应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于模拟离子液体力场的选择（opls-aa)
101/1返回列表
查看: 4491  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wup123

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于模拟离子液体力场的选择（opls-aa)

各位虫子们，大家模拟离子液体一般用什么力场呀？

我选择用opls_aa力场，因为这个力场中有专门的离子液体的力场。我用的lammps软件。在模拟中，问题好多，跑着跑着，原子就会missing。我的初始位置，分子间隔的挺远，大约10埃，我dump force后发现，力都好大，不清楚啥个原因。
   我想换个力场试试，不知哪个力场好点。

    谢谢大家了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟要术 分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2013-01-27 07:10:41
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wup123: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-01-28 11:02:00
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-30 10:44:54
opls挺好的，我以前用它算过ILs
感觉是你的设置有问题，你仔细检查一下

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-27 18:56:18
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)
同求力场
回复此楼
3楼2013-01-27 20:44:33
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wup123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2013-01-27 18:56:18
opls挺好的，我以前用它算过ILs
感觉是你的设置有问题，你仔细检查一下

是用Pauda他们组的力场吗？二面角只有三个参数v1,v2,v3。我现在是刚开始研究这个，这个问题已经困了我好几天了，一直没找出啥问题来。希望你花一点点时间看看我的输入文件吧。
LAMMPS input file

units           real
boundary        p p p

atom_style      full       #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
dihedral_style  opls
pair_style      lj/cut/coul/long  12
pair_modify     mix geometric tail yes
kspace_style    ewald 1.0e-4

#read_restart    restart.mix.*
read_data        data.il
#read_restart restart.mix.*

#fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check yes  #delay 3

fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279
fix 3 all nve  （文献上说可以先布朗运动下，所以我也设置了了一下）

timestep        0.1
dump           1 all  custom 20000 dump.atom.*.lammpstrj xu yu zu
dump           2 all custom 20000 dump.force.* id mol type element fx fy fz
dump_modify     1 flush yes
dump_modify     2 flush yes

thermo_style    custom step temp press  etotal vol lx ly lz
thermo          1000
thermo_modify   flush yes


run  1000000
我是做的（mmpy）（tsfi)这个分子，就两对分子。我真的不知道哪里有问题。。。
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-28 03:07:34
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wup123: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-28 11:02:36
引用回帖:
4楼: Originally posted by wup123 at 2013-01-27 21:07:34
是用Pauda他们组的力场吗？二面角只有三个参数v1,v2,v3。我现在是刚开始研究这个，这个问题已经困了我好几天了，一直没找出啥问题来。希望你花一点点时间看看我的输入文件吧。
LAMMPS input file

units      ...

有原子missing的问题，可能是你的初始构型做的不好，原子相互作用力过大。这和具体是什么力场无关，最好在run命令之前加上minimize命令，可能解决你的问题。

具体的看这里：http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html

还有你的in文件里：

fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279
fix 3 all nve  （文献上说可以先布朗运动下，所以我也设置了了一下）

更正一下，这个不是真的让体系作布朗运动，而是利用郎之万方程来控温的。但是这个不是问题的关键。
赞一下 回复此楼
5楼2013-01-28 04:00:23
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wup123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Bessel at 2013-01-28 04:00:23
有原子missing的问题，可能是你的初始构型做的不好，原子相互作用力过大。这和具体是什么力场无关，最好在run命令之前加上minimize命令，可能解决你的问题。

具体的看这里：http://lammps.sandia.gov/doc/minim ...

谢谢你。但是我试了下。结果不好。
     我的问题好诡异呀！我minimize，很快，52步就收敛了。但是我以timestep 0.5的步长接着跑，还是会missing。说明力好大。我dump force 后，的确每个原子上的力都达到好几百了。力好大的原因无非有两个，1是原子重叠，2是库伦力。我的初始结构我看过，分子间离了10埃米左右，且我也minimize了。所以力的来源主要是库伦力，但是每个原子上的电荷，我都是抄的opls-aa力场里面的。
     很诡异！对着问题好无能为力。。。。
赞一下 回复此楼
6楼2013-01-28 22:32:27
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Bessel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wup123 at 2013-01-28 16:32:27
谢谢你。但是我试了下。结果不好。
     我的问题好诡异呀！我minimize，很快，52步就收敛了。但是我以timestep 0.5的步长接着跑，还是会missing。说明力好大。我dump force 后，的确每个原子上的力都达到好几百了 ...

把minimize的结果贴上来。
赞一下 回复此楼
7楼2013-01-29 02:58:58
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wup123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Bessel at 2013-01-29 02:58:58
把minimize的结果贴上来。...

我在nve系综下跑的minimize。我的参数是
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
min_style hftn
min_modify dmax 0.2

我的结果是：（我从log里面拷出来的）

minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167)
Ewald initialization ...
  G vector = 0.227629
  vectors: actual 1d max = 2748 10 4630
Memory usage per processor = 24.4557 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0    161.97025    59.620071    221.59032   -139.69835
      52            0    139.99619    32.197295    172.19348   -13.155359
Loop time of 0.369925 on 48 procs for 52 steps with 72 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = energy tolerance
  Energy initial, next-to-last, final =
         221.590316114      172.205685403      172.193484683
  Force two-norm initial, final = 334.999 8.36533
  Force max component initial, final = 89.5407 2.13135
  Final line search alpha, max atom move = 0.000551252 0.00117491
  Iterations, force evaluations = 52 255

Pair  time (%) = 0.000742118 (0.200613)
Bond  time (%) = 0.000933076 (0.252234)
Kspce time (%) = 0.182548 (49.3473)
Neigh time (%) = 0 (0)
Comm  time (%) = 0.176163 (47.6214)
Outpt time (%) = 0 (0)
Other time (%) = 0.00953816 (2.57841)

Nlocal:    1.5 ave 21 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 0 0 1 1 0 2
Nghost:    38.5625 ave 72 max 0 min
Histogram: 12 0 0 3 6 3 7 2 1 14
Neighs:    27.2708 ave 471 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 2 0 0 0 1 1

Total # of neighbors = 1309
Ave neighs/atom = 18.1806
Ave special neighs/atom = 10.2222
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
min_style hftn
min_modify dmax 0.2

真是太谢谢你了。。。
  今天我又这样跑了跑：就是在nvt系综下，timestep从0.1开始，每100000步增加0.1，结果到了1后竟然没有错误提示了，但是每个原子的受力力还在几十多左右。
赞一下 回复此楼
8楼2013-01-29 09:46:56
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wup123: 金币+2 2013-02-15 10:52:10
问题解决了吗？

其实你计算的log文件有提示了呢， WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167)

修改

neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check yes  

为

neighbor        0.3 bin
neigh_modify  delay 2  every 1 check yes

试试
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
9楼2013-02-08 13:03:14
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wup123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by qphll at 2013-02-08 13:03:14
问题解决了吗？

其实你计算的log文件有提示了呢， WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167)

修改

neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check  ...

谢谢你！我的问题已经找出来了，是因为我粗心把pair_coeff格式搞错了。。
赞一下 回复此楼
10楼2013-02-15 10:53:51
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wup123 的主题更新
101/1返回列表
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭