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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS温度－步长曲线震荡
汕头大学海洋科学接受调剂
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS温度－步长曲线震荡

有几个问题想跟大家请教一下。
1  从网上得到的一个程序（见附件），跑了一下，发现体系的温度一直上升，但是在设定初始温度的时候不是设置的10K么，体系的温度是不是通过 “velocity  all create 1000 87287 dist gaussian“ 这个命令设定阿？随后的温度变化又由什么决定的呢？
2 想计算1000K下的性质，采用“velocity  all create 1000 87287 dist gaussia“， 计算时，先fix npt运算50000步，再fix nvt运算500000步，体系的温度随时间的变化不是应该趋于1000K么，为什么我得到的温度曲线是震荡的呢？
3 此外，RDF曲线，我看别人都是一条曲线，我得到的怎么是很多条曲线的样子？这个该怎么处理呢？具体看附件。
菜鸟级，希望大家多多指教！

温度时间步长.png



rdf.png
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加油！
1楼 2013-04-25 10:46:29
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

很多因素会影响温度。 如果内部作用力频繁， 温度波动很正常。 总能量稳定吗？ 你有thernal scale吗？
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WJ-MS
2楼2013-05-03 13:06:12
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-03 13:06:12
很多因素会影响温度。 如果内部作用力频繁， 温度波动很正常。 总能量稳定吗？ 你有thernal scale吗？

总能量应该还算稳定，能量时间步长图见附件。
一般要如何操作、多少时间步长才能使温度达到平衡呢？
你所说的thermal scale是哪个命令实现的呀？我看thermal、thermal_modify和thermal_style命令都没有这个功能呀！
多谢指教~~~

能量-时间步长图.jpg
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加油！
3楼2013-05-04 09:11:07
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-05 17:06:43
用Fix temp/rescale。
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4楼2013-05-05 08:15:57
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普通回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-05 08:15:57
用Fix temp/rescale。

我看有的文献里面讲，在npt下运行一定的时间步以达到平衡，然后在nvt系综收集数据，这是什么情况呢？
我用这个命令来控制温度的话，应该在什么情况下收集数据呢？
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加油！
5楼2013-05-06 20:39:09
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-05-06 20:39:09
我看有的文献里面讲，在npt下运行一定的时间步以达到平衡，然后在nvt系综收集数据，这是什么情况呢？
我用这个命令来控制温度的话，应该在什么情况下收集数据呢？...

不明白你的意思。 数据是否合理，要你自己去试验。
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6楼2013-05-07 08:44:12
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-07 08:44:12
不明白你的意思。 数据是否合理，要你自己去试验。...

我昨天试了一下，在fix temp/rescale（命令是：fix   1 all temp/rescale 10000 1087.15 1087.15 0.5 1 ）下运行了一百万步，温度就是1087.15K，然后又在nvt（命令：fix  2 all nvt temp 1087.15 1087.15 0.5 drag 0.2）下运行了一百万步，温度又发生了很大的波动。这种情况应该怎么处理呢？不知道该在什么情况下收集数据呀。
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加油！
7楼2013-05-07 09:20:03
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢指点~~~ 2013-05-07 21:08:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by WJ-MS at 2013-05-07 09:20:03
我昨天试了一下，在fix temp/rescale（命令是：fix   1 all temp/rescale 10000 1087.15 1087.15 0.5 1 ）下运行了一百万步，温度就是1087.15K，然后又在nvt（命令：fix  2 all nvt temp 1087.15 1087.15 0.5 drag ...

没有rescale，温度变化很正常。看trajectory， 能量等指标。 数据一直有出处，需要你自己去跟踪分析。
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8楼2013-05-07 11:00:33
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星空1110

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
WJ-MS: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-28 16:17:52
据我了解，velocity  all create 1000 87287 dist gaussian是一个系统初始化的命令，是根据你所提供的系统温度，提供系统动能，再根据动能为各原子随机分配速度，并不适用于恒温操作。fix temp/rescale可以实现温度在一定误差范围内进行波动，是最常用的控温方法。而我们所定义的npt或nvt是系综，主要针对系统的物理类型进行计算，调温时还是应该同时定义调温方法的，不能定义npt后将fix temp/rescale命令delete掉，我也问一个问题，就是你所说的这个软件是什么软件，可以发给我一下么，我之前一直是自己编程画图，很是麻烦，谢谢，邮箱393831415@qq.com
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mileyfan
9楼2013-05-28 12:50:13
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 星空1110 at 2013-05-28 12:50:13
据我了解，velocity  all create 1000 87287 dist gaussian是一个系统初始化的命令，是根据你所提供的系统温度，提供系统动能，再根据动能为各原子随机分配速度，并不适用于恒温操作。fix temp/rescale可以实现温度 ...

一般npt和nvt里面不就带有控温器么，而且两个恒温器不能同时使用啊，“不能定义npt后将fix temp/rescale命令delete掉”是什么意思，fix npt就有恒温器和恒压器呀，不太明白……另外你说的是作图软件么？我没有提到什么软件啊~~~
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加油！
10楼2013-05-28 16:21:33
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