24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4579)
>文献求助 (470)
>虫友互识 (376)
>导师招生 (311)
>考博 (185)
>招聘信息布告栏 (164)
>硕博家园 (157)
>休闲灌水 (115)
>论文道贺祈福 (114)
>博后之家 (100)
>考研 (88)
>论文投稿 (78)
>基金申请 (67)
>教师之家 (67)
>公派出国 (62)
>找工作 (55)

返回列表

本帖产生 1 个模拟EPI ，点击这里进行查看

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Bessel

木虫 (正式写手)

模拟EPI: 2
应助: 47 (小学生)
金币: 1505.5
散金: 4755
红花: 8
帖子: 609
在线: 234.1小时
虫号: 370174
注册: 2007-05-13
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:31:26
dyc_2008: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 太详细了这个 2012-12-18 15:44:41
zh1987hs: 金币+1, 模拟EPI+1, 回答清楚~应要求授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2012-12-27 08:16:34

If you know how to construct a LAMMPS data file for a single molecule,
then you can use the "moltemplate" program to build complex periodic
structures with it.

http://www.moltemplate.org

In addition to "moltemplate" there are several other modeling programs:

http://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
http://sourceforge.net/projects/moleculardynami/

Here are some pictures of simulations we have run in LAMMPS built with
moltemplate:

http://lammps.sandia.gov/images/ ... ayer32x37_t=0ps.jpg
http://lammps.sandia.gov/images/ ... _rainbow_t=80ps.jpg
http://www.moltemplate.org/image ... ane+watMW_t=0ps.jpg
http://www.moltemplate.org/image ... tein_t=0ps_side.jpg
http://www.moltemplate.org/image ... otein_t=0ps_top.jpg

If you want to use "moltemplate" you must first build a file which
describes the molecule (or molecules) you want to use to build your
liquid crystal.  (This file can be in either lammps "DATA" format, or
"LT" format.)  Moltemplate can not do this automatically, but you can
build the molecule by hand if it is not complicated.  This is what I
usually do for my simple molecules.  Otherwise you can use
VMD/topotools or "Molecular Dynamics Studio" to create a DATA file for
a single molecule (see links above).  Then you can import it into
moltemplate.

Currently, you must manually specify ALL of the parameters for the
force-field you want to use.  (There is no way to infer the
force-field parameters automatically from atom-type.)  This is the
difficult part of setting up the simulation.  However you have
complete freedom to use any force-field you want.

赞一下(2人)

回复此楼

7楼2012-12-18 15:29:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

请问下ms中怎么把分子移动到crystal的中央啊？已经有7人回复
lammps的minimize会丢失原子已经有6人回复
lammps中如何用group命令按照原子坐标值进行分组已经有3人回复
lammps中运行倾侧晶界是出现原子减少的现象是什么原因? 已经有4人回复
lammps中界面的建立已经有9人回复
求助LAMMPS两次运算结果不一致问题！已经有11人回复
MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？已经有8人回复
lammps 建立多晶(有源程序) 已经有271人回复
急求一个铱原子的直径是多少？？？已经有3人回复
ms构建好的模型转化为lammps data文件已经有5人回复
请问一步有500百万个原子的lammps构型文件用什么软件可以可视化显示？已经有8人回复
LAMMPS----compute coord/atom命令已经有11人回复
LAMMPS 输入问题已经有6人回复
reaxys怎么输入原子已经有8人回复
关于lammps中某种atom个数的统计方法已经有10人回复
lammps计算中出现原子距离太近现象已经有11人回复
lammps的in文件已经有4人回复
lammps 离子液体，离子中相邻隔的挺远的原子成键了，不知什么原因已经有8人回复
LAMMPS并行计算的问题（cpu——time关系）已经有17人回复
关于lammps输出文件坐标的问题已经有9人回复
lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改已经有7人回复
【求助】LAMMPS-运行报错已经有9人回复
【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题已经有8人回复

点击这里搜索更多相关资源

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人

相关版块跳转我要订阅楼主 dyc_2008 的主题更新

返回列表