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lammps的minimize会丢失原子 已有3人参与
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| 今天使用了8月8日的版本运行下面的脚本，出现lost atom 错误。但使用以前 2013 12月的版本却可以运算。然后用count（all，whole）数了一下box中的原子数，发现以前的版本中的原子确实丢了，只是由于没检查，所以可以运行。最新版的要10个步长检查一次守恒条件，所以出错。希望大家在计算的时候注意一下。另外有谁知道lost atoms的原因么？ |
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厉娜
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2楼2014-08-12 00:32:48
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4楼2014-08-12 11:52:24
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# Input file for bi-layered crystal, Nickle and Aluminum, relaxed # Tikelia Wright, July 2012 # ------------------------ INITIALIZATION ---------------------- clear units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic # ----------------------- ATOM DEFINITION ----------------------- lattice fcc 3.79 region upper block 0 9 0 9 0 2.999 lattice fcc 3.79 region lower block 0 9 0 9 3 7 region whole union 2 upper lower create_box 2 whole lattice fcc 3.79 create_atoms 1 region upper lattice fcc 3.79 create_atoms 2 region lower # ------------------------ FORCE FIELDS ----------------------- pair_style eam/alloy pair_coeff * * Mishin-Ni-Al-2009.eam.alloy Ni Al variable x equal count(all,whole) #---------------------------Settings---------------------------- #----------------------Run Minimization------------------------- variable length equal lx reset_timestep 0 fix 1 all box/relax iso 0.0 vmax 0.001 thermo_style custom v_x lx thermo 1 dump 1 all custom 10 test*.txt xs ys zs dump 2 all xyz 10 test*.xyz min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 # SIMULATION DONE print "All done" |
5楼2014-08-12 13:27:12
6楼2014-08-13 08:51:49
7楼2018-10-30 19:21:25
