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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS跟踪原子
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS跟踪原子 已有2人参与

LAMMPS手册上介绍说，原子的ID不变，但是就输出的文件而言，同一个序号的原子，真的是同一个原子吗？
如果不是如何实现跟踪原子。
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1楼 2014-11-11 08:34:13
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gulubaozi

银虫 (小有名气)
★
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2014-11-12 09:56:38
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-11 08:50:18
这一点没有疑问吧，肯定就是同一原子。原子的ID不确定，如果会通过势的梯度来算加速度呢？楼主可以自己测试一下，建一个固体结构，在熔点之下驰誉，你会发现，边界处的原子由于周期性条件会转移到相应位置外，其它的 ...

我刚试了一下，对于同一种格式的输出数据文件，ID是不变的。
但是不同格式文件中同一个原子的ID不一样。
因为电脑很渣，所以只算了2步。so 这个实验结果可信度不高。
期待更准确更详细的说明。
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4楼2014-11-11 09:38:28
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gulubaozi: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-11 09:35:27
这一点没有疑问吧，肯定就是同一原子。原子的ID不确定，如何 会通过势的梯度来算加速度呢？楼主可以自己测试一下，建一个固体结构，在熔点之下驰誉，你会发现，边界处的原子由于周期性条件会转移到相应位置外，其它的基本在原地振动
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2楼2014-11-11 08:50:18
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-11 08:50:18
这一点没有疑问吧，肯定就是同一原子。原子的ID不确定，如果会通过势的梯度来算加速度呢？楼主可以自己测试一下，建一个固体结构，在熔点之下驰誉，你会发现，边界处的原子由于周期性条件会转移到相应位置外，其它的 ...

我在用不同格式输出时比如cfg，xyz，甚至把compute得到的结果输出，对于每一个输出文件，同一个序号的参数组，都是同一个原子的性质参数，你是这个意思吗？
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3楼2014-11-11 09:04:53
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huai

木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
gulubaozi(abinitio代发): 金币+5, 感谢互助。应助+1 2014-11-12 17:13:16
原子的ID是不变的。但是两个不时刻构型的文件，原子的排列顺序不一样。所以最好用lammps里面的排序命令，输出的时候，每一次都是1,2,3，。。。，N。这样算起来方便一些，也不易出错。
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5楼2014-11-12 12:56:31
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huai at 2014-11-12 12:56:31
原子的ID是不变的。但是两个不时刻构型的文件，原子的排列顺序不一样。所以最好用lammps里面的排序命令，输出的时候，每一次都是1,2,3，。。。，N。这样算起来方便一些，也不易出错。

每次输出前使用一下LAMMPS的排序命令，是这样吗？
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6楼2014-11-12 16:19:02
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huai

木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gulubaozi at 2014-11-12 16:19:02
每次输出前使用一下LAMMPS的排序命令，是这样吗？...

是的，可以把原子的ID输出来一看就明白了。
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7楼2014-11-12 16:33:15
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
abinitio: 我代劳了。：) 2014-11-12 17:13:43
引用回帖:
7楼: Originally posted by huai at 2014-11-12 16:33:15
是的，可以把原子的ID输出来一看就明白了。...

非常感谢！
为什么不选择应助呢？楼主很愿意给你金币。
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8楼2014-11-12 16:39:32
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huai

木虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gulubaozi at 2014-11-12 16:39:32
非常感谢！
为什么不选择应助呢？楼主很愿意给你金币。...

呵呵，有点帮助就行。
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9楼2014-11-12 17:08:56
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这似乎与你的输出格式有关，我刚看了一下我输出的CFG格式，原子ID并不是固定的，但我以前输出的CUSTOM我好像有印象是固定的
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10楼2014-11-13 21:51:04
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