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关于模拟离子液体力场的选择（opls-aa)
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各位虫子们，大家模拟离子液体一般用什么力场呀？ 我选择用opls_aa力场，因为这个力场中有专门的离子液体的力场。我用的lammps软件。在模拟中，问题好多，跑着跑着，原子就会missing。我的初始位置，分子间隔的挺远，大约10埃，我dump force后发现，力都好大，不清楚啥个原因。 我想换个力场试试，不知哪个力场好点。 谢谢大家了。 |
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 分子模拟要术 | 分子动力学-初级问题资源 |
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2楼2013-01-27 18:56:18
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3楼2013-01-27 20:44:33
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是用Pauda他们组的力场吗？二面角只有三个参数v1,v2,v3。我现在是刚开始研究这个，这个问题已经困了我好几天了，一直没找出啥问题来。希望你花一点点时间看看我的输入文件吧。 LAMMPS input file units real boundary p p p atom_style full #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style opls pair_style lj/cut/coul/long 12 pair_modify mix geometric tail yes kspace_style ewald 1.0e-4 #read_restart restart.mix.* read_data data.il #read_restart restart.mix.* #fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 3 every 1 check yes #delay 3 fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279 fix 3 all nve （文献上说可以先布朗运动下，所以我也设置了了一下） timestep 0.1 dump 1 all custom 20000 dump.atom.*.lammpstrj xu yu zu dump 2 all custom 20000 dump.force.* id mol type element fx fy fz dump_modify 1 flush yes dump_modify 2 flush yes thermo_style custom step temp press etotal vol lx ly lz thermo 1000 thermo_modify flush yes run 1000000 我是做的（mmpy）（tsfi)这个分子，就两对分子。我真的不知道哪里有问题。。。 |
4楼2013-01-28 03:07:34
Bessel
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有原子missing的问题，可能是你的初始构型做的不好，原子相互作用力过大。这和具体是什么力场无关，最好在run命令之前加上minimize命令，可能解决你的问题。 具体的看这里：http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html 还有你的in文件里： fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279 fix 3 all nve （文献上说可以先布朗运动下，所以我也设置了了一下） 更正一下，这个不是真的让体系作布朗运动，而是利用郎之万方程来控温的。但是这个不是问题的关键。 |
5楼2013-01-28 04:00:23
6楼2013-01-28 22:32:27
Bessel
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7楼2013-01-29 02:58:58
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我在nve系综下跑的minimize。我的参数是 minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 min_style hftn min_modify dmax 0.2 我的结果是：（我从log里面拷出来的） minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167) Ewald initialization ... G vector = 0.227629 vectors: actual 1d max = 2748 10 4630 Memory usage per processor = 24.4557 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 161.97025 59.620071 221.59032 -139.69835 52 0 139.99619 32.197295 172.19348 -13.155359 Loop time of 0.369925 on 48 procs for 52 steps with 72 atoms Minimization stats: Stopping criterion = energy tolerance Energy initial, next-to-last, final = 221.590316114 172.205685403 172.193484683 Force two-norm initial, final = 334.999 8.36533 Force max component initial, final = 89.5407 2.13135 Final line search alpha, max atom move = 0.000551252 0.00117491 Iterations, force evaluations = 52 255 Pair time (%) = 0.000742118 (0.200613) Bond time (%) = 0.000933076 (0.252234) Kspce time (%) = 0.182548 (49.3473) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 0.176163 (47.6214) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0.00953816 (2.57841) Nlocal: 1.5 ave 21 max 0 min Histogram: 44 0 0 0 0 0 1 1 0 2 Nghost: 38.5625 ave 72 max 0 min Histogram: 12 0 0 3 6 3 7 2 1 14 Neighs: 27.2708 ave 471 max 0 min Histogram: 44 0 0 0 2 0 0 0 1 1 Total # of neighbors = 1309 Ave neighs/atom = 18.1806 Ave special neighs/atom = 10.2222 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 min_style hftn min_modify dmax 0.2 真是太谢谢你了。。。 今天我又这样跑了跑：就是在nvt系综下，timestep从0.1开始，每100000步增加0.1，结果到了1后竟然没有错误提示了，但是每个原子的受力力还在几十多左右。 |
8楼2013-01-29 09:46:56
qphll
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