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汕头大学海洋科学接受调剂
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS温度-步长曲线震荡

有几个问题想跟大家请教一下。
1  从网上得到的一个程序(见附件),跑了一下,发现体系的温度一直上升,但是在设定初始温度的时候不是设置的10K么,体系的温度是不是通过 “velocity  all create 1000 87287 dist gaussian“ 这个命令设定阿?随后的温度变化又由什么决定的呢?
2 想计算1000K下的性质,采用“velocity  all create 1000 87287 dist gaussia“, 计算时,先fix npt运算50000步,再fix nvt运算500000步,体系的温度随时间的变化不是应该趋于1000K么,为什么我得到的温度曲线是震荡的呢?
3 此外,RDF曲线,我看别人都是一条曲线,我得到的怎么是很多条曲线的样子?这个该怎么处理呢?具体看附件。
菜鸟级,希望大家多多指教!

温度时间步长.png



rdf.png
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加油!
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

很多因素会影响温度。 如果内部作用力频繁, 温度波动很正常。 总能量稳定吗? 你有thernal scale吗?

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-05-03 13:06:12
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-03 13:06:12
很多因素会影响温度。 如果内部作用力频繁, 温度波动很正常。 总能量稳定吗? 你有thernal scale吗?

总能量应该还算稳定,能量时间步长图见附件。
一般要如何操作、多少时间步长才能使温度达到平衡呢?
你所说的thermal scale是哪个命令实现的呀?我看thermal、thermal_modify和thermal_style命令都没有这个功能呀!
多谢指教~~~

能量-时间步长图.jpg

加油!
3楼2013-05-04 09:11:07
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-05 17:06:43
用Fix temp/rescale。
4楼2013-05-05 08:15:57
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普通回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-05 08:15:57
用Fix temp/rescale。

我看有的文献里面讲,在npt下运行一定的时间步以达到平衡,然后在nvt系综收集数据,这是什么情况呢?
我用这个命令来控制温度的话,应该在什么情况下收集数据呢?
加油!
5楼2013-05-06 20:39:09
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-05-06 20:39:09
我看有的文献里面讲,在npt下运行一定的时间步以达到平衡,然后在nvt系综收集数据,这是什么情况呢?
我用这个命令来控制温度的话,应该在什么情况下收集数据呢?...

不明白你的意思。 数据是否合理,要你自己去试验。
6楼2013-05-07 08:44:12
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-07 08:44:12
不明白你的意思。 数据是否合理,要你自己去试验。...

我昨天试了一下,在fix temp/rescale(命令是:fix   1 all temp/rescale 10000 1087.15 1087.15 0.5 1 )下运行了一百万步,温度就是1087.15K,然后又在nvt(命令:fix  2 all nvt temp 1087.15 1087.15 0.5 drag 0.2)下运行了一百万步,温度又发生了很大的波动。这种情况应该怎么处理呢?不知道该在什么情况下收集数据呀。
加油!
7楼2013-05-07 09:20:03
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢指点~~~ 2013-05-07 21:08:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-05-07 09:20:03
我昨天试了一下,在fix temp/rescale(命令是:fix   1 all temp/rescale 10000 1087.15 1087.15 0.5 1 )下运行了一百万步,温度就是1087.15K,然后又在nvt(命令:fix  2 all nvt temp 1087.15 1087.15 0.5 drag ...

没有rescale,温度变化很正常。看trajectory, 能量等指标。 数据一直有出处,需要你自己去跟踪分析。
8楼2013-05-07 11:00:33
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星空1110

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-28 16:17:52
据我了解,velocity  all create 1000 87287 dist gaussian是一个系统初始化的命令,是根据你所提供的系统温度,提供系统动能,再根据动能为各原子随机分配速度,并不适用于恒温操作。fix temp/rescale可以实现温度在一定误差范围内进行波动,是最常用的控温方法。而我们所定义的npt或nvt是系综,主要针对系统的物理类型进行计算,调温时还是应该同时定义调温方法的,不能定义npt后将fix temp/rescale命令delete掉,我也问一个问题,就是你所说的这个软件是什么软件,可以发给我一下么,我之前一直是自己编程画图,很是麻烦,谢谢,邮箱393831415@qq.com

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9楼2013-05-28 12:50:13
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 星空1110 at 2013-05-28 12:50:13
据我了解,velocity  all create 1000 87287 dist gaussian是一个系统初始化的命令,是根据你所提供的系统温度,提供系统动能,再根据动能为各原子随机分配速度,并不适用于恒温操作。fix temp/rescale可以实现温度 ...

一般npt和nvt里面不就带有控温器么,而且两个恒温器不能同时使用啊,“不能定义npt后将fix temp/rescale命令delete掉”是什么意思,fix npt就有恒温器和恒压器呀,不太明白……另外你说的是作图软件么?我没有提到什么软件啊~~~
加油!
10楼2013-05-28 16:21:33
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