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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » lammps文件原子属性显示问题-atomeye, OVITO, Pymol
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] lammps文件原子属性显示问题-atomeye, OVITO, Pymol 已有1人参与

因为计算完后获取了atom几种不同的属性值，比如CNA，现在想按照这几种值来显示颜色。有几个问题：

1. 用atomeye显示这种属性颜色是最方便的，但是问题是颜色方案不太好，总是调不到区分度较大的颜色。有个比较好的显示rainbow方案，不过在一些期刊上又嫌这个颜色online版和print版的灰度值一样（蓝和红）没法区分。

2. 用OVITO显示的颜色相对来说很好看，不过颜色方案貌似更少。只有jet，hot， grayscale和rainbow。而且我找了好久没法调整颜色，不知道谁有比较好的方法吗？并且这个软件没法让atom周期平移来显示想要的某个面的图像吗？只能通过切面吗？还有这里能隐藏某些没选择了atom吗，没有找到。

3. 对于Pymol（颜色也很漂亮），如果想显示不同的颜色，是只能按照之前的属性编程把atom变成不同的元素名字并转为pdb文件吗？
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1楼 2014-07-23 07:27:36
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang_jaj: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2014-07-24 19:58:42
Ovito 可以平移也可以删原子。你先选择要删的原子然后添加过滤modify选delete selected。平移用 affine transform.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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要夢遊，不要催眠。
2楼2014-07-23 07:59:29
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 绿遍山原 at 2014-07-23 07:59:29
Ovito 可以平移也可以删原子。你先选择要删的原子然后添加过滤modify选delete selected。平移用 affine transform.

谢谢你，这个平移我看过了，问题是它不是周期性平移啊，它只是把atom移出了box而已，或者是我操作错了吗？
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3楼2014-07-23 20:50:36
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhang_jaj at 2014-07-23 20:50:36
谢谢你，这个平移我看过了，问题是它不是周期性平移啊，它只是把atom移出了box而已，或者是我操作错了吗？...

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[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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要夢遊，不要催眠。
4楼2014-07-24 09:00:30
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 绿遍山原 at 2014-07-24 09:00:30
添加一个wrap
...

谢谢了，不知道这个颜色方案还能认为调整吗？比如我用1，2,3,4,5来表示颜色梯度，想给某个值指定特定的颜色，可以吗？
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5楼2014-07-24 19:59:36
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daicong

木虫 (小有名气)
Atomeye有没有办法选择一类原子显示?
比如某一个颜色范围内？或者某一个参数值范围内的原子显示？好像可以一个个原子剔除，但是个数少还好，个数多了选的很累。
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6楼2014-12-05 04:35:44
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by daicong at 2014-12-05 04:35:44
Atomeye有没有办法选择一类原子显示?
比如某一个颜色范围内？或者某一个参数值范围内的原子显示？好像可以一个个原子剔除，但是个数少还好，个数多了选的很累。

可以，这个是需要用alt+up或者down来调整那个显示颜色范围的阈值，把不在这个阈值的就删除了，留下你想要的
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7楼2014-12-05 08:08:49
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Momosilence

新虫 (初入文坛)
请问是ovito直接有cna吗？还是用lammps自己编程

发自小木虫IOS客户端
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8楼2020-11-20 22:43:10
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