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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] lammps文件原子属性显示问题-atomeye, OVITO, Pymol 已有1人参与

因为计算完后获取了atom几种不同的属性值,比如CNA,现在想按照这几种值来显示颜色。有几个问题:

1. 用atomeye显示这种属性颜色是最方便的,但是问题是颜色方案不太好,总是调不到区分度较大的颜色。有个比较好的显示rainbow方案,不过在一些期刊上又嫌这个颜色online版和print版的灰度值一样(蓝和红)没法区分。

2. 用OVITO显示的颜色相对来说很好看,不过颜色方案貌似更少。只有jet,hot, grayscale和rainbow。而且我找了好久没法调整颜色,不知道谁有比较好的方法吗?并且这个软件没法让atom周期平移来显示想要的某个面的图像吗?只能通过切面吗?还有这里能隐藏某些没选择了atom吗,没有找到。

3. 对于Pymol(颜色也很漂亮),如果想显示不同的颜色,是只能按照之前的属性编程把atom变成不同的元素名字并转为pdb文件吗?
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhang_jaj: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2014-07-24 19:58:42
Ovito 可以平移也可以删原子。你先选择要删的原子然后添加过滤modify选delete selected。平移用 affine transform.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
要夢遊,不要催眠。
2楼2014-07-23 07:59:29
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 绿遍山原 at 2014-07-23 07:59:29
Ovito 可以平移也可以删原子。你先选择要删的原子然后添加过滤modify选delete selected。平移用 affine transform.

谢谢你,这个平移我看过了,问题是它不是周期性平移啊,它只是把atom移出了box而已,或者是我操作错了吗?
3楼2014-07-23 20:50:36
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2014-07-23 20:50:36
谢谢你,这个平移我看过了,问题是它不是周期性平移啊,它只是把atom移出了box而已,或者是我操作错了吗?...

添加一个wrap

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
要夢遊,不要催眠。
4楼2014-07-24 09:00:30
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 绿遍山原 at 2014-07-24 09:00:30
添加一个wrap
...

谢谢了,不知道这个颜色方案还能认为调整吗?比如我用1,2,3,4,5来表示颜色梯度,想给某个值指定特定的颜色,可以吗?
5楼2014-07-24 19:59:36
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daicong

木虫 (小有名气)

Atomeye有没有办法选择一类原子显示?
比如某一个颜色范围内?或者某一个参数值范围内的原子显示?好像可以一个个原子剔除,但是个数少还好,个数多了选的很累。
6楼2014-12-05 04:35:44
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by daicong at 2014-12-05 04:35:44
Atomeye有没有办法选择一类原子显示?
比如某一个颜色范围内?或者某一个参数值范围内的原子显示?好像可以一个个原子剔除,但是个数少还好,个数多了选的很累。

可以,这个是需要用alt+up或者down来调整那个显示颜色范围的阈值,把不在这个阈值的就删除了,留下你想要的
7楼2014-12-05 08:08:49
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Momosilence

新虫 (初入文坛)

请问是ovito直接有cna吗?还是用lammps自己编程

发自小木虫IOS客户端
8楼2020-11-20 22:43:10
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