应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS温度－步长曲线震荡
121/2返回列表12下一页
查看: 3785  |  回复: 11
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS温度－步长曲线震荡

有几个问题想跟大家请教一下。
1  从网上得到的一个程序（见附件），跑了一下，发现体系的温度一直上升，但是在设定初始温度的时候不是设置的10K么，体系的温度是不是通过 “velocity  all create 1000 87287 dist gaussian“ 这个命令设定阿？随后的温度变化又由什么决定的呢？
2 想计算1000K下的性质，采用“velocity  all create 1000 87287 dist gaussia“， 计算时，先fix npt运算50000步，再fix nvt运算500000步，体系的温度随时间的变化不是应该趋于1000K么，为什么我得到的温度曲线是震荡的呢？
3 此外，RDF曲线，我看别人都是一条曲线，我得到的怎么是很多条曲线的样子？这个该怎么处理呢？具体看附件。
菜鸟级，希望大家多多指教！

温度时间步长.png



rdf.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油！
1楼2013-04-25 10:46:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

很多因素会影响温度。 如果内部作用力频繁， 温度波动很正常。 总能量稳定吗？ 你有thernal scale吗？
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

WJ-MS
2楼2013-05-03 13:06:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-03 13:06:12
很多因素会影响温度。 如果内部作用力频繁， 温度波动很正常。 总能量稳定吗？ 你有thernal scale吗？

总能量应该还算稳定，能量时间步长图见附件。
一般要如何操作、多少时间步长才能使温度达到平衡呢？
你所说的thermal scale是哪个命令实现的呀？我看thermal、thermal_modify和thermal_style命令都没有这个功能呀！
多谢指教~~~

能量-时间步长图.jpg
赞一下(1人) 回复此楼
加油！
3楼2013-05-04 09:11:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-05 17:06:43
用Fix temp/rescale。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-05 08:15:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-05 08:15:57
用Fix temp/rescale。

我看有的文献里面讲，在npt下运行一定的时间步以达到平衡，然后在nvt系综收集数据，这是什么情况呢？
我用这个命令来控制温度的话，应该在什么情况下收集数据呢？
赞一下 回复此楼
加油！
5楼2013-05-06 20:39:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-05-06 20:39:09
我看有的文献里面讲，在npt下运行一定的时间步以达到平衡，然后在nvt系综收集数据，这是什么情况呢？
我用这个命令来控制温度的话，应该在什么情况下收集数据呢？...

不明白你的意思。 数据是否合理，要你自己去试验。
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-07 08:44:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-07 08:44:12
不明白你的意思。 数据是否合理，要你自己去试验。...

我昨天试了一下，在fix temp/rescale（命令是：fix   1 all temp/rescale 10000 1087.15 1087.15 0.5 1 ）下运行了一百万步，温度就是1087.15K，然后又在nvt（命令：fix  2 all nvt temp 1087.15 1087.15 0.5 drag 0.2）下运行了一百万步，温度又发生了很大的波动。这种情况应该怎么处理呢？不知道该在什么情况下收集数据呀。
赞一下 回复此楼
加油！
7楼2013-05-07 09:20:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢指点~~~ 2013-05-07 21:08:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-05-07 09:20:03
我昨天试了一下，在fix temp/rescale（命令是：fix   1 all temp/rescale 10000 1087.15 1087.15 0.5 1 ）下运行了一百万步，温度就是1087.15K，然后又在nvt（命令：fix  2 all nvt temp 1087.15 1087.15 0.5 drag ...

没有rescale，温度变化很正常。看trajectory， 能量等指标。 数据一直有出处，需要你自己去跟踪分析。
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-07 11:00:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星空1110

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-28 16:17:52
据我了解，velocity  all create 1000 87287 dist gaussian是一个系统初始化的命令，是根据你所提供的系统温度，提供系统动能，再根据动能为各原子随机分配速度，并不适用于恒温操作。fix temp/rescale可以实现温度在一定误差范围内进行波动，是最常用的控温方法。而我们所定义的npt或nvt是系综，主要针对系统的物理类型进行计算，调温时还是应该同时定义调温方法的，不能定义npt后将fix temp/rescale命令delete掉，我也问一个问题，就是你所说的这个软件是什么软件，可以发给我一下么，我之前一直是自己编程画图，很是麻烦，谢谢，邮箱393831415@qq.com
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

mileyfan
9楼2013-05-28 12:50:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 星空1110 at 2013-05-28 12:50:13
据我了解，velocity  all create 1000 87287 dist gaussian是一个系统初始化的命令，是根据你所提供的系统温度，提供系统动能，再根据动能为各原子随机分配速度，并不适用于恒温操作。fix temp/rescale可以实现温度 ...

一般npt和nvt里面不就带有控温器么，而且两个恒温器不能同时使用啊，“不能定义npt后将fix temp/rescale命令delete掉”是什么意思，fix npt就有恒温器和恒压器呀，不太明白……另外你说的是作图软件么？我没有提到什么软件啊~~~
赞一下 回复此楼
加油！
10楼2013-05-28 16:21:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 WJ-MS 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 专科院校申请国自然 +16 孤单12站 2024-06-24 23/1150 2024-06-27 00:10 by panda_fang
[基金申请] 博后网上办公系统维护 +14 取名字烦人 2024-06-25 22/1100 2024-06-26 22:15 by tuanbao2023
[公派出国] CSC博士联培对将来就业有用吗 +5 也就这样 2024-06-22 5/250 2024-06-26 20:55 by tshenbin
[考博] 对象没有，还非常想读博，难以抉择 +28 pvrw0224 2024-06-23 52/2600 2024-06-26 20:22 by pvrw0224
[硕博家园] 回家两天，不想呆了 +7 368ghnf 2024-06-22 13/650 2024-06-26 19:07 by ZZZemmm
[有机交流] 有机物的酸酐如何准确表征 10+3 方酱 2024-06-24 7/350 2024-06-26 17:53 by 宁静远行
[有机交流] 大佬们，打的核磁氢谱与chemdraw预测的有偏差 +5 来了个 2024-06-26 5/250 2024-06-26 17:28 by Jasonlin7758
[硕博家园] 联培博士文章第一单位署名问题交流~ +9 橙成成c 2024-06-23 21/1050 2024-06-26 16:45 by 橙成成c
[硕博家园] 博士该不该读？ +8 L1009225316 2024-06-25 8/400 2024-06-26 16:26 by huixiong0627
[基金申请] 博后面上今天下午会公布吗？大家有无消息？ +9 地理学1995 2024-06-24 13/650 2024-06-26 16:02 by kyukitu
[基金申请] 要持续整治滥发“帽子”、“牌子”之风 +6 babu2015 2024-06-25 6/300 2024-06-26 14:52 by felicity6056
[有机交流] 酚羟基甲基化 10+4 A好运来啦啦啦 2024-06-25 6/300 2024-06-26 10:08 by 88817753
[硕博家园] 考博英语 +5 198新用户 2024-06-25 10/500 2024-06-26 08:09 by 地狱伞兵
[基金申请] 厅级项目出校却没中 +13 Iwould 2024-06-23 20/1000 2024-06-26 06:14 by foolishmani
[基金申请] 基金申请书名称有变化 +5 xuel2011 2024-06-25 7/350 2024-06-26 00:07 by 老虎当猫养
[考博] 申博好难 +6 自强不息a?a 2024-06-24 6/300 2024-06-25 23:02 by 考研吒儿
[基金申请] 这样的说辞是上会了吗 +12 学员d3zYCz 2024-06-24 15/750 2024-06-25 22:05 by 3115321
[考博] 申请25博士，可以提前进组做科研助理 +6 逐梦途中w 2024-06-22 8/400 2024-06-24 21:49 by keyaner23
[基金申请] 国自然青年基金，1A4B能上会吗？青年和面上的上会标准是一样的吗？ +19 今晚推荐22 2024-06-20 32/1600 2024-06-23 23:17 by andywei1028
[论文投稿] OSA期刊审稿逾期 +3 Thomas_Squid 2024-06-22 3/150 2024-06-23 15:20 by wspglt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭