wup123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-02-04 10:27:01
把你的结构图，in文件， log文件，坐标文件都贴出来。 否则怎么看呀。

好的，谢谢，马上贴上。
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3楼2013-02-04 11:15:01
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wup123

铁虫 (小有名气)
我模拟的体系是emim阳离子，和fsi阴离子。
我的in文件如下：
    LAMMPS input file

units           real
boundary        p p p

atom_style      full       #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
dihedral_style  opls
improper_style  cvff
pair_style      lj/cut/coul/long 12.0
pair_modify     mix arithmetic tail yes
kspace_style    pppm 1.0e-4


#read_restart    restart.mix.*

read_data        data.il
#read_restart restart.mix.*


#fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check yes  #delay 3

velocity        all create 300.0 4567712  rot yes dist gaussian

compute         1  all temp
#fix 2  all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 1.0 1.0 10.0
#fix 2 all langevin 300.0 300.0 200 48279
#fix 3 all nve
fix 2 all nvt  temp 300.0 300.0 50.0
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
min_style cg
min_modify dmax 0.2

timestep        0.05

dump           1 all  custom 20 dump.atom.*.lammpstrj id x y z
dump           2 all custom 200000 dump.force.* id mol type element fx fy fz
#dump           3  all dcd  2000   dump.trj.lammpstrj
dump_modify     1 flush yes
dump_modify     2 flush yes
#dump_modify     3 flush yes
thermo_style    custom step c_1 pe etotal vol lx ly lz
thermo          1000
thermo_modify   flush yes


restart         100000 restart.mix.*
run  100000



timestep   0.1
#thermo 1000
run  100000

我的log文件
   24000     273.6706    272.92199     317.7888       125000           50           50           50
   25000    325.54712    263.24033    316.61201       125000           50           50           50
   26000    313.35585    255.15618    306.52916       125000           50           50           50
   27000    3516.0726    1330.2863    1906.7272       125000           50           50           50
   28000    1783.7174    315.87659    608.30734       125000           50           50           50
   29000    1473.6364    568.98349    810.57815       125000           50           50           50
   30000     1474.526   -32.645347    209.09516       125000           50           50           50
   31000    671.23014    38.678556    148.72308       125000           50           50           50
   32000    464.68752   -90.201486   -14.018499       125000           50           50           50
   33000    11929.712    727.72594    2683.5372       125000           50           50           50
   34000    1249.3459   -505.03535    -300.2119       125000           50           50           50
   35000    6864.2858    180.49005    1305.8523       125000           50           50           50
   36000     418.5098   -612.91378   -544.30138       125000           50           50           50
   37000    174.50306   -677.42917   -648.82034       125000           50           50           50
   38000    79.074924   -680.99101    -668.0271       125000           50           50           50
   39000    149.36694   -684.89448   -660.40658       125000           50           50           50
   40000    34276.857    762.54228    6382.0463       125000           50           50           50
   41000    405.71061   -658.47541   -591.96137       125000           50           50           50
   42000    52.579346   -689.37579    -680.7557       125000           50           50           50
   43000    37.702359   -697.65724   -691.47615       125000           50           50           50
   44000    77.636161   -698.36347   -685.63545       125000           50           50           50
   45000    1068.4743   -541.76354     -366.593       125000           50           50           50
   46000    769.90494   -593.81149   -467.58977       125000           50           50           50
   47000    909.93159   -769.17108   -619.99276       125000           50           50           50
Rank 19 [Mon Feb  4 02:49:12 2013] [c13-3c2s3n1] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 19
ERROR on proc 19: Bond atoms 26 27 missing on proc 19 at step 47662 (neigh_bond.cpp:49)

从第3000步开始，能量突然骤减，我调出结构图来一看，是结构出现了问题
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4楼2013-02-04 11:22:57
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wup123

铁虫 (小有名气)
离子结构图和结果图如下， fsi中的F原子和emim中的Hoverlap了，导致能量变为负数了。
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  • 附件 1 : 结构1.jpg
    • 2013-02-04 11:30:25, 11.79 K
  • 附件 2 : result.jpg
    • 2013-02-04 11:30:57, 21.26 K
5楼2013-02-04 11:32:15
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wup123: 金币+3, ★有帮助 2013-02-08 09:09:01
1） 看一下你dump的轨迹， 原子似乎有大的位移
2） 把初始速度设0试试
3）看dump的作用力有无问题，尤其是成键的那对原子。
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6楼2013-02-05 21:59:50
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wup123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-02-05 21:59:50
1） 看一下你dump的轨迹， 原子似乎有大的位移
2） 把初始速度设0试试
3）看dump的作用力有无问题，尤其是成键的那对原子。

谢谢你啦，我找到错误了。我以前把pair_coeff放到input file了，后来挪到datafile了，结果忘了改格式，导致错误产生。
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7楼2013-02-08 09:06:00
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xiuyeyangyun

铁虫 (初入文坛)
我也需要用opls-aa势，你的势参数是不是在data文件里，可以给我参考一下吗？谢谢！
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8楼2013-05-08 15:53:23
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凌枫霜叶

木虫 (小有名气)
送红花一朵
请问data file中，partial charges怎么分配的？用的什么软件转成lammps data file的？
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9楼2019-04-03 18:34:39
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