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关于模拟离子液体力场的选择（opls-aa)
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各位虫子们，大家模拟离子液体一般用什么力场呀？ 我选择用opls_aa力场，因为这个力场中有专门的离子液体的力场。我用的lammps软件。在模拟中，问题好多，跑着跑着，原子就会missing。我的初始位置，分子间隔的挺远，大约10埃，我dump force后发现，力都好大，不清楚啥个原因。 我想换个力场试试，不知哪个力场好点。 谢谢大家了。 |
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2楼2013-01-27 18:56:18
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是用Pauda他们组的力场吗？二面角只有三个参数v1,v2,v3。我现在是刚开始研究这个，这个问题已经困了我好几天了，一直没找出啥问题来。希望你花一点点时间看看我的输入文件吧。 LAMMPS input file units real boundary p p p atom_style full #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style opls pair_style lj/cut/coul/long 12 pair_modify mix geometric tail yes kspace_style ewald 1.0e-4 #read_restart restart.mix.* read_data data.il #read_restart restart.mix.* #fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 3 every 1 check yes #delay 3 fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279 fix 3 all nve （文献上说可以先布朗运动下，所以我也设置了了一下） timestep 0.1 dump 1 all custom 20000 dump.atom.*.lammpstrj xu yu zu dump 2 all custom 20000 dump.force.* id mol type element fx fy fz dump_modify 1 flush yes dump_modify 2 flush yes thermo_style custom step temp press etotal vol lx ly lz thermo 1000 thermo_modify flush yes run 1000000 我是做的（mmpy）（tsfi)这个分子，就两对分子。我真的不知道哪里有问题。。。 |
4楼2013-01-28 03:07:34
Bessel
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【答案】应助回帖
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有原子missing的问题，可能是你的初始构型做的不好，原子相互作用力过大。这和具体是什么力场无关，最好在run命令之前加上minimize命令，可能解决你的问题。 具体的看这里：http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html 还有你的in文件里： fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279 fix 3 all nve （文献上说可以先布朗运动下，所以我也设置了了一下） 更正一下，这个不是真的让体系作布朗运动，而是利用郎之万方程来控温的。但是这个不是问题的关键。 |
5楼2013-01-28 04:00:23
